Stulpelio chromatografijos panaudojimo proteomikoje gairės | gamtos biotechnologijos

Stulpelio chromatografijos panaudojimo proteomikoje gairės | gamtos biotechnologijos

Anonim

Dalykai

  • Chromatografija
  • Proteomika

Redaktoriui:

Mes norime pranešti apie kolonėlės chromatografijos modulį (MIAPE-CC), kuriame pateikiama minimali informacija apie proteomikos eksperimento (MIAPE) 1 gaires, nurodant būtiniausią informaciją, kuri turi būti pateikiama, kai pranešama apie kolonų chromatografijos naudojimą proteomikos eksperimente (1 langelis). . MIAPE-CC yra papildomas MIAPE dokumentacijos sistemos, kurią sukūrė proteomikos tyrėjai, dirbantys globojant Žmogaus baltymų organizacijos proteomikos standartų iniciatyvą (HUPO-PSI; //www.psidev.info/), komponentas. Ankstesni masės spektrometrijos ir gelinio elektroforezės moduliai jau aprašyti „ Nature Biotechnology“ 2, 3, 4 .

Visas MIAPE-CC dokumentas yra padalintas į dvi dalis: įvadą, kuriame pateikiamas modulio fonas ir jo turinio apžvalga, tada išsamų elementų, apie kuriuos reikia pranešti, sąrašą. Pačios MIAPE-CC gairės yra suskirstytos taip:

  • Bendrosios savybės, tokios kaip analitikų duomenys, mėginio aprašymas, mėginio paruošimas ir įpurškimo procedūra.

  • Naudoto (-ų) stulpelio (-ių) aprašymas: išsami informacija apie produktą ir fizinės savybės, įskaitant nejudančią fazę, ir atskyrimui naudojama chromatografijos sistema.

  • Judrioji fazė: kiekvienos judančiosios fazės sudedamųjų dalių koncentracijos.

  • Kolonėlės veikimo savybės (laikas, nuolydis (atsižvelgiant į judančias fazes, aprašytas 3 skyriuje), srautas ir temperatūra).

  • Procesai prieš ir po paleidimo, tokie kaip pusiausvyra, kalibravimas ar plovimas.

  • Kolonos išeiga: chromatograma; išsami informacija apie surinktas frakcijas.

MIAPE-CC apima stulpelių naudojimą baltymų ar peptidų atskyrimui, siekiant paremti dalijimąsi geriausia praktika, rezultatų patvirtinimu, rezultatų atradimu ir dalijimąsi eksperimentiniais duomenų rinkiniais. Norėdami išsamiai aptarti principus, kuriais grindžiama ši specifikacija, skaitykite MIAPE dokumento „Principai“ 1 dokumente. CC modulis apima kolonėlės konfigūraciją, tinkamos judančiosios fazės pasirinkimą, kolonėlės veikimo metu naudojamus nuolydžius, frakcijų rinkimą ir susijusius detektoriaus rodmenis. Gairėse reikalaujama pateikti trumpą mėginio aprašymą, mėginio paruošimą prieš chromatografiją ir įpurškimo procedūras. Jie netaikomi paskesnėms baltymų identifikavimo, chromatografinio veikimo įvertinimo procedūroms ar mechanizmams, kuriais duomenys renkami, gabenami ir saugomi. Atkreipkite dėmesį, kad kai naudojama daugiamatė chromatografija, modulio reikia laikytis kiekvieno matmens atžvilgiu, o konkrečios vienos kolonėlės frakcijos būtų naudojamos kaip pradinis bandinys kitoje.

Visa MIAPE-CC modulio specifikacija pateikiama kaip 1 papildoma lentelė, o naujausią versiją galite rasti HUPO-PSI svetainėje. Atminkite, kad vėlesnės šio dokumento versijos gali pakeisti taikymo sritį, kaip beveik neabejotinai bus visų MIAPE modulių atveju. Norėdami prisidėti ar stebėti pažangą, kad išliktumėte suderinami su MIAPE, naršykite HUPO-PSI svetainę (//www.psidev.info/miape/).

Papildoma informacija

PDF failai

  1. 1.

    Papildomas tekstas ir figūros

    1 papildoma lentelė