Įžvalgos apie daugiakampio multiflorinio nykščio sukelto kepenų pažeidimo molekulinius mechanizmus: skaičiavimo sistemų toksikologijos metodas | acta pharmaologica sinica

Įžvalgos apie daugiakampio multiflorinio nykščio sukelto kepenų pažeidimo molekulinius mechanizmus: skaičiavimo sistemų toksikologijos metodas | acta pharmaologica sinica

Anonim

Anotacija

Buvo pranešta apie vis daugiau žolelių sukeltų kepenų pažeidimų (HILI) atvejų, kurie kelia naujų klinikinių iššūkių. Šiame tyrime, kaip pavyzdį paėmę Polygonum multiflorum Thunb (PmT), pasiūlėme skaičiavimo sistemų toksikologijos metodą, norėdami ištirti HILI molekulinius mechanizmus. Pirmiausia PmT cheminiai komponentai buvo išgauti iš 3 pagrindinių TCM duomenų bazių, taip pat iš literatūros, susijusios su natūraliais produktais. Tada žinomi taikiniai buvo surinkti integruojant duomenis, o galimas junginys ir taikinys - sąveika (CTI) buvo numatyti naudojant mūsų struktūros, narkotikų ir taikinio, tinklo pagrįstų išvadų (SDTNBI) metodą. Ištyrus dėl hepatotoksiškumo susijusių genų, įvertinus HILI simptomus, buvo sukurtas junginio ir taikinio sąveikos tinklas. Įvertinta balų funkcija, būtent Ascore, buvo įvertinta cheminių medžiagų toksiškumui kepenyse. Mes atlikome tinklo analizę, norėdami nustatyti galimus dvifazio poveikio mechanizmus, naudodami analizės priemones, įskaitant BiNGO, kelio praturtėjimą, organų pasiskirstymo analizę ir sąveikos su CYP450 fermentais prognozes. Tarp cheminių PmT komponentų analizei buvo naudojami 54 komponentai, kurių absorbcija žarnyne yra gera, ir buvo gauti 2939 CTI. Išanalizavus mRNR ekspresijos duomenis „BioGPS“ duomenų bazėje, buvo nustatyti 1599 CTI ir 125 taikiniai, susiję su kepenų ligomis. Iš 15 populiariausių junginių septyni, kurių Ascore reikšmės yra> 3000 (emodino, kvercetino, apigenino, resveratrolio, galinės rūgšties, kaempferolio ir luteolino), buvo akivaizdžiai susijęs su hepatotoksiškumu. Kelio praturtėjimo analizės rezultatai rodo, kad daugialypė sąveika tarp apoptozės ir metabolizmo gali būti PmT sukeltos kepenų pažeidimo priežastis. Daugelis kelių buvo patikrinta specifiniais junginiais, tokiais kaip glutationo metabolizmas, citochromo P450 metabolizmas ir p53 kelias. Hepatito simptomai, devynių tulžies rūgščių pasipiktinimas ir geltonas ar purus šlapimas taip pat turėjo atitinkamus kelius, pagrindžiančius mūsų metodą. Apibendrinant galima pasakyti, kad šis skaičiavimo sistemų toksikologijos metodas atskleidžia galimus toksiškus komponentus ir galėtų būti labai naudingas HILI mechanizmų supratimui. Tokiu būdu šis metodas taip pat galėtų padėti nustatyti naujas hepatotoksines žoleles.

Įvadas

Tradicinė kinų medicina (TCM) tūkstančius metų vaidino svarbų vaidmenį žmonių sveikatai 1 . Tačiau ilgalaikis (kelias savaites ar mėnesius) kai kurių TCM žolelių vartojimas gali neigiamai paveikti organus, pavyzdžiui, kepenis 2 . 2011 m. Išsamioje ataskaitoje įvertinta rizika hospitalizuoti dėl kepenų pažeidimo, susijusio su TCM produktų, kurių sudėtyje yra Chaihu ( Radix bupleuri ), vartojimu. Šioje ataskaitoje nustatyti 61 kepenų pažeidimo atvejai 639 779 pacientams, sergantiems lėtine hepatito B viruso infekcija 3 . Teschke ir kt . 2012 m. Apibendrino žolelių hepatotoksiškumo atvejus, paimtus iš 185 publikacijų 4, kuriuose 60 skirtingų žolelių paskyrimas sukėlė hepatotoksiškumą, todėl visame pasaulyje buvo susirūpinta. Apie vaistažolių sukeltą kepenų pažeidimo (HILI) riziką, susijusią su keliomis TCM žolelėmis, pranešta Nacionalinių sveikatos institutų (NIH) ir „LiverTox“ tinklalapiuose. Iki šiol pranešta, kad iš viso 18 klasifikuojamų TCM žolelių mišinių, klasifikuojamų TCM žolelių mišinių grupė ir 39 TCM žolelių mišiniai gali sukelti hepatotoksinį poveikį 3 . TCM dažnai sukelia kepenų pažeidimą dėl savo cheminių komponentų ar metabolitų. Kadangi kepenys yra svarbiausias organas cheminiam metabolizmui, jos gali lengvai kaupti junginius ir toksiškus metabolitus. Todėl norint saugiai naudoti TCM, būtina anksti ir veiksmingai nustatyti hepatotoksikantus ir toksiškumo mechanizmus.

Image

Polygonum multiflorum Thunb (PmT), Kinijoje žinomas kaip He Shou Wu (kinų kalba), tradiciškai naudojamas plaukams juodinti, kepenims ir inkstams tonizuoti bei senėjimo poveikiui sulėtinti, esant mažai toksiškam 5 . Nors PmT paprastai naudojamas gydyti įvairias kepenų ligas, tokias kaip nealkoholinė riebiųjų kepenų liga, pranešta apie vis daugiau galimo PmT sukelto hepatotoksiškumo atvejų, sukeliančių sunkų vaistų sukeltą kepenų pažeidimą ir net mirtį 6 . 2011 m. Buvo pranešta apie 25 naujus hepatotoksiškumo atvejus. Tokiais atvejais hepatotoksiškumas pasireiškė po vienerių metų suvartojus Shouwu Pian TCM mišinį, kuriame pagrindinis komponentas yra PmT 3 . Iš 76 straipsnių iš viso yra 450 atvejų, susijusių su kepenų pažeidimais, susijusiais su PmT. Kepenų pažeidimo simptomai išryškėja praėjus maždaug mėnesiui po PmT vartojimo. Dažniausiai tai yra gelta, nuovargis, anoreksija ir geltonas ar purus šlapimas 7 . Didelės vaistažolių dozės turėjo žalingą poveikį normalioms žiurkėms arba terapinį poveikį žiurkėms, sergančioms lėtiniu kepenų pažeidimu - tai rodo ir kenksmingą, ir apsauginį poveikį kepenims 8 . Iš šios žolelės buvo išskirti daugiau nei 100 cheminių komponentų. Didžiąją dalį komponentų sudaro stilbenai, chinonai ir flavonoidai. Stilbenai turi anti-senėjimo poveikį ir hepatoprotekcinę veiklą 9 . Tačiau daugelis tyrimų taip pat parodė, kad kai kurie PmT chinonai ir stilbenai gali sukelti toksinį poveikį kepenims, ypač emodinas ir reinas 10, 11 . Kaip šie junginiai sukelia šį dvifazį poveikį (kepenų pažeidimas ir kepenų apsauga), dar reikia nustatyti.

Sistemų toksikologija apima eksperimentinius ir skaičiavimo metodus, siekiant ištirti sudėtinius vaistų šalutinio poveikio (SE) mechanizmus 12, 13 . Sistemų toksikologijoje į SE dažnai žiūrima kaip į biologinių procesų iškrypimus, tai reiškia, kad turime įveikti paradigmą „vienas vaistas - vienas“, naudojamą tradiciniame vaisto dizaine. Sistemų toksikologijoje pabrėžiamas visos sistemos poveikis, dėl kurio vaistas turi nenumatytą farmakologinį poveikį 14, 15 . Kelio ir tinklo analizė gali paaiškinti priežastinį koreliacijų pobūdį, pavyzdžiui, tam tikrų baltymų vaidmenį SE etiologijoje ir patogenezėje 16 . Daugybė tyrimų sėkmingai įrodė, kad sistemų toksikologija (ypač praturtinimas keliais) yra perspektyvus metodas toksiškumo mechanizmams nustatyti 17, 18 . Ankstesniame tyrime, naudodamiesi sistemos farmakologiniu metodu, mes parodėme, kad FXR antagonizmas prisideda prie nesteroidinių vaistų nuo uždegimo sukelto kepenų pažeidimo 19 . Kadangi TCM žolelės yra laikomos daugiakomponenčiu ir daugiafunkciniu vaistu, tinklo farmakologijos metodikos yra tinkamos suprasti ryšį tarp aktyvios sąveikos ir atitinkamų taikinių, o tai savo ruožtu išryškina veikimo mechanizmus 20, 21 . Kaip ir veiksmingumas, toksiškumas gali atsirasti dėl veikliųjų junginių derinio, o ne vieno cheminio elemento. Tačiau, kiek mums žinoma, dauguma reprezentatyvių tyrimų buvo sutelkti į farmacinį molekulių poveikį, kad suprastų jų veikimo mechanizmus ir įvertintų jų efektyvumą, tačiau retai atkreipė dėmesį į neigiamą šių junginių poveikį 22 . Šiame tyrime bandėme suprasti HILI mechanizmus taikydami sistemų toksikologiją.

Šiame tyrime mes panaudojome PmT kaip pavyzdį, kad pasiūlytume keliais pagrįstą sistemų toksikologijos metodą HILI veikimo mechanizmui (MOA) ištirti. Kelių praturtinimas ir tinklo analizė buvo naudojami paaiškinti priežastinį koreliacijų pobūdį, įskaitant baltymų vaidmenį SE etiologijoje ir patogenezėje, kurie gali pagerinti mūsų supratimą apie dvifazius mechanizmus ir nukreipti saugų TCM naudojimą įgyvendinant žolelių derinius, mažinančius toksiškumą.

medžiagos ir metodai

Visas metodas, pagrįstas sistemos toksikologija, parodytas 1 paveiksle.

Image

Keliu pagrįstos toksikologinio metodo schema, sukurta siekiant nustatyti galimus Polygonum multiflorum Thunb (PmT) sukeltų kepenų pažeidimų molekulinius mechanizmus. (A) Sudėtinių taikinių sąveikos rinkiniai: patvirtinti tikslai buvo gauti iš keturių viešųjų duomenų bazių, numanomi taikiniai buvo numatyti SDTNBI metodu. Komponentai buvo gauti iš keturių viešųjų duomenų bazių ir literatūros. (B) Kepenų ligų tikslinių asociacijų (TDA) rinkimas. (C) Galimų baltymų, dalyvaujančių PmT sukeltoje kepenų pažeidime, filtravimas, siekiant sukurti junginio ir taikinio sąveiką. Norint nustatyti jo molekulinį mechanizmą, buvo naudojama daugybė tinklo analizės priemonių, įskaitant „BiNGO“, kelio praturtinimą ir organų pasiskirstymo analizę. Galiausiai, siekiant nustatyti pagrindinius kelius ir juos atitinkančius taikinius, buvo sukonstruotas hepatotoksiškumo susijęs tikslo ir kelio asociacijų tinklas.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę

Duomenų rinkimas ir paruošimas

Remdamiesi PmT 5 peržiūra, mes ištraukėme PmT cheminius komponentus iš trijų tipiškų TCM duomenų bazių, būtent TCMSP 23, TCMID 24 ir TCM 25 . Visi surinkti junginiai buvo normalizuoti pagal kanoninį SMILES formatą. Dublikatai ir junginiai be struktūrų buvo pašalinti. Tada, naudodamiesi „Pipeline Pilot“ (7.5.2 versija, BIOVIA, San Diegas, CA, JAV) 26 integruotu modeliu, apskaičiavome junginių absorbcijos žarnyne savybes, kad molekulės suskirstytos į šias keturias klases: geros (0), vidutinės ( 1), prasta (2) ir labai skurdi (3). Buvo atmesta labai prasta junginių klasė. Likę junginiai buvo toliau analizuojami.

Vėliau iš keturių duomenų bazių, būtent iš „STITCH“ (5.0 versija) 27, „BindingDB 28“, „PubChem 29“ ir „DrugBank 30“, surinkome eksperimentiškai nustatytas junginių ir taikinių poras. Visi susiję taikiniai buvo normalizuoti pagal oficialius genų simbolius, naudojant „UniProt“ duomenų bazę (//www.uniprot.org/uploadlists/). Įvairių šaltinių kopijos nebuvo įtrauktos.

Tariamų taikinių numatymas

Spėjami komponentų tikslai buvo numatyti naudojant mūsų metodą, pagrįstą vaistinių preparatų, naudojamų narkotikams, tinklu (SDTNBI) 31, integruotu tinklu ir chemoinformatikos įrankiu sisteminiam junginių ir taikinių sąveikos, ypač naujų cheminių elementų, numatymui. Tuo tikslu kanoninis SMILES formatas buvo konvertuotas į substruktūros pirštų atspaudų (FP4) formatą, naudojant „PaDEL-Descriptor“ programinę įrangą 32 . Kiekvieno junginio 50 geriausių numatytų taikinių buvo saugomi kaip numanomi taikiniai. Tada tikslai buvo normalizuojami iki oficialaus geno pavadinimo, naudojant „UniProt“ duomenų bazę, kaip aprašyta aukščiau.

Specifinių audinių ir su kepenų ligomis susijusių taikinių nustatymas

Norėdami išanalizuoti tikslinį pasiskirstymą kepenyse, mes ištyrėme mRNR ekspresijos duomenis iš „BioGPS“ duomenų bazės 33 - centralizuoto genų anotacijos portalo, kuris tyrėjams suteikia galimybę naudotis paskirstytais genų anotacijos šaltiniais. 2015 m. „BioGPS 34“ buvo išplėstas iš anksto įkeliant maždaug 2000 duomenų rinkinių iš NCBI GEO saugyklos ir maždaug 6000 duomenų rinkinių iš EBI „ArrayExpress“ saugyklos. Šie duomenų rinkiniai buvo gauti iš devynių įprastų žmonių, pelių ir žiurkių mikropaviršių platformų. Mes pasirinkome žmonių rūšis ir suskirstėme tikslinius raiškos modelius pagal jų raiškos lygius kepenyse. Pavyzdžiui, jei tikslinė išraiška buvo didžiausia kepenyse iš 84 organų modelių, jos rangas buvo 84. Jei tikslinė išraiška buvo mažiausia kepenyse, jos rangas buvo 1.

Toliau mes nustatėme tikslus, susijusius su PmT kepenų pažeidimo simptomais. Simptomus galima suskirstyti į devynias kepenų ligos rūšis. Devynių ligų ir taikinių poros buvo surinktos iš keturių viešų duomenų bazių, įskaitant internetinę Mendelian Paveldėjimo Žmogui (OMIM) duomenų bazę 35, HuGE Navigator 36, PharmGKB 37 ir Lyginamąją toksikogenomikos duomenų bazę (CTD) 38 . Visos kepenų ligos buvo komentuojamos naudojant MeSH arba UMLS žodyną 39 . Toliau taikiniai buvo komentuojami naudojant oficialius genų simbolius, kaip aprašyta aukščiau. Siekdami užtikrinti rezultatų tikslumą, iš skirtingų duomenų šaltinių išskyrėme skaičiavimais numatytas ir dubliuojamas tikslinės ligos poras.

Sudėtinio tikslo-kelio-ligos tinklų kūrimas

Norint gauti bendrą su hepatotoksiškumu susijusių taikinių ir junginių sąveikos perspektyvą, pirmiau gauti tikslai, susiję su kepenų ligomis, buvo atrinkti tolesnei analizei. Sukūrėme junginio-taikinio sąveikos (CTI) tinklą, naudodami „Cytoscape“ (3.2.1 versija) 40 . „BiNGO 41“ papildinys „Cytoscape“ (3.2.1 versija) buvo naudojamas reikšmingai praturtintiems funkcinių anotacijų genų terminams, galintiems toliau palaikyti modulio ar sudėtingas prognozes.

Norėdami įvertinti asociacijų tarp junginių ir hepatotoksinių taikinių galingumą, sukūrėme „Ascore“ balų funkciją, kad pusiau kiekybiškai įvertintume junginio poveikį kepenų taikiniams, naudodami šią lygtį:

Image

kur R i žymi konkretaus junginio numatytų taikinių laipsnį kepenyse, kaip minėta aukščiau, R e rodo konkretaus junginio eksperimentiškai nustatytų taikinių rango laipsnį kepenyse ir koeficientą k sveria eksperimentiškai patikrintą taikinį.

Ascore vertę gali įtakoti trys veiksniai, ty junginio hepatotoksinių taikinių skaičius, visų su hepatotoksiškumu susijusių junginio taikinių išraiškos rangas kepenyse ir junginio-taikinio porų šaltinis. i) Kiekvienas junginys turi tam tikrą skaičių kepenų toksiškumo rodiklių. Kuo daugiau su hepatotoksiškumu susijusių junginių turi, tuo didesnė jo Ascore vertė. (ii) Tokiu pat būdu kiekvienas taikinys turi atitinkamą paskirstymo kepenyse reitingą, palyginti su visais organų modeliais BioGPS duomenų bazėje. Aukštesnės tikslinės grupės yra susijusios su aukštesnėmis „Ascore“ vertėmis. (iii) Eksperimentiškai patikrintiems taikiniams buvo pritaikytas svorio koeficientas. Eksperimentiškai nustatyti junginio taikiniai yra patikimesni nei numatyti. Lygtyje atsižvelgiama į visus tris veiksnius. Aukštesnės balos rodo stipresnį ryšį tarp junginio ir kepenų ligos.

Eksperimentu patvirtinti tikslai turėtų būti įvertinti. Svorio koeficientas k turėtų būti didesnis nei 1. Norint nustatyti optimalią k vertę, buvo bandomi skirtingi svorio koeficientai (1, 1, 5, 2, 3 ir 4), kad būtų galima palyginti galutinius rezultatus.

Norėdami gauti bendrą tikslinių ir hepatotoksinių kelių asociacijų perspektyvą, nustatėme kelio praturtėjimą, pažymėdami CTI taikinius CTD genų rinkinio analizatoriui (GAzer) 42 . „GAzer“ gali generuoti KEGG ir REACT kelius taikinių grupėms. Visi hepatotoksiniai keliai buvo parinkti tikslinių takų asociacijos (TPA) tinklui sukurti naudojant „Cytoscape“ (3.2.1 versija), susiejant taikinius su atitinkamais keliais ir skirtingomis kepenų ligomis. Norėdami išanalizuoti svarbius kelius, vizualizavome pagrindinius tikslus visame kelyje, nubrėždami juos į KEGG duomenų bazę. Kaip specifinį organizmo kelią pasirinkome „Homo sapiens“ (žmogaus) + ligos / narkotikų kelią. Pagrindiniai taikiniai buvo suplanuoti ir jų pavadinimai buvo paryškinti raudonai.

Norėdami gauti bendrą tikslinių ir ligų asociacijų perspektyvą, sukūrėme tikslinių ligų asociacijos (TDA) tinklą tarp CTI taikinių ir devynių kepenų ligų, naudodamiesi „Cytoscape“ (3.2.1 versija), susiedami taikinius su jų atitinkamomis kepenų ligomis. .

Cheminė sąveika su CYP450 fermentais

Norėdami patvirtinti junginius, susijusius su citochromo P450 (CYP450) fermentais, ir toliau išaiškinti jų specifines kaip inhibitorių ar substratų funkcijas, mes apskaičiavome chemines ADMET savybes naudodamiesi savo internetiniu serveriu „admetSAR 43“ . „AdmetSAR“ integruoti aukštos kokybės ir nuspėjami QSAR modeliai, skirti numatyti maždaug 50 ADMET galinių taškų, įskaitant CYP1A2, 2C9, 2C19, 2D6 ir 3A4 substratus ir CYP1A1, 1A2, 2A5, 2A6, 2C9, 2C19, 2D6 ir 3A4 inhibitorius. Plotas po imtuvo veikimo charakteristikų kreive (AUC) buvo naudojamas 22 klasifikavimo modelių prognozių patikimumui įvertinti atliekant kryžminį 5 kartus patvirtinimą. Be to, visiems klasifikavimo modeliams buvo paskirta tikimybės išvestis nuo 0 iki 1. Norint gauti tikslesnius rezultatus, buvo pasirinkti junginiai, kurių tikimybė> 0, 8. Tolesnei analizei buvo atrinkti tik tie junginiai, kurie, kaip numatoma, siejami su CYP450 tiek admetSAR, tiek SDTNBI.

Rezultatai

Iš viso iš duomenų bazių buvo gauti 105 PmT cheminiai komponentai ir buvo sunumeruoti nuo 1 iki 105 (S1 lentelė). Penkiasdešimt keturi iš šių junginių absorbvosi gerai žarnyne ir buvo naudojami tolesnei analizei (1 lentelė). Iš šimtų šešiasdešimt eksperimentiškai nustatytų junginių ir taikinių porų buvo gautos iš keturių duomenų bazių, įskaitant 18 junginių ir 146 taikinius. Kiti 36 junginiai neturėjo žinomų taikinių, o tai rodo, kad būtina numatyti šių junginių taikinį. Todėl mes numatėme 2700 tariamų junginių ir taikinių porų su SDTNBI, naudojant 54 junginius. Iš viso gavome 2939 junginių ir taikinių poras iš 54 junginių ir 224 taikinius (S1 lentelė).

Pilno dydžio lentelė

Audiniams būdingi mRNR raiškos modeliai gali pateikti svarbių užuominų apie tikslinę funkciją. Išraiškos eiliškumas kepenyse iš 224 taikinių yra parodytas papildomoje S1 lentelėje. Buvo 88 taikiniai, kurių kepenų ekspresijos lygis pateko tarp 5 geriausių iš visų 84 raiškos būdų. Šimtas dvidešimt šeši taikiniai turėjo kepenų ekspresijos lygį, kuris pateko į dešimtuką (2 paveikslas). Todėl tikslai, kurie buvo labai išreikšti kepenyse, gali pakenkti PmT sukeltam kepenų pažeidimui.

Image

Visų 84 ekspresijos modelių kepenyse tikslinės raiškos analizė.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę

Sudėtinio ir taikinio sąveikos analizė

Norėdami nustatyti su kepenų liga susijusius taikinius, iš keturių duomenų bazių, įskaitant OMIM, HuGE, PharmGKB ir CTD, buvo surinktos 2138 taikinių ir ligų poros, gautos iš 1209 taikinių ir 9 kepenų ligos (S2 lentelė). Atlikus konkrečių audinių taikinių žemėlapius, mes nustatėme 125 taikinius, susijusius su PmT hepatotoksiškumu. Tada CTI konstravimui buvo panaudotos 1599 PmT junginio ir taikinio poros, gautos iš 125 taikinių (S2 lentelė) (3 paveikslas). 5 populiariausi audinių tikslinės ekspresijos mazgai kepenyse CTI yra paryškinti raudonai. 10 geriausių mazgų yra paryškinti indigo. Naudodamiesi tinklo analize, įvertinome mazgų laipsnį. Gavome vidutinį 29, 61 taikinio laipsnį vienam junginiui ir 12, 79 junginių kiekvienam taikiniui. Daugelis taikinių buvo susiję su keliais junginiais. Visi junginiai buvo sujungti į kelis taikinius.

Image

Tikslo ir junginio sąveika. Sudėtinis mazgas ir tikslinis mazgas buvo susieti, jei taikinys buvo susietas su junginiu.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę

Mes sukūrėme „Ascore“ balų nustatymo funkciją, kad įvertintume ryšį tarp junginių ir hepatotoksiškumo tikslų. Norėdami nustatyti optimalų svorio koeficientą ( k ), įvertinome įvairių verčių diapazoną (1, 1, 5, 2, 3 ir 4). Palyginus junginių Ascore reikšmes su skirtingomis k reikšmėmis, buvo nesunku pastebėti, kad visos eilės buvo vienodos, kai k = 2, 3 ar 4, tačiau kai kurie reitingo rezultatai naudojant k = 1 ar 1, 5 skyrėsi nuo tiems, kurie naudoja k = 2. Todėl mes nustatėme, kad 2 yra pagrįstas šio tyrimo svorio faktorius (S3 lentelė). Šių junginių Ascore reikšmės išvardytos 1 lentelėje. Tarp 54 junginių emodinas, svarbus PmT komponentas, turėjo aukščiausią laipsnį (56) ir Ascore reikšmę (7773), smarkiai viršydamas kitiems junginiams nustatytas vertes. Kvercetino, apigenino ir resveratrolio Ascore vertės buvo didesnės nei 4000. Galinės rūgšties, kaempferolio ir luteolino Ascore vertės viršijo 3000. Dauguma šių komponentų buvo flavonoidai, išskyrus galinę rūgštį. Keturiolikos junginių Ascore reikšmės buvo didesnės nei 2200, iš kurių dauguma buvo chinonai.

„BiNGO 41“ analizė parodė, kad 125 taikinių biologinius procesus galima suskirstyti į šias keturias klases: apoptozė, ląstelių žūties ir proliferacijos reguliavimas, metabolinių procesų reguliavimas ir signalo perdavimo reguliavimas (S2 lentelė). Šie biologiniai procesai yra glaudžiai susiję su hepatotoksiškumu. Be to, šie procesai buvo reguliuojami tiek teigiamai, tiek neigiamai - tai rodo, kad kepenys vaidina svarbų vaidmenį toksiškų medžiagų metabolizme palaikydamos šių procesų pusiausvyrą. PmT gali paveikti toksinių medžiagų metabolizmą, sutrikdydamas šių procesų pusiausvyrą. Kai kurie iš 125 taikinių buvo specifiniai detoksikuojantys fermentai, tokie kaip MAOB ir AChE, kiti - nespecifiniai detoksikuojantys fermentai, tokie kaip CYP3A4, CYP2C9, CYP1A2, laisvieji radikalai SOD ir laisvieji radikalai COST. Tiek nespecifiniai, tiek specifiniai detoksikuojantys fermentai buvo svarbūs toksiškų medžiagų metabolizmui ir apsaugojo kepenis nuo sužalojimų. Tačiau kai kurie taikiniai reiškė kepenų ląstelių mirtį, pavyzdžiui, DCD (CASP3) ir autofagijos mTOR. Šis atradimas gali paaiškinti, kodėl PmT turi tiek apsauginį, tiek žalojantį poveikį kepenims 11 .

Tikslo kelio ir ligos asociacijos tinklų analizė

Fenotipo tvirtumas gali būti suprantamas kaip alternatyvus kompensacinis signalizacijos maršrutas sudėtinguose biomolekuliniuose tinkluose. Šiuo tikslu baltymai, dalyvaujantys ligose, gali suteikti informacijos apie paskesnį poveikį įvairiems biologiniams ir ligos keliams. Kai kurios korinio tinklo ar signalizacijos kelių duomenų bazės sistemingai rinko tikslus, susijusius su konkrečiomis ligomis, nurodytomis literatūroje 44 .

Iš viso gavome 75 KEGG kelius ir 15 REACT būdų (S4 lentelė), nubrėždami 125 taikinius į CTD duomenų bazių GAzer. 397 taikinio kelio poros, gautos iš 32 su hepatotoksiškumu susijusių būdų, ir 125 taikiniai buvo panaudotos taikinio ir kelio asociacijos tinklui sukurti (4 paveikslas). Tikslinių ligų asociacijos tinklas buvo sudarytas iš devynių kepenų ligų ir 125 taikinių su 341 tikslinių ligų poromis (5 pav.). Daugialypiai junginiai gali modifikuoti šiuos būtinus baltymus lygiagrečiais ar panašiais funkciniais būdais, kad padidintų arba sumažintų poveikį.

Image

Tikslų ir galimybių asociacijos tinklas. Tarp taikinio ir kelio buvo įdėta nuoroda, jei taikinys yra kelyje. Kelio mazgo plotas yra proporcingas laipsniui. Informacija apie kelią buvo gauta atvaizduojant tikslinius baltymus CTD duomenų bazėje.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę
Image

Tikslo ir ligų asociacijos tinklas. Buvo užmegztas ryšys tarp taikinio ir ligos, jei taikinys buvo susijęs su liga. Ligos mazgo plotas yra proporcingas laipsniui.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę

Norėdami tiksliau apibrėžti tikslo ir kelio sąveiką, taikėme taikymą pagrįstą metodą, norėdami nustatyti kelius, labiausiai susijusius su hepatotoksiškumu. Rezultatai parodė, kad keliai, stipriai susiję su PmT tikslais, buvo kritiškai svarbūs hepatotoksiškumui, įskaitant signalo perdavimą (laipsnis = 48), metabolizmą (laipsnis = 40), apoptozę (laipsnis = 15) ir hepatitą (laipsnis = 17). Kai kurie iš šių būdų buvo patvirtinti.

Daugybė kelių būdų gali būti laikomi specifiniais ląstelių mirties mechanizmais, pavyzdžiui, MAPK signalizacijos kelias, signalo perdavimas, ląstelių atsakai į stresą, citokinų ir citokinų receptorių sąveika bei p53 signalizacijos kelias (4 paveikslas). Kai kurie iš šių būdų buvo įrodyti daugeliu junginių 45, 46 . Apoptozės kelias buvo analizuojamas specialiai (6 pav.). Rožinis ir mėlynas stačiakampiai rodo atitinkamai ligos ir narkotikų taikinius. Buvo nubrėžta aštuoniolika taikinių; jų vardai yra paryškinti raudonai. Apoptozė yra genetiškai užprogramuotas procesas, kurio metu pašalinamos pažeistos ar perteklinės ląstelės, aktyvinant kaspazes (aspartato specifines cisteino proteazes). Pusiausvyra tarp proapopotinių ir antiapoptozinių signalų galiausiai nustatė, ar ląstelėms bus atlikta apoptozė, išlikimas ar proliferacija. Buvo abu mirties receptoriai TRAILR ir NK (natūralus žudikas), kurie gali paaiškinti, kodėl PmT turi ir citotoksinį, ir apsauginį poveikį 47 .

Image

Apoptozės kelias. Šis skaičius buvo gautas iš KEGG PATHWAY duomenų bazės. Suderinti genai buvo pažymėti raudonai kelio planavimo priemonėmis, įterptomis į KEGG KEGG žemėlapyje 04210. Kaip specifinį organizmo kelią pasirinkome Homo sapiens (žmogaus) + ligos / narkotikų kelią. Rožiniai stačiakampiai nurodo ligos tikslus. Mėlyni stačiakampiai nurodo narkotikų taikinius. 18 pažymėtų taikinių pavadinimai pažymėti raudonai.

Visas dydis

  • Atsisiųskite „PowerPoint“ skaidrę

Be apoptozės, hepatitas, tulžies sekrecija ir azoto metabolizmo keliai atitiko hepatito, gelta ir šlapimo simptomus. Hepatitas yra dažniausias ir akivaizdžiausias PmT hepatotoksiškumo šalutinis poveikis 48, 49 . Dabartiniame tyrime buvo aprašyta 18 taikinių, siekiant paaiškinti simptomą. Mes iškėlėme hipotezę, kad PmT galėtų kontroliuoti aukščiau esančius TRAILR, PERK (EIF2AK3) ir PI3K (PIK3CA, PIK3CB) taikinius, kad darytų įtaką pasroviui taikiniams, tokiems kaip p53 (TP53), jun (MAPK8) ir Akt (AKT1), prisidedantiems prie apoptozės ir kitų simptomų. hepatito. Tulžies sekrecijos kelias buvo susietas su 11 taikinių, nurodant, kad PmT gali sukelti tulžies rūgšties (BA) sutrikimus. FXR (koduojamas tikslinio NRIH4) yra labai ekspresuojamas kepenyse ir kituose virškinimo organuose. FXR funkcija greitai išsiplėtė nuo pradinio vaidmens kontroliuojant tulžies rūgščių, lipidų ir gliukozės metabolizmą iki ląstelių augimo, fibrozės, cirozės, imunologinių reakcijų, uždegimo ir piktybinių medžiagų reguliavimo. Kepenų FXR vaidmuo sergant kepenų ligomis sulaukė daugiau dėmesio, nes vis daugiau įrodymų rodo, kad FXR vaidina lemiamą vaidmenį kepenų regeneracijai ir atstatymui bei uždegiminiam atsakui. SLCO1B1, ABCB1, ABCC2, ABCG2 ir CFTR yra svarbios medžiagų pernešimui viso proceso metu. Azoto apykaitos kelias gali paaiškinti geltono ar purus šlapimo buvimą. CA12, CA2 ir GLS gali paversti CO2 į HCO 3, o tai dar labiau veikia anglies aminorūgščių metabolizmą.

Junginiai, sąveikaujantys su CYP450 ir metabolizmo keliu

Metabolinis kelias yra pagrindinė kepenų pažeidimo vieta. Kai kepenys yra sužeistos, kritiškai pažeidžiamos jų metabolinės funkcijos. Jei junginys gali sutrikdyti medžiagų apykaitą žmogaus kepenų ląstelėse, jis gali sukelti toksinį poveikį kepenims. Pavyzdžiui, GSH sintezė vaidina pagrindinį vaidmenį apsaugant ląsteles. GSH išeikvojimas sukelia daugybę medžiagų apykaitos sutrikimų, įskaitant oksidacinį stresą ir riebalų rūgščių oksidacijos sutrikimą.

Ksenobiotinis metabolizmas CYP450, arginino ir prolino metabolizmas, triptofano metabolizmas, retinolio ir linolo rūgšties metabolizmas turi panašų poveikį žmogaus kepenų ląstelių metabolizmui ir sukelia hepatotoksiškumą (4 paveikslas). Arginino ir prolino metabolizmo kelyje buvo susieti šeši taikiniai, būtent ALDH1A1, GLS, MAOB, NOS1, NOS2 ir NOS3. Arachidono rūgšties metabolizmas susijęs su PTGS1 ir PTGS2. Kiti metabolizmo keliai daugiausia yra susiję su CYP450, ALDH1A1 ir MAOB. Be to, specifinių vaistų vartojimas gali veiksmingai sukelti CYP450. CYP1A2 lygis reikšmingai skyrėsi tarp žmonių. Todėl asmenys, turintys didelį CYP1A2 fermentinį aktyvumą, gali būti jautresni galimam neigiamam poveikiui.

Kelių praturtinimo ir organų pasiskirstymo analizės naudojant BioGPS atskleidė, kad CYP450 yra svarbūs kepenų baltymai. Svarbu nustatyti, kurie junginiai sąveikauja su CYP450 kaip inhibitoriais ar substratais. Naudodamiesi savo žiniatinklio serveriu (admetSAR), mes numatėme, kad 16 junginių gali veikti kaip CYP1A2 inhibitoriai, 5 - kaip CYP2C19 inhibitoriai, 4 - kaip CYP3A4 inhibitoriai ir 2 kaip CYP3A4 substratai (1 lentelė). Daugiausia jų buvo chinonai ir flavonoidai, įskaitant emodiną. Vertės pateiktos S5 lentelėje.

Diskusija

TCM tūkstančius metų vaidino svarbų vaidmenį žmonių sveikatai. Nepaisant ilgos istorijos, pranešta apie vis daugiau hepatotoksiškumo atvejų, dėl kurių kyla naujų klinikinių iššūkių. Šių toksinių junginių identifikavimas ir hepatotoksiškumo MOA yra labai svarbūs norint saugiai naudoti TCM. Tyrimai, taikomi sistemos farmakologijai TCM, paprastai buvo sutelkti į farmacinį poveikį ir vaistų veiksmingumą, o ne į neigiamą poveikį. Šiame tyrime kaip pavyzdį panaudojome PmT, norėdami pasiūlyti sisteminės toksikologijos metodą ištirti TCM žolelių sukeltą hepatotoksiškumo molekulinius mechanizmus.

Analizėje naudojami šaltiniai ir metodai yra patikimi

Pirmiausia reikia nustatyti cheminius PmT komponentus. Kadangi tinkamiausias TCM būdas yra geriamasis vaistas, kepenyse pasiskirsto tik tie vaistai, kurie gerai absorbuojami per burną ir gali sukelti toksinį poveikį kepenims. Todėl, norėdami nuspėti PmT cheminių komponentų absorbciją žarnyne, pritaikėme in silico modelį, įterptą į „Pipeline Pilot“. Šis modelis 26 panaudojo patikimą išorinį aptikimą gerai absorbuotų junginių analizei. Platus modelio patvirtinimas šimtais žinomų geriamųjų vaistų parodė aukštą numatymo tikslumą (74–92%, priklausomai nuo naudojamo duomenų rinkinio ir kriterijaus). Galiausiai junginių skaičius buvo sumažintas nuo 105 iki 54, o tai palengvino kepenų pažeidimo, kurį sukelia PmT cheminiai komponentai, molekulinius mechanizmus.

Tikslinės išraiškos duomenys buvo naudojami paaiškinti PmT pasiskirstymą organuose, kurie gali netiesiogiai paaiškinti specifinį toksiškumą organams. Jei TCM žolė veikia daugelį taikinių, kurie ekstensyviai ekspresuojami kepenyse, ji labiau paveikia kepenis ir gydo ligą arba sukelia toksinį poveikį kepenims. 2015 m. „BioGPS“ buvo atnaujinta, kad būtų aprėpta platesnė duomenų rinkinio aprėptis. „BioGPS“ buvo plačiai pritaikytas net „GeneCards“ duomenų bazėje. Norėdami patikrinti savo genų ekspresijos duomenis, mes panaudojome kitą audinių specifinę genų / baltymų duomenų bazę „TiGER 50“, kurią sukūrė Bioinformatikos laboratorija, Wilmerio akių institutas, Johns Hopkins universitetas. Apskaičiavus kiekvieno junginio Ascore, junginiai, kurių didžiausia Ascore reikšmė buvo nustatyta naudojant TiGER duomenų bazę, buvo palyginti su 15 geriausių junginių, naudojant BioGPS duomenų bazę (S3 lentelė). Dvylika iš 15 geriausių junginių sutapo. Penki geriausi junginiai buvo identiški. Visi 7 junginiai, susiję su toksiniu poveikiu kepenims ar kepenims, buvo 15 populiariausių. Šis palyginimas parodė, kad BioGPS ir mūsų rezultatai buvo patikimi.

Tikslo numatymui buvo naudojamas mūsų naujai sukurtas SDTNBI metodas. Ankstesniame leidinyje 31 jis buvo sistemingai vertinamas naudojant kryžminį patvirtinimą 10 kartų, kryžminį patvirtinimą viename variante ir išorinį patvirtinimą 31 . Neseniai mes dar patobulinome šį metodą įvesdami tris derinamus parametrus, kurie buvo sėkmingai patvirtinti biologiniais tyrimais. Eksperimentu patvirtinta, kad dvidešimt septyni iš 56 parduodamų junginių turi α estrogeno receptorių jungimosi afinitetus, kai IC50 arba EC50 vertės yra ≤10 μmol / L 51 .

Ascore tiksliai įvertino junginius

Norint nustatyti aktyvius komponentus, susijusius su specifinėmis TCM farmakologinėmis funkcijomis, dauguma ankstesnių tyrimų buvo daroma prielaida, kad kuo svarbesnis junginys yra tinklo mazgas, tuo stipresnis jo ligą sukeliantis poveikis. As a fundamental topological parameter of a network, the degree of a compound indicates the number of targets it can affect, which may indicate the more influential compounds 21 . Some studies applied new network-based evaluation methods to identify active ingredients in the network for a given herbal formula. For example, Li et al successfully predicted the active and synergistic ingredients of the anti-rheumatoid arthritis formula of Qing Luo Yin using a new evaluation method 52 .

To estimate the toxicity of the chemical components in the liver, we developed a scoring function (Ascore) to semi-qualify the action of the compounds on the liver targets. The Ascore considers the target distribution in the liver. If the targets are barely distributed in the liver, the Ascore value will remain small, regardless of how many targets it has. The purpose of target prediction is to consider more potential targets. The known targets themselves provided important clues for clarifying the underlying mechanism. As a result, the Ascore provided a more reasonable measure than the degree for evaluating the liver toxicity in our network analysis. Each compound had a corresponding Ascore value. A higher Ascore value indicates a stronger target action.

Among the 54 compounds, emodin had the highest degree and the highest Ascore, which is consistent with the fact that emodin is the most important component in PmT. Because emodin interacts extensively with hepatotoxicity-association targets, it may be the most important compound for hepatotoxicity, which has been suggested by many studies 47 . The Ascore for resveratrol was in the top 2 and has been shown to attenuate hepatotoxicity in rats exposed to arsenic trioxide. Gallic acid plays a hepatoprotective role in sodium fluoride-induced liver injury in rats. Quercetin has hepatoprotective effects against acrylonitrile-induced hepatotoxicity in rats. The protective and preventive effects of kaempferol were demonstrated in CCl 4 -induced hepatotoxicity. Rhein and physcion were shown to cause hepatotoxicity. Based on the Ascore values, 7 of the top 15 compounds were associated with either hepatotoxicity or hepatoprotection. Thus, the Ascore value of a compound reflects the degree of the hepatotoxicity-associated targets it can influence and furthers the possibility of hepatotoxicity. The investigation of other compounds with high Ascore values could provide important insights.

The superiority of pathway enrichment for determining the MOA of toxicity

Apoptosis is a well-known cause of PmT-induced HILI. In fact, many other pathways are considered as specific mechanisms of cell death. Some pathways have been confirmed for many compounds 45, 46, providing the rationale for our method. The highest concentration of drugs and metabolites after oral administration is usually found in the liver. Most hepatotoxic compounds are metabolized by CYP450 enzymes, which are primarily involved in the generation of reactive metabolites. Drugs can also interact with CYP450 enzymes as either inhibitors or substrates 53, 54 . Our web server admetSAR was used to predict compounds that could interact with CYP450s as either inhibitors or substrates. In addition to the prediction of CYP450 substrates or inhibitors, a total of 22 highly predictive qualitative classification models were implemented. The area under AUC ranged from 0.638 to 0.956 for the 22 classification models using 5-fold cross validation. As described in our previous study, all classification models were assigned a probability output instead of a simple binary output 43 . Thus, the 20 PmT components can be regarded as candidate PmT compounds that cause HILI via CYP450s. All of these metabolic disorders consequently contribute to liver cell death. Many studies have reported the influence of metabolism in PmT-induced HILI 55, 56 .

In addition to apoptosis and metabolism, 3 of the 9 phenotypic symptoms were confirmed by the corresponding pathways, which also provided the rationale for our method. Hepatitis is the most common and obvious side effect of PmT-induced hepatotoxicity 48, 49 . Bile is a vital secretion, essential for the digestion and absorption of fats and fat-soluble vitamins in the small intestine. Moreover, bile is an important route of elimination for excess cholesterol and many waste products, bilirubin, drugs and toxic compounds. Bile secretion depends on the function of the membrane transport systems in hepatocytes and cholangiocytes and on the structural and functional integrity of the biliary tree. Bile acids are also important signaling molecules. Coincidentally, Wang et al reported that the perturbation of nine bile acids (BAs) were associated with PmT-induced liver injury in 2015. However, the mechanism was not clear 57 . This result is consistent with our findings. In addition, 11 targets could explain these mechanisms. The nitrogen metabolism pathway could explain the presence of yellow or tawny urine.

The Toll-like receptor-signaling pathway was mapped with 13 targets. Coincidentally, Wang et al verified this result with animal experiments. After determining the organ-to-body ratio for each rat, histopathological observations of liver samples and mTLR-4 detection using RT-PCR revealed that the Toll-like receptor 4 (TLR4) may be associated with PmT-induced HILI 58 . Interestingly, most of the 13 targets were downstream targets and TLR4 was not affected, indicating that pathway enrichment could expand our current understanding and help us to view the system network as a whole.

Pathway information can be directly mapped onto each compound. If a compound interacts with a protein that is included in a pathway, the corresponding compound-pathway interaction is considered. However, such an approach does not consider the role of a target in a given pathway. Pathway enrichment was used to determine the possible MOA of hepatotoxicity.

There is a need for realistic evaluation of the toxicity of herbal drugs as they are prepared traditionally and used clinically. Special attention must be paid to toxicities that are not easily detected when used at reasonable doses, including genotoxicity, carcinogenicity, developmental toxicity and organ toxicity, particularly hepatotoxicity. Because a large number of components have variable potencies and affinities for various targets, the complexity of herbal medicine is a major issue for safety assessment. As with efficacy, toxicity may result from a combination of active compounds rather than a single chemical entity; therefore, different methods are required to replace or supplement those routinely used in classical drug risk assessment. Systems toxicology as an in silico tool is generally low-cost, efficient, and easy to handle. Pathway enrichment analysis is very important for systems toxicology. If an effect is caused by the action of a compound on an appropriate target and if this target belongs to a certain pathway, it suggests that any influence on this pathway is related to the observed effect. In this case, we may expect that if a new compound acts on any of the targets of this pathway, it may cause the same effect. This effect is quite possible when using plant extracts because of the presence of many phytocomponents 59 . We also screened the hepatotoxicity-related targets using the HILI symptoms, which focused our network analysis on hepatotoxicity. The robustness of a phenotype may be understood in terms of alternative compensatory signaling routes within complex biomolecular networks. Furthermore, intestinal absorption prediction, target expression data of organ distribution in the liver, Ascore function and the CYP450 prediction are innovations of the current study that can be used to clarify specific organ toxicity, such as hepatotoxicity.

The biphasic effects of PmT in the liver

Three factors could explain the biphasic effects of liver protection and damage induced by PmT. In terms of target function, the liver plays an important role in the metabolism of toxic substances by maintaining the balance between four main biological processes. Detoxifying enzymes and targets representing cell death were both present. With regard to metabolic function, 16 compounds were predicted to interact with CYP1A2. The level of CYP1A2 significantly varied amongst the individuals. People with high enzymatic activity may be more susceptible to the potential adverse effects of these compounds. In terms of apoptosis, the death receptors and ligands activating anti-apoptotic or cell-survival signals were both present. This result can also explain why PmT had both cytotoxic and protective effects. PmT compounds can interact with each other through pathways to influence hepatotoxicity. In fact, some herbs exhibit delayed or cumulative toxicity that may not be immediately obvious because the toxicity may be associated with the dose. Preclinical and clinical toxicology research on herbal medicines is in most cases inadequate or insufficient to fulfill official drug registration requirements. Toxicological and pharmacokinetic studies of individual constituents of herbal materials must be compared to the qualitative and quantitative profiling data for the total extract.

In this study, a computational systems toxicology approach was proposed to systematically understand the mechanisms of the effects of PmT on particular hepatotoxicity-associated pathways that could result in HILI. Apoptosis and metabolism are two major mechanisms of PmT-induced liver injury. Many of the pathways obtained from pathway enrichment have been verified in certain compounds. The Ascore developed in the current study is a helpful scoring tool that reflects the relationship between a compound and hepatotoxicity-associated targets, and the hepatotoxicity potential of a compound. Metabolic disorders will contribute to liver cell death. The biphasic effects of both liver protection and liver damage are also explained by the target function, metabolism and apoptosis. The methods employed in the current study could be used to identify novel hepatotoxic herbs.

Santrumpos

HILI, žolelių sukeltas kepenų pažeidimas; PmT, Polygonum multiflorum Thunb .; CTI, junginiai ir taikiniai, sąveika; MOA, veikimo mechanizmas; TCM, tradicinė kinų medicina; NIH, Nacionaliniai sveikatos institutai; SE, šalutinis poveikis; SDTNBI, poskyrio „narkotikai ir taikiniai“ tinkle pagrįstos išvados; AUC - plotas po imtuvo veikimo charakteristikų kreive; MeSH, medicinos dalykų antraštės; UMLS, vieninga medicinos kalbų sistema; tikslo ir kelio asociacija, TPA; tikslinių ligų asociacijos tinklas, TDA; AChE, acetilcholinesterazė; SOD, superoksido dismutazė; DCD, dermcidinas; NK, natūralus žudikas; TRAILR (TNFRSF10B): naviko nekrozės faktoriaus receptoriaus superžmogis 10B; PIK3CA, fosfatidilinozitolio 4, 5-bisfosfato 3-kinazės katalizinis alfa izoformos subvienetas; PIK3CB, fosfatidilinozitolio 4, 5-bisfosfato 3-kinazės katalizinio subvieneto beta izoformos; EIF2AK3, eukariotų transliacijos iniciacijos faktorius 2-alfa kinazė 3; CDKN1A, nuo ciklino priklausomas kinazės inhibitorius 1; MAPK14, mitogenais aktyvuota baltymo kinazė 14; MAPK8, mitogenu aktyvuota baltymo kinazė 8; STAT3, signalo keitiklis ir 3 transkripcijos aktyvatorius; BA, tulžies rūgštys; FXR (NRIH4), tulžies rūgšties receptorius; „ABCB1“, „ABC transporter B“ šeimos narys 1; ABCC2, ABC transporterio C šeimos narys 2; ABCG2, ATP surišančios kasetės G šeimos 2 narys; CFTR, cistinės fibrozės transmembraninio laidumo reguliatorius; CA12, karboanhidrazė 12; CA2, karboanhidrazė 2; NOS1, azoto oksido sintazės smegenys; NOS2, indukuojama azoto oksido sintazė; NOS3, azoto oksido sintazės endotelis; PTGS1, prostaglandino G / H sintazė 1; PTGS2, prostaglandino G / H sintazė 2; TLR4, į rinkliavą panašus 4 receptorius; RT-PGR, atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija.

Autoriaus indėlis

Yun TANG, Gui-xia LIU, Wei-hua LI, Bo ZHANG, Yin-yin WANG ir Jie LI suprojektavo eksperimentus; Yin-yin WANG atliko tyrimą; Yun TANG, Zeng-rui WU, Bo ZHANG ir Hong-bin YANG prisidėjo prie naujų analizės priemonių; Yin-yin WANG, Qin WANG ir Ying-chun CAI išanalizavo duomenis; Yun TANG, Yin-yin WANG, Jie LI ir Hong-bin YANG parašė popierius.

Papildoma informacija

„Word“ dokumentai

  1. 1.

    Papildoma S1 lentelė

    Informacija apie 105 junginius

  2. 2.

    Papildoma S2 lentelė

    „BiNGO“ rezultatas

  3. 3.

    Papildoma S3 lentelė

    k-pabandyk

  4. 4.

    Papildoma S4 lentelė

    Visi 90 būdų

  5. 5.

    Papildoma S5 lentelė

    ADMET savybes numatė admetSAR

    Papildomą informaciją galite rasti „Acta Pharmacologica Sinica“ svetainėje.