Nežinomas žurnalas (Gegužė 2020)

Pseudomonas fluorescens Pf0-1 transkripcijos ir antagonistinės reakcijos į filogenetiškai skirtingus bakterijų konkurentus

Pseudomonas fluorescens Pf0-1 transkripcijos ir antagonistinės reakcijos į filogenetiškai skirtingus bakterijų konkurentus

Dalykai Bakterijos Bendruomenės ekologija Genų išraiška Mikrobų ekologija Anotacija Dirvožemio bakterijų sugebėjimas sėkmingai konkuruoti su daugybe kitų mikrobų rūšių yra labai svarbus jų augimui ir išgyvenimui ribotoje maistinių medžiagų dirvožemio aplinkoje. Šiame darbe mes ištyrėme dirvožemyje gyvenančio Pseudomonas fluorescens padermės Pf0-1 elgesį ir transkripcijos reakcijas ant maistinių medžiagų neturinčio agaro agare ir susiduria su trijų filogenetiškai skirtingų bakterijų genčių, tai yra Bacillus , Brevundimonas ir Pedobacter, padermėmis . Konkurencija dėl maistinių medžiagų

Autonomiškai surinktų ir išsaugotų jūrų bakterioflanktonų metatranscriptominė analizė

Autonomiškai surinktų ir išsaugotų jūrų bakterioflanktonų metatranscriptominė analizė

Dalykai Genų išraiška Mikrobų biookeanografija Transkriptika Anotacija Planktoninis mikrobų aktyvumas ir bendruomenės struktūra yra dinamiška ir gali smarkiai pasikeisti nuo laiko iki kelių dienų. Tačiau dėl logistinių priežasčių šios laiko skalės pavyzdžių jūrinėje aplinkoje paprastai nepakanka. Siekdami palengvinti

Mikrobų bendruomenės sudėtis nuosėdose neleidžia trikdyti dėl maistinių medžiagų praturtėjimo

Mikrobų bendruomenės sudėtis nuosėdose neleidžia trikdyti dėl maistinių medžiagų praturtėjimo

Dalykai Biologinė įvairovė Biogeochemija Ekosistemos ekologija Mikrobų ekologija Anotacija Tikimasi, kad funkcinis dubliavimasis bakterijų bendruomenėse leis mikrobų agregatams išgyventi pasibjaurėjimą, leisdamas tęsti veiklą, nepaisant kompozicijos pokyčių bendruomenėse. Tačiau naujausi įrodymai rodo, kad dėl sutrikimų mikrobų bendruomenės keičia savo sudėtį ir funkcijas. Pateikiame trečiojo at

Mėginio gydymo poveikis genomo atsigavimui naudojant vienaląstelę genomiką

Mėginio gydymo poveikis genomo atsigavimui naudojant vienaląstelę genomiką

Dalykai Bakterijų genomika Metagenomika Anotacija Vienų ląstelių genomika yra galinga priemonė prieigai prie genetinės informacijos iš nekultivuotų mikroorganizmų. Mėginių tvarkymo metodai prieš vienaląsčių genomų amplifikaciją gali paveikti gautų genomų kokybę. Naudodami tris bakterijų padermes parodome, kad, palyginti su kriokonservacija, prastesnės kokybės vienaląsčiai genomai yra išgaunami, kai mėginys konservuojamas etanolyje arba jei mėginyje vyksta fluorescencija in situ hibridizacijos metu, o mėginio konservavimas paraformaldehide daro jį visiškai netinkamą sekos nustatymui. Pagrindinis

Virusai kaupiasi senstančiuose grybelinio miško patogeno infekcijos centruose

Virusai kaupiasi senstančiuose grybelinio miško patogeno infekcijos centruose

Dalykai Mikrobų ekologija Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2015 m. Sausio 20 d Šis straipsnis buvo atnaujintas Anotacija Manoma, kad grybeliniuose virusuose (mikovirusuose) su RNR genomais trūksta tarpląstelinių infekcinių dalelių. Šie virusai yra perduodami iš grybelių padermių per mycelial anastomozes arba vertikaliai per jų užkrėstas sporas, tačiau mažai žinoma apie jų paplitimą ir pasklidimą natūraliomis sąlygomis. Čia mes išsamiai išty

Tintinnidų (jūrinių planktoninių protistų) rūšių turtingi rinkiniai yra suskirstyti pagal burnos dydį

Tintinnidų (jūrinių planktoninių protistų) rūšių turtingi rinkiniai yra suskirstyti pagal burnos dydį

Dalykai Biologinė įvairovė Mikrobų ekologija Taksonomija Anotacija Atrodo, kad daugelis jūriniame planktone esančių mikrobų taksonų yra sodrūs dėl rūšių gausos. Pateikiame dalinį paaiškinimą, analizuodami rūšių organizavimą, rūšių pakavimą tiek taksonomijos, tiek morfologijos prasme. Mes sutelkėme dėmesį į

Ryšys su paviršiumi lemia Fennoskandijos skydo požeminių vandeningųjų sluoksnių įvairovės modelius

Ryšys su paviršiumi lemia Fennoskandijos skydo požeminių vandeningųjų sluoksnių įvairovės modelius

Dalykai Mikrobų bendruomenės Ekologiniai tinklai Mikrobų ekologija Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2016 m. Kovo 29 d Pataisymas: ISME žurnalas (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Atnaujinta 2016 m. Birželio 9 d.: Šis straipsnis iš pradžių buvo paskelbtas naudojant „NPG“ licenciją skelbti, tačiau dabar buvo prieinamas naudojant „CC BY-NC-ND 4.0“ licenciją. PDF

Graužikų kraujo ir jų blusų vektorių bakterijų bendruomenių panašumai ir sezoniniai skirtumai

Graužikų kraujo ir jų blusų vektorių bakterijų bendruomenių panašumai ir sezoniniai skirtumai

Dalykai Bendruomenės ekologija Anotacija Vektorių pernešamiems mikrobams taikomi dviejų skirtingų mikroaplinkų ekologiniai apribojimai: nariuotakojų vektoriaus ir jo stuburinių šeimininko kraujyje. Kadangi bakterijų bendrijų struktūra šiose dviejose mikroaplinkose gali iš esmės paveikti pernešėjų perduodamų mikrobų gausą, svarbu suprasti abiejų mikroaplinkų bakterijų bendrijų ir jas formuojančių veiksnių santykį. Mes panaudojome pirosequenc

Didelio aukščio pelaginių bakterijų fenologija: meteorologinio kintamumo, nuotėkio baseino įvesties ir šiluminės stratifikacijos vaidmuo struktūrizuojančiose bendruomenėse

Didelio aukščio pelaginių bakterijų fenologija: meteorologinio kintamumo, nuotėkio baseino įvesties ir šiluminės stratifikacijos vaidmuo struktūrizuojančiose bendruomenėse

Anotacija Daugelio eukariotų bendruomenių rūšių sudėtis gali būti nuspėjama sezoniškumu, tačiau bakterijų bendruomenėse tokie fenologiniai požymiai nėra gerai aprašyti. Šis tyrimas kiekybiškai įvertino bakterioplanktono, esančio aukštyje esančiame ežere Kalifornijos Sierra Nevadoje, sezoninį kitimą per 3 metų 2004–2006 metus. Bakterioplanktonas pasižy

Šviesos sukeltos transkripcijos reakcijos, susijusios su proteorodopsin padidėjusiu jūrinės flavobakterijos augimu

Šviesos sukeltos transkripcijos reakcijos, susijusios su proteorodopsin padidėjusiu jūrinės flavobakterijos augimu

Dalykai Mikrobų biookeanografija Mikrobų ekologija Fotobiologija Transkriptika Anotacija Proteorhodopsin (PR) yra fotoproteinas, veikiantis kaip šviesos veikiamas protonų siurblys įvairiose jūrinėse bakterijose ir Archaea. Naujausi tyrimai rodo, kad PR gali padidinti kai kurių flavobakterijų augimo greitį ir derlių, kai jos auginamos maistines medžiagas ribojančiomis sąlygomis. Tačiau tiesi

Koralai išskiria bakterijas kaip galimą atsparumo organinėms medžiagoms praturtėjimo mechanizmą

Koralai išskiria bakterijas kaip galimą atsparumo organinėms medžiagoms praturtėjimo mechanizmą

Anotacija Koralinių rifų atsparumo antropogeniniams stresoriams mechanizmų supratimas yra kritinis žingsnis siekiant sušvelninti jų dabartinį globalų nuosmukį. Koralų ir bakterijų asociacijos yra labai svarbios rifų sveikatai ir ligoms, tačiau tiesioginiai šios sąveikos stebėjimai išlieka neištyrinėti. Čia mes naudojame

Jūrų požeminių nuosėdų mikrobų gyvybei nustatyti ir diskriminuoti nustatymas

Jūrų požeminių nuosėdų mikrobų gyvybei nustatyti ir diskriminuoti nustatymas

Anotacija Mikrobų gyvenimo natūralioje aplinkoje nustatymas ir suskaičiavimas suteikia pagrindinę informaciją apie biosferos mastą Žemėje. Tačiau jau seniai sunku įvertinti mikrobinių ląstelių gausą nuosėdinėse buveinėse, nes nespecifinis fluorescencinių dažų jungimasis ir (arba) auto-fluorescencija iš nuosėdų dalelių labai trukdo atpažinti iš ląstelių kilusius signalus. Čia parodoma labai efektyv

Mikroorganizmai išlieka rekordiniame gylyje Kenterberio baseino dugno dugne

Mikroorganizmai išlieka rekordiniame gylyje Kenterberio baseino dugno dugne

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2014 m. Sausio 16 d Pataisymas: ISME žurnalas (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; paskelbta internete 2014 m. sausio 16 d Nuo šio straipsnio publikavimo autoriai atkreipė dėmesį į tai, kad Straipsnių skaitymo archyve deponuotas tyrimo prisijungimo numeris buvo praleistas iš straipsnio. Tyrimo pr

Tarpląstelinė Vibrio cholerae replikacijos niša Acanthamoeba castellanii ameboje

Tarpląstelinė Vibrio cholerae replikacijos niša Acanthamoeba castellanii ameboje

Dalykai Bakteriologija Vandens mikrobiologija Anotacija Vibrio cholerae yra žmogaus patogenas ir choleros sukėlėjas. Šios bakterijos išlikimas vandens aplinkoje yra pagrindinis epidemiologinis susirūpinimas, nes cholera yra perduodama per užterštą vandenį. Plėšrieji protistai, tokie kaip amebos, yra pagrindiniai tokioje aplinkoje esančių bakterijų populiacijų reguliatoriai. Todėl mes išty

Bakterijų įvairovė, susijusi su antrine gamyba ir paeiliui rudadumblių Laminaria hyperborea paviršiuose

Bakterijų įvairovė, susijusi su antrine gamyba ir paeiliui rudadumblių Laminaria hyperborea paviršiuose

Dalykai Bakterijų sekrecija Biologinė įvairovė Miško ekologija Mikrobų ekologija Anotacija Rudadumbliai visame pasaulyje yra žinomi kaip makroskopinės biologinės įvairovės ir pirminės produkcijos taškai, tačiau apie biologinę įvairovę ir mikroorganizmų vaidmenį šiose ekosistemose žinoma labai mažai. Heterotrofinių bakte

Jūrų kempinių „Mycale laxissima“ ir „Ircinia strobilina“ luxS genų įvairovė ir funkcinė analizė Vibriose

Jūrų kempinių „Mycale laxissima“ ir „Ircinia strobilina“ luxS genų įvairovė ir funkcinė analizė Vibriose

Dalykai Biologinė įvairovė Mikrobų biookeanografija Mikrobų ekologija Simbiozė Anotacija Kempinės turi labai įvairias ir tankias mikrobų bendruomenes, sukurdamos aplinką, kurioje gali būti svarbu signalizuoti apie bakterijas. Kvorumo jutimas (QS) - tai nuo ląstelių tankio priklausantis signalizacijos procesas, kurį bakterijos naudoja savo genų ekspresijai koordinuoti ir reguliuoti. Ankstesni tyr

Pakitusios Schaedler floros, visos žarnos mikrobiotos, metabolizmas sisteminiu lygiu

Pakitusios Schaedler floros, visos žarnos mikrobiotos, metabolizmas sisteminiu lygiu

Dalykai Bakterijos Mikrobų bendruomenės Anotacija Pakitusi Schaedler flora (ASF) yra pavyzdinė mikrobų bendruomenė, turinti reikšmę tiek in vivo, tiek in vitro . Čia pateikiame pirmąjį ASF bendruomenės apibūdinimą in vitro , nepriklausomą nuo pelių šeimininko. Palyginome ASF funkcinį genetinį kiekį su laukinių pelių metagenomomis ir nustatėme, kad ASF funkciškai atspindi laukinius mikrobiomus geriau nei atsitiktiniai panašios taksonominės sudėties konsorciumai. Mes sukūrėme chemiškai a

Aktyvios azotą fiksuojančios heterotrofinės bakterijos prie centrinės Baltijos jūros chemoklino ir po juo

Aktyvios azotą fiksuojančios heterotrofinės bakterijos prie centrinės Baltijos jūros chemoklino ir po juo

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Anotacija Į Baltijos jūrą daug azoto įveda diazotrofinės (N 2 fiksuojančios) heterocistinės melsvadumbliai, tačiau heterotrofinės N 2 fiksacijos reikšmė nebuvo ištirta. Čia buvo ištirta nifH fermento nifH fragmento įvairovė, gausa ir transkripcija dviejuose Baltijos jūros baseinuose. N2 fiksacija buv

Šewanella piezotolerans WP3 NVP sistemų fiziologiniai ir evoliuciniai tyrimai

Šewanella piezotolerans WP3 NVP sistemų fiziologiniai ir evoliuciniai tyrimai

Dalykai Bakterijų evoliucija Bakterijų genai Bakterijų fiziologija Anotacija Daugelyje Shewanella rūšių yra dvi periplazminės nitratų reduktazės (NAP-α ir NAP-β), kurios yra unikalus šios genties bruožas. Šiame tyrime buvo tiriamos abiejų NPP sistemų fiziologinės funkcijos ir evoliucinis ryšys giliavandenėje bakterijoje Shewanella piezotolerans WP3. Įrodyta, kad abi

Didesnė denitruojančių mikroorganizmų įvairovė ir gausa aplinkoje, nei manyta anksčiau

Didesnė denitruojančių mikroorganizmų įvairovė ir gausa aplinkoje, nei manyta anksčiau

Dalykai Dirvožemio mikrobiologija Anotacija Denitrifikacija yra svarbus procesas visame azoto cikle. Genai, koduojantys NirK ir NirS ( nirK ir nirS ), kurie katalizuoja nitritų redukciją į azoto oksidą, buvo naudojami kaip žyminiai genai tiriant denitrikatorių ekologinę elgseną aplinkoje. Tačiau įprasti polimerazės grandininės reakcijos (PGR) pradmenys gali aptikti tik ribotą filogenetiškai įvairių nirK ir nirS diapazoną . Taigi mes sukūrė

Erdviniu būdu išspręstas mėginių ėmimas atskleidžia dinamiškas mikrobų bendruomenes kylančiuose hidroterminiuose pliūpsniuose per užpakalinio lanko baseiną

Erdviniu būdu išspręstas mėginių ėmimas atskleidžia dinamiškas mikrobų bendruomenes kylančiuose hidroterminiuose pliūpsniuose per užpakalinio lanko baseiną

Dalykai Biogeochemija Mikrobų ekologija Anotacija Hidroterminiuose pliūpsniuose chemosintetiniai procesai ir mikrobų bei mineralų sąveika didina pirminį produktyvumą giliųjų vandenynų maisto tinkluose ir gali turėti įtakos tokių elementų, kaip geležis, transportavimui. Tačiau mikroorganizmų šaltinis pliūpsnyje ir veiksniai, lemiantys šių bendruomenių susibūrimą, yra menkai suprantami, iš dalies dėl to, kad trūksta duomenų apie ankstyvuosius pliūpsnio formavimosi etapus. Šiame tyrime mes ištyrėme k

Signalinis tarpdisciplininis pokalbis moduliuoja spiečių susidarymą ir bioplėvelės formavimąsi koralų patogene Serratia marcescens

Signalinis tarpdisciplininis pokalbis moduliuoja spiečių susidarymą ir bioplėvelės formavimąsi koralų patogene Serratia marcescens

Dalykai Gyvūnų elgesys Bakterijos Mikrobų biookeanografija Simbiozė Anotacija Mikrobų bendruomenių, susijusių su jūrų holobiontais, sąveika turi didelę įtaką šių simbiotinių organizmų, kuriuos sudaro bestuburiai, dinoflagellatai ir bakterijos, sveikatai. Tačiau mechanizmai, kontroliuojantys su stuburiniais gyvūnais susijusią mikrobiotą, dar nėra iki galo išaiškinti. Iš asimptominių koralų

Į gyvūnus panašūs prostaglandinai jūrų mikrodumbliuose

Į gyvūnus panašūs prostaglandinai jūrų mikrodumbliuose

Dalykai Molekulinė ekologija Transkriptika Anotacija Diatomos yra viena sėkmingiausių pirminių gamintojų vandenynų ir gėlo vandens aplinkose. Dėl antrinių endosimbiotinių reiškinių diatomai turi mišrų genomą, kuriame yra bakterijų, gyvūnų ir augalų genai, koduojantys metabolizmo kelius, kurie gali paaiškinti jų evoliucinę sėkmę. Tirdami dviejų diatomo

Pažymėtas protistinių bendruomenių sezoniškumas ir didelis erdvinis kintamumas negiliose gėlo vandens sistemose

Pažymėtas protistinių bendruomenių sezoniškumas ir didelis erdvinis kintamumas negiliose gėlo vandens sistemose

Dalykai Vandens mikrobiologija Anotacija Maži eukariotai vaidina pagrindinį vaidmenį vandens ekosistemose, darydami įtaką jų vietinei aplinkai, globaliems biogeocheminiams ciklams ir klimatui. Jų poveikis priklauso nuo bendruomenės struktūros, kuri laikui bėgant kinta. Tačiau labai nedaugelyje tyrimų atsižvelgiama į laiko kitimą. Tai ypač pasa

Grybelinės bendruomenės iš metano hidratų turinčių giliavandenių jūros nuosėdų Pietų Kinijos jūroje

Grybelinės bendruomenės iš metano hidratų turinčių giliavandenių jūros nuosėdų Pietų Kinijos jūroje

Anotacija Norint išsiaiškinti grybelių įvairovę metano hidratais turinčiuose giliavandeniuose jūros sedimentuose Pietų Kinijos jūroje, buvo amplifikuoti ir filogenetiškai išanalizuoti penkių skirtingų nuosėdų DNR mėginių rRNR genų vidiniai perrašyti tarpiniai (ITS) regionai. Iš viso buvo sukonstruotos penkios ITS bibliotekos ir 413 atsitiktinai parinktų klonų buvo sugrupuoti į 24 restrikcijos modelius, naudojant amplifikuotos ribosominės DNR restrikcijos analizę (ARDRA). Buvo nustatytos 44 repr

Koralų kolonijose yra labai struktūruotos prokariotų bendruomenės

Koralų kolonijose yra labai struktūruotos prokariotų bendruomenės

Dalykai Biologinė įvairovė Aplinkos mikrobiologija Mikrobų ekologija Mikrobiomas Anotacija Fiziologinės savybės, ligos ir balinimo paplitimas atskirose koralų kolonijose dažnai būna nevienodi. Šiems atsakams didelę įtaką daro su koralais susiję mikrobai, tačiau tai, kaip pasikeitė koralų mikrobiomas mažose erdvinėse skalėse, niekada nebuvo įvertinta kiekybiškai. Mes atlikome didelės

Metabolinis epifitinių bakterijų pėdsakas ant Arabidopsis thaliana lapų

Metabolinis epifitinių bakterijų pėdsakas ant Arabidopsis thaliana lapų

Dalykai Arabidopsis thaliana Metabolomika Mikrobų ekologija Augalų fiziologija Anotacija Fylososfera, kuri apibūdinama kaip sausumos augalų dalys virš žemės paviršiaus, yra didelė įvairių mikroorganizmų, kurie labai prisitaiko prie savo aplinkos, buveinė. Atliekant nepriklausomus nuo kultūros nepriklausomus funkcinius genomikos tyrimus, buvo iškelta daugybė hipotezių, siekiant paaiškinti specializuotų bakterijų konkurencingumą fitosferoje. Priešingai, trūksta

Neįprasta hiperalkalifilinių mikrobų bendruomenių metabolinė įvairovė, susijusi su pogrindiniu serpentinizavimu kedruose

Neįprasta hiperalkalifilinių mikrobų bendruomenių metabolinė įvairovė, susijusi su pogrindiniu serpentinizavimu kedruose

Dalykai Biologinė įvairovė Biogeochemija Anotacija Vanduo iš „Cedars“ šaltinių, išsiskiriantis iš serpentinizuotų ultramaftinių uolienų, pasižymi labai šarminėmis (pH = ~ 12), labai mažinančiomis ( E h <–550 mV) sąlygomis, esant mažoms jonų koncentracijoms. Dėl šių sąlygų spyruoklės yra ypač sudėtingos visam gyvenimui. Čia pateikiami metagenominiai d

Mixotrofiniai haptofitai yra pagrindiniai bakteriniai ganytojai oligotrofiniuose pakrančių vandenyse

Mixotrofiniai haptofitai yra pagrindiniai bakteriniai ganytojai oligotrofiniuose pakrančių vandenyse

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Anotacija Ganymo greičio apskaičiavimai rodo, kad maždaug pusė bakterijų, esančių oligotrofiniuose vandenynuose, susidaro dėl mixotrofinių flagellatų (MF). Tačiau daugumoje vertinimų dumbliai buvo laikomi viena grupe. Čia mes siekėme atidaryti fitoflagellatų (PF) <20 μm juodąją dėžę. Hapofitai, chlorofit

Augalų atsparumas stresui per buveinėms pritaikytą simbiozę

Augalų atsparumas stresui per buveinėms pritaikytą simbiozę

Anotacija Mes parodėme, kad vietinėms žolių rūšims iš pakrančių ir geoterminių buveinių reikia atitinkamai simbiotinių grybinių endofitų druskos ir šilumos atsparumui. Simbiotiškai suteiktas atsparumas stresui yra buveinėms būdingas reiškinys, kai geoterminiai endofitai suteikia šilumos, bet netoleruoja druskos, o pakrančių endofitai suteikia druskai, bet nėra atsparūs šilumai. Tos pačios grybelių rūš

Grybelinė bendruomenė, suskaidanti lapų kraiką, greitai keičiasi

Grybelinė bendruomenė, suskaidanti lapų kraiką, greitai keičiasi

Dalykai Ekosistemos ekologija Miško ekologija Grybelinė ekologija Anotacija Grybai yra laikomi pagrindiniais negyvų augalų biomasės skilėjais sausumos ekosistemose. Tačiau dabartinės žinios apie iš eilės vykstančius grybelių bendruomenių pokyčius skiliant kraikui yra ribotos. Čia mes ištyrėme grybelinės visuomenės išsivystymą per 24 mėnesius šiukšlių skilimą vidutinio klimato miške, kuriame vyrauja Quercus petraea, naudojant grybo vidinio transkribuoto tarpininko (ITS) regiono 454-pirosequencing ir cellobiohidrolazės I ( cbhI ) genus, kurie koduoja egzoceliulazes. konkrečiai skirtas celiulio

Magnetosomų turinčios bakterijos, gyvenančios kaip dvigeldžių augalų simbionai

Magnetosomų turinčios bakterijos, gyvenančios kaip dvigeldžių augalų simbionai

Dalykai Metagenomika Simbiozė Anotacija Bakterijos, kuriose yra magnetosomų (baltymų surištos magnetito arba greigito nanodalelės), yra paplitusios daugelyje nuosėdinių buveinių, tačiau niekada anksčiau nebuvo nustatyta, kad jos gyvena kitame organizme. Čia parodome, kad oktaedriniai intarpai tarpląsteliniuose jūrinių dvigeldžių skydliaukių Thyasira plg. gouldi sudėtyje

Kryžminė jūros bakterijų tinklų analizė rodo laikinų pokyčių plitimą žemyn

Kryžminė jūros bakterijų tinklų analizė rodo laikinų pokyčių plitimą žemyn

Dalykai Mikrobų ekologija Anotacija Manoma, kad mikrobų sąveika ir stratifikacija gelmėse yra svarbios mikrobų bendrijų varomosios jėgos, nors mažai žinoma apie tai, kaip mikrobų asociacijos skiriasi tarp gelmių ir tarp jų. Kas mėnesį dešimtmetį stebėjome laisvai gyvenančių mikrobų bendruomenę San Pedro vandenyno laiko serijos stotyje penkiais skirtingais gyliais: 5 m, maksimaliu giliu chlorofilo sluoksniu, 150 m, 500 m ir 890 m (šiek tiek aukščiau). jūros dugnas). Čia pri

Tiesioginis bakterijų kvorumo surinkimas

Tiesioginis bakterijų kvorumo surinkimas

Dalykai Taikomoji mikrobiologija Anotacija Daugelyje pranešimų išaiškinti bakterijų kvorumo jutimo (QS), molekulinės komunikacijos sistemos, kuria bakterijų ląstelės išvardija savo ląstelių tankį ir organizuoja kolektyvinį elgesį, mechanizmai ir pasekmės. Tačiau tik keliais atvejais buvo pranešta apie bakterijų, turinčių tokį bendrą elgesį, skaičių kaip skaičiaus koncentraciją arba visos jos dalį. Pavyzdžiui, ne visos populi

Geležies biologinis prieinamumas fitoplanktonui: empirinis metodas

Geležies biologinis prieinamumas fitoplanktonui: empirinis metodas

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Anotacija Vandens aplinkose fitoplanktoną dažnai riboja geležis. Nagrinėjame Fe biologinį prieinamumą fitoplanktonui, analizuodami kelių fitoplanktono rūšių, auginamų Fe apribojimo sąlygomis, geležies pasisavinimą iš įvairių Fe substratų ir palygindami išmatuotas sugerties greičio konstantas (Fe pasisavinimo greitis / substrato koncentracija). Kai neterilizuota g

Antagonizmas daro įtaką „Bacillus“ gildijos susirinkimui vietos bendruomenėje ir yra vaizduojamas kaip maisto grandinės tinklas

Antagonizmas daro įtaką „Bacillus“ gildijos susirinkimui vietos bendruomenėje ir yra vaizduojamas kaip maisto grandinės tinklas

Dalykai Bakterijos Maisto tinklai Anotacija Suprasti principus, kurie valdo bendruomenės susirinkimus, yra pagrindinis ekologijos tikslas. Natūralioje aplinkoje yra nedaug eksperimentinių įrodymų, kad mikrobų sankaupoms bendruomenėse įtakos turi antagonistinė sąveika. Todėl mes ištyrėme prieštaringumą tarp taksonomiškai susijusios bakterijų gildijos, gautos iš penkių vietų gėlo vandens sistemos nuosėdose, bakterijų izoliatų. Mes iškėlėme hipotezę,

Jūrų planktono kopiotrofo Alteromonas macleodii dviejų ekotipų lyginamoji genomika siūlo alternatyvų gyvenimo būdą, susijusį su skirtingomis kietųjų dalelių organinėmis medžiagomis.

Jūrų planktono kopiotrofo Alteromonas macleodii dviejų ekotipų lyginamoji genomika siūlo alternatyvų gyvenimo būdą, susijusį su skirtingomis kietųjų dalelių organinėmis medžiagomis.

Anotacija Alteromonas macleodii yra dažnas jūrinis heterotrofinis γ-proteobakterijas. Iš šio mikrobų klasterio molekulinės analizės būdu išsiskiria į dvi pagrindines genotipų grupes arba ekotipus: vieną jų galima rasti vidutinio aukščio platumose viršutinėje vandens kolonos dalyje, kitą - didžiąją dalį Viduržemio jūros gilumoje. Čia aprašome vieno „gil

Rhizobitoksino gamintojai simbiozėje įgyja daugiau poli-3-hidroksibutirato, nei konkuruojančios šakniastiebiai, tačiau sumažina augalų augimą

Rhizobitoksino gamintojai simbiozėje įgyja daugiau poli-3-hidroksibutirato, nei konkuruojančios šakniastiebiai, tačiau sumažina augalų augimą

Anotacija Ankštinės ankštinės sankcijos nuo šakniastiebių, kurios fiksuoja mažiau azoto, turėtų būti stipriai parinktos naudingesniems šakniastiebių genotipams, tačiau padermės, teikiančios mažai naudos šeimininkams, yra įprastos. Viena iš priežasčių gali būti ta, kad kai kurie šakniastiebiai chemiškai manipuliuoja šeimininku, taip pakenkdami sankcijų veiksmingumui. Čia parodome, kad etileno

Cheminiai dispergentai padidina naftos ir dujų kondensatą ardančių jūrinių bakterijų veiklą

Cheminiai dispergentai padidina naftos ir dujų kondensatą ardančių jūrinių bakterijų veiklą

Dalykai Metagenomika Mikrobų ekologija Naujos kartos sekos Transkriptika Anotacija Cheminių dispergentų naudojimas naftos išsiliejimui jūros aplinkoje yra įprasta praktika paskirstyti aliejų į vandens koloną ir skatinti naftos biologinį skaidymąsi didinant jo biologinį prieinamumą vietinėms bakterijoms, gebančioms natūraliai metabolizuoti angliavandenilius. Kalbant apie i

Krituliuose esančios aktyvios ledo branduolio bakterijos yra genetiškai įvairios ir ledo branduolį sudaro skirtingi mechanizmai

Krituliuose esančios aktyvios ledo branduolio bakterijos yra genetiškai įvairios ir ledo branduolį sudaro skirtingi mechanizmai

Dalykai Oro mikrobiologija Bakteriologija Biologinė įvairovė Anotacija Augantis netiesioginių įrodymų visetas rodo, kad aktyvios ledo branduolio (Ice + ) bakterijos prisideda prie kritulių susidarymo heterologiniu būdu atšaldant ypač atvėsintą vandenį debesyse. Tačiau mažai žinoma apie ledo + bakterijų koncentraciją krituliuose, jų genetinę ir fenotipinę įvairovę, ryšį su oro masės trajektorijomis ir kritulių chemija. Šio tyrimo metu per 15 mė

Yersinia pestis infekcija ir laboratorinės sąlygos keičia blusų bakterijų bendruomenes

Yersinia pestis infekcija ir laboratorinės sąlygos keičia blusų bakterijų bendruomenes

Dalykai Bakterijų šeimininko atsakas Bakterinė infekcija Mikrobų ekologija Anotacija Mes surinkome Oropsylla montana iš voverių Spermophilus varigatus ir surinktą blusų pogrupį užkrėtėme Yersinia pestis , etiologiniu maro sukėlėju. Laukinių, neužkrėstų kontrolinių ir užkrėstų blusų bakterijų bendruomenėms apibūdinti mes panaudojome briaunuotą DNR pirosequencing. Y. pestis užkrėstų blusų

Jūros bakterijų genomo charakteristikos

Jūros bakterijų genomo charakteristikos

Dalykai Evoliucinė ekologija Jūrų mikrobiologija Filogenomika Anotacija Jūros Roseobacter genties nariai buvo apibūdinami kaip ekologiniai genealistai, ir tai rodo, kad bus sunku priskirti gerai apibrėžtus ekologinius vaidmenis ir biogeochemines funkcijas taksonui. Siekiant išspręsti šią problemą, buvo ištirtos 32 Roseobacter izoliatų genomo sekos, atsižvelgiant į genomo charakteristikas, genų atsargas ir atskirą genų / kelių pasiskirstymą, naudojant tris numatomus principus: filogenetinį ryšį, gyvenimo būdo strategiją ir izoliato kilmę aplinkoje. Pirmajam kartonui gauti b

Protistų ir bakterijų įvairovė lemia grobio savybes ir stabilumą

Protistų ir bakterijų įvairovė lemia grobio savybes ir stabilumą

Dalykai Bakterijos Maisto tinklai Mikrobų ekologija Anotacija Plėšikavimas daro įtaką grobio įvairovei ir produktyvumui, tuo pačiu padidindamas organinių maistinių medžiagų srautą ir perskirstymą į biomasę aukštesniame trofiniame lygmenyje. Vis dėlto nežinoma, kokią įtaką bakterijų grobiui daro bakterijų augintojai. Naudodami 456 mikroko

Fenotipinis plastiškumas heterotrofinėse jūrų mikrobų bendruomenėse tęstinėse kultūrose

Fenotipinis plastiškumas heterotrofinėse jūrų mikrobų bendruomenėse tęstinėse kultūrose

Dalykai Mikrobų ekologija Anotacija Fenotipinis plastiškumas (PP) yra tam tikro taksono alternatyvių fenotipų vystymasis kaip prisitaikymas prie aplinkos sąlygų. Metodologiniai apribojimai apsiribojo PP kiekybiniu įvertinimu tam, kad būtų galima išmatuoti kelis atskirų organizmų bruožus. Šiems iššūk

Virocelio koncepcija ir aplinkos mikrobiologija

Virocelio koncepcija ir aplinkos mikrobiologija

Dalykai Aplinkos mikrobiologija Virologija Puikus viruso sugrįžimas Įrašius viruso daleles aplinkos mėginiuose, naudojant fluorescencinę elektronų mikroskopiją ir perdavimo elektronų mikroskopiją, paaiškėjo, kad virusai yra gausiausi biologiniai vienetai mūsų planetoje. Be to, metagenominės analizės, nukreiptos į virusus (virusus), parodė, kad virusų genomai yra didelis naujos genetinės įvairovės rezervuaras (Kristensen ir kt., 2010; Mokili ir kt.

Dirvožemio proteobakterijų gausumas, sudėtis, įvairovė ir naujumas

Dirvožemio proteobakterijų gausumas, sudėtis, įvairovė ir naujumas

Anotacija Mažų subvienetų (16S) rRNR genų tyrimai, sukuriantys beveik viso ilgio 16S rRNR klonus, suteikia unikalią galimybę atlikti nuodugnią filogenetinę analizę, kad būtų pabrėžtas įvairių pagrindinių dirvožemyje esančių bakterinių fililų įvairovės plotis. Šis tyrimas siūlo išsamią filogenetinę baltymų, susijusių su proteobakterijomis, klonų, identifikuotų iš 13 001 beveik viso ilgio 16S rRNR geno klonų, gautų iš Oklahomos aukštapelkės prerijų dirvožemio, analizę. Proteobakterijos buvo gausiausias pliūp

Augalų ir grybų bendruomenių sąsajos su miškų naikinimo chronosequest Amazonės lietaus miškuose

Augalų ir grybų bendruomenių sąsajos su miškų naikinimo chronosequest Amazonės lietaus miškuose

Dalykai Biologinė įvairovė Bendruomenės ekologija Grybelinė ekologija Augalų ekologija Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2014 m. Birželio 24 d Šis straipsnis buvo atnaujintas Anotacija Mikrobų bendrijų, augalų bendrijų ir dirvožemio savybių sąveikos supratimas po miškų naikinimo galėtų suteikti įžvalgos apie žemės naudojimo pokyčių ilgalaikį poveikį ekosistemų funkcijoms ir gali padėti nustatyti būdus, kurie skatina sugadintų vietų atkūrimą. Norėdami įvertinti grybelio ir au

Netikėti genomo ypatumai plačiai paplitusiose ląstelėse esančiose bakterijose: jūrinių chlamidijų judrumo įrodymai

Netikėti genomo ypatumai plačiai paplitusiose ląstelėse esančiose bakterijose: jūrinių chlamidijų judrumo įrodymai

Dalykai Bakterijų evoliucija Bakterijų genomika Simbiozė Anotacija Chlamidijos yra privalomos tarpląstelinės bakterijos, turinčios svarbius žmogaus patogenus ir protistų simbionus. Molekuliniai įrodymai rodo didžiulę chlamidijų įvairovę, ypač jūrų aplinkoje, tačiau dabartinės žinios daugiausia paremtos sausumos atstovais. Čia pateikiame pir

Genominės įžvalgos apie SAR86 - gausią ir nekultivuojamą jūrinių bakterijų liniją

Genominės įžvalgos apie SAR86 - gausią ir nekultivuojamą jūrinių bakterijų liniją

Anotacija Bakterijos, esančios 16S rRNR clade SAR86, yra vienos iš gausiausių nekultivuotų mikrobinių junginių sudedamųjų dalių paviršiniame vandenyne, apie kurias šiuo metu yra mažai informacijos apie genomą. Bioinformatiniai metodai buvo naudojami dviem beveik išbaigtiems genomams surinkti iš jūrinių metagenomų, o vienos ląstelės sekos sudarė dar du dalinius genomus. Įdarbinti metagenom

„Kempinėms būdingos“ bakterijos yra plačiai paplitusios (bet retos) įvairiose jūrų aplinkose

„Kempinėms būdingos“ bakterijos yra plačiai paplitusios (bet retos) įvairiose jūrų aplinkose

Dalykai Biologinė įvairovė Jūrų mikrobiologija Anotacija Daugybė tyrimų pranešė, kad egzistuoja kempinėms būdingų 16S ribosominių RNR (rRNR) genų sekų sankaupos, reprezentuojančios kempinėse aptinkamas bakterijas, bet neaptinkamas kitoje aplinkoje, pavyzdžiui, jūros vandenyje. Atsiradus giliųjų sekų nustatymo technologijoms, galime ištirti retą mikrobų biosferą, kad nustatytume, ar šios bakterijos yra specifiškos kempinėms, ar yra plačiau paplitusios, bet tik tada, kai jų kiekis yra mažesnis nei įprastų molekulinių metodų aptikimo riba. Mes apžiūrėjome> 12 milijonų vi

Eukariotų ledus jungiančių baltymų ekspresija in situ Arkties ir Antarkties jūros ledo mikrobų bendruomenėse

Eukariotų ledus jungiančių baltymų ekspresija in situ Arkties ir Antarkties jūros ledo mikrobų bendruomenėse

Dalykai Mikrobų bendruomenės Sekavimas Vandens mikrobiologija Anotacija Ledus jungiantys baltymai (IBP) buvo išskirti iš įvairių jūros ledo organizmų. Jų apibūdinimas rodo svarbų vaidmenį saugant organizmus aplinkoje, kurioje nulis yra nulis. Tačiau jų in situ gausa ir įvairovė natūralių jūros ir ledo mikrobų bendruomenėse iš esmės nežinoma. Šiame tyrime išanaliza

Patobulintos paviršinių vandenynų rožiųbakterijų kilmės evoliucinė analizė

Patobulintos paviršinių vandenynų rožiųbakterijų kilmės evoliucinė analizė

Dalykai Bakterijų genomika Jūrų mikrobiologija Filogenetika Anotacija Didžioji dauguma vandenyno bakterijų yra nekultūringos. Palyginti su kultūringais giminaičiais, jie dažnai demonstruoja supaprastintą genomą, sumažintą G + C kiekį ir skirtingą genų repertuarą. Šie genomo bruožai yra svarbūs prisitaikant prie aplinkos ir paprastai buvo manoma, kad jūrų bakterijų populiacijose jie įsitvirtina atrankos būdu. Naudodamiesi vienaląsči

Diferencinis amoniako oksidatorių ir nitritų oksidatorių indėlis į nitrifikaciją keturiuose nedygliuotuose dirvožemiuose

Diferencinis amoniako oksidatorių ir nitritų oksidatorių indėlis į nitrifikaciją keturiuose nedygliuotuose dirvožemiuose

Dalykai Dirvožemio mikrobiologija Anotacija Ryžių žaliuojamiems laukams būdingas reguliarus potvynis ir tręšimas azotu, tačiau aerobinių amoniako oksidatorių ir nitritų oksidatorių funkcinė svarba vykdant unikalų žemės ūkio valdymą yra menkai suprantama. Šiame tyrime mes pranešame apie skirtingą amoniaką oksiduojančių archajų (AOA), bakterijų (AOB) ir nitritus oksiduojančių bakterijų (NOB) indėlį į nitrifikaciją keturiuose nederlinguose dirvožemiuose iš skirtingų geografinių regionų (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) ir Jia-Xing (JX)), kurie reprezentuoja ryžių ekosistemas Kinijoje. K

Biodujų dugno mikrobinių bendrijų biologinė įvairovė bioturbuose pakrančių nuosėdose kontroliuojama geocheminiais mikronais

Biodujų dugno mikrobinių bendrijų biologinė įvairovė bioturbuose pakrančių nuosėdose kontroliuojama geocheminiais mikronais

Anotacija Norėdami išsiaiškinti, kaip dviejų vėžiagyvių - vaiduoklinių krevečių Neotrypaea californiensis ir meškėčių krabų Uca crenulata - bioturbinis aktyvumas paveikė pakrančių lagūnos (Katalinos uostas, Santa Catalina sala, CA, JAV). Aplinkos parametrams apibūdinti buvo atlikta išsami geocheminė analizė, įskaitant deguonies mikrosensorių matavimus. Norėdami palyginti bakt

Retas SAR11 fosmidinis klonas, patvirtinantis genetinį kintamumą 'Candidatus Pelagibacter ubique' genome.

Retas SAR11 fosmidinis klonas, patvirtinantis genetinį kintamumą 'Candidatus Pelagibacter ubique' genome.

Anotacija Aprašyta fosidinio klono iš pakrančių jūrų metagenomikos bibliotekos, kurioje yra 16S rRNR genas, sekos analizė, turinti didelį sekos panašumą į SAR11 bakterijos „ Candidatus Pelagibacter ubique“ HTCC1062. Fosmidinio klono seka buvo 32 086 bp ilgio ir jame buvo 23 187 bp 48 kb hipervariantinės srities 2 (HVR2), esančios ' Cand ' genome. P. ubique '

Genominė daugelio nekultūringos bentosinės archajos giminių geneologinė rekonstrukcija rodo skirtingus biogeocheminius vaidmenis ir ekologines nišas

Genominė daugelio nekultūringos bentosinės archajos giminių geneologinė rekonstrukcija rodo skirtingus biogeocheminius vaidmenis ir ekologines nišas

Dalykai Archaea Aplinkos mikrobiologija Mikrobų ekologija Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2017 m. Kovo 21 d Anotacija Genominės šiukšliadėžės, priklausančios kelioms archeologinėms rūšims, buvo išgautos iš skirtingų redokso režimų Baltojo ąžuolo upės žiočių nuosėdose. Buvo nustatyta, kad rekonstruoti archeologiniai genomai priklauso III ir V ryžių klasterių pogrupiams (RC-III, RC-V), jūrinei bentoso D grupei (MBG-D) ir naujai aprašytai archeologų klasei „Theionarchaea“. Šių nekultūringų archajų metabol

Reikšmingas CO2 fiksavimas mažais primesiofitais subtropiniame ir atogrąžų šiaurės rytų Atlanto vandenyne

Reikšmingas CO2 fiksavimas mažais primesiofitais subtropiniame ir atogrąžų šiaurės rytų Atlanto vandenyne

Dalykai Mikrobų biookeanografija Mikrobų ekologija Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2010 m. Balandžio 15 d Pataisymas: ISME žurnalas (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Nuo šio straipsnio publikavimo autoriai pastebėjo, kad biomasės savitosios CO 2 fiksacijos normos vienetai yra neteisingi (pavyzdžiui, 2 lentelėje ir 4 paveiksle). Visoje ra

Vynuogių išspaudų komposte yra organohalogeną atstatančios Dehalogenimonas rūšys su naujais redukciniais dehalogenazės genais.

Vynuogių išspaudų komposte yra organohalogeną atstatančios Dehalogenimonas rūšys su naujais redukciniais dehalogenazės genais.

Dalykai Taikomoji mikrobiologija Taršos ištaisymas Dirvožemio mikrobiologija Anotacija Natūralios chloro cikle svarbiausias vaidmuo tenka organohaligenidus atstatančioms bakterijoms; tačiau dauguma dabartinių žinių yra pagrįstos užterštos aplinkos kultūromis. Mes parodėme, kad vynuogių išspaudų kompostas, prieš tai nepatekęs į chlorintų tirpiklių, turi Dehalogenimonas ( Dhgm ) rūšis, galinčias naudoti chlorintus etenus, įskaitant žmogaus kancerogeną ir paprastąjį požeminio vandens teršalą vinilo chloridą (VC) kaip elektronų akceptorius. Vynuogių išspaudų mikrokosmosai i

Šarminė fosfatazė PhoX plačiau paplitusi jūrų bakterijose nei klasikinė PhoA

Šarminė fosfatazė PhoX plačiau paplitusi jūrų bakterijose nei klasikinė PhoA

Anotacija Fosforas (P) yra gyvybiškai svarbi visų gyvų organizmų maistinė medžiaga ir gali kontroliuoti bakterijų dauginimąsi vandenyne. Bakterijos indukuoja šarminės fosfatazes, kai neorganinio fosfato (P i ) nepakanka jų P reikalavimams patenkinti, todėl norint įvertinti P mikrobinių agregatų būklę, buvo naudojami tūriniai šarminės fosfatazės aktyvumo matavimai. Šiame tyrime buvo i

Požeminių ekosistemų atsparumas: ilgalaikis požeminių teršalų silpninimas palaiko dinamišką mikrobų bendruomenę

Požeminių ekosistemų atsparumas: ilgalaikis požeminių teršalų silpninimas palaiko dinamišką mikrobų bendruomenę

Anotacija Požeminio vandens ekosistemų polinkis atsigauti užteršus organinėmis cheminėmis medžiagomis (šiuo atveju akmens anglių dervos atliekomis) yra ypač svarbus mokslininkams ir inžinieriams, valdantiems užterštas vietas. Mikrobų sukeliami valymo procesai taip pat domina ekologus, nes jie yra svarbus ekosistemų atsparumo mechanizmas. Šiame tyrime

Šaltinių padalijimas, susijęs su Lactobacillus rūšių gyvenimu pelių miške

Šaltinių padalijimas, susijęs su Lactobacillus rūšių gyvenimu pelių miške

Anotacija Filogenetinė stuburinių gyvūnų žarnyno bendruomenių analizė yra pažengusi į priekį, tačiau santykiai, ypač trofiniame lygyje, tarp komenso, turinčio monogastrinių gyvūnų žarnyno buveines, nebuvo ištirti. Pelių miškuose gyvena Lactobacillus reuteri kamienas 100–23 ir Lactobacillus johnsonii kamienas 100–33. Pagal nišos išskyrimo

Naujojo archeologinio prieglobsčio „Diapherotrites“ metabolizmo, gyvenimo būdo ir tariamos evoliucijos istorijos įžvalgos

Naujojo archeologinio prieglobsčio „Diapherotrites“ metabolizmo, gyvenimo būdo ir tariamos evoliucijos istorijos įžvalgos

Dalykai Archealinė genomika Anotacija Neseniai buvo pasiūlytas archeologinis prieglobstis „Diapherotrites“, pagrįstas filogenomine genomų, atgautų iš požeminio vandens nuotėkio apleistoje aukso kasykloje (Homestake kasykla Lead, SD, JAV), filogenomine analize. Čia pateikiame išsamią trijų vienkartinių amplifikuotų genomų (SAG), priklausančių 'diapherotritams', metabolines galimybes ir genominius ypatumus. Išsamiausias iš SAG

Didelis denitrifikacijos ir nitratų šalinimo greitis šaltose nuosėdų nuosėdose

Didelis denitrifikacijos ir nitratų šalinimo greitis šaltose nuosėdų nuosėdose

Dalykai Bioplėvelės Biogeochemija Mikrobų biookeanografija Anotacija Išmatuojome denitrifikacijos ir nitratų šalinimo greitis šaltuosiuose nuosėdų nuosėdose iš Meksikos įlankos. Buvo tiriami heterotrofinio potencialo denitrifikacijos greičiai laiko eilučių inkubacijose. Paviršinių nuosėdų, kuriose gyveno Beggiatoa, heterotrofinio potencialo denitrifikacijos rodikliai buvo didesni (32 μMN sumažinta diena –1 ) nei gilesnių nuosėdų (11 μMN sumažinta diena –1 ). Nitratų pašalinimo greitis a

Šaknies anglies transportavimo į miško humusą sutrikimas skatina grybelinius oportunistus mikorizinių grybų sąskaita

Šaknies anglies transportavimo į miško humusą sutrikimas skatina grybelinius oportunistus mikorizinių grybų sąskaita

Dalykai Miško ekologija Grybelinė ekologija Anotacija Borealinių miškų humuso sluoksniuose vyrauja ektomikoriziniai grybai. Jie priklauso nuo angliavandenių, kurie per šaknis, per grybelinį grybieną perkeliami į dirvožemio mikrositus, kur jie maitinasi maistinėmis medžiagomis. Dėl to mikorizės grybeliai yra jautrūs trikdantiems sutrikimams, kurie gali apriboti jų anglies tiekimą. Sutrikdydami šak

Buveinių stresas sukelia sudėties pokyčius, CO2 dujų mainus ir C pasiskirstymą kaip gyvenimo bruožus biologiniuose dirvožemio plutuose

Buveinių stresas sukelia sudėties pokyčius, CO2 dujų mainus ir C pasiskirstymą kaip gyvenimo bruožus biologiniuose dirvožemio plutuose

Dalykai Ekofiziologija Dirvožemio mikrobiologija Anotacija Kai kuriose atšiauriausiose pasaulio buveinėse biologinis dirvožemio plutos (BSC) yra dominuojantis funkcinis augalijos vienetas. Mes įvertinome BSC reakciją į stresą per biogeninės sudėties pokyčius, CO 2 dujų mainus ir anglies paskirstymą trijose kerpėse, kuriose dominuoja BSC iš buveinių, turinčių skirtingą streso lygį, dar dviejose ekstremaliose vietose Antarktidoje ir vienoje vidutinio sunkumo vietoje Vokietijoje. Maksimali grynoji

Metanu maitinami mikrobų mikrokosmos rodo skirtingą bendruomenės dinamiką ir tiksliai nustato taksonus, susijusius su bendruomenės reakcija

Metanu maitinami mikrobų mikrokosmos rodo skirtingą bendruomenės dinamiką ir tiksliai nustato taksonus, susijusius su bendruomenės reakcija

Dalykai Vandens mikrobiologija Anotacija Pateikiame stebėjimus apie bakterijų bendruomenių dinamiką reaguojant į metano stimulą laboratorinėse mikrokosmoso inkubacijose, paruoštose su ežero nuosėdų mėginiais. Pirmiausia išmatuojome ilgalaikių sodrinimo kultūrų taksonomines kompozicijas ir nustatėme, kad, nors ir dominuoja Methylococcaceae tipai, šiose kultūrose taip pat yra lydinčių tipų, priklausančių ribotam skaičiui bakterinių taksonų, metilotrofų ir nemetilotrofų. Tada stebėjome trumpalaikę

Natūralus kvapo patrauklumas tarp pieno rūgšties bakterijų ir nematodo Caenorhabditis elegans

Natūralus kvapo patrauklumas tarp pieno rūgšties bakterijų ir nematodo Caenorhabditis elegans

Dalykai Molekulinė ekologija Anotacija Gyvūnai plėšrūnai gali stebėti grobį naudodamiesi savo uosle. Bakteriologinis nematodas „ Caenorhabditis elegans“ naudoja jautrius uoslės jutimo neuronus, kurie išreiškia į stuburinius panašius kvapo receptorius, kad nustatytų bakterijas. C. elegans demonstruoja su kvapu susijusį elgesį, tokį kaip pritraukimas, baimė ir prisitaikymas, tačiau ekologinė tokio elgesio reikšmė nėra žinoma. Naudodamiesi maisto mikro

Karšto šaltinio mikrobinio kilimėlio meteorologinės analizės

Karšto šaltinio mikrobinio kilimėlio meteorologinės analizės

Dalykai Ekofiziologija Mikrobų ekologija Fotosintezė Transkriptika Anotacija Jelotono nacionaliniame parke šarminio silicio karštojo šaltinio „Mushroom Spring“, fototrofinių mikrobų kilimėlių bendruomenė buvo tiriama metatranskriptiniais metodais. RNR buvo išgaunama iš matinių pavyzdžių, surinktų per keturis laiko momentus, pereinant nuo šviesos nuo tamsos iki tamsiai šviesios šviesos per vieną dažų ciklą, ir šie RNR mėginiai buvo analizuojami tiek naudojant pirosekvantavimą, tiek pagal SOLiD technologijas. Pirozės nustatymas buvo naud

Koralų paviršiaus gleivių mikrobiomas vaidina pagrindinį vaidmenį tarpininkaujant holobionto sveikatai ir išlikimui sutrikus

Koralų paviršiaus gleivių mikrobiomas vaidina pagrindinį vaidmenį tarpininkaujant holobionto sveikatai ir išlikimui sutrikus

Dalykai Mikrobų ekologija Anotacija Mikrobai yra gerai žinomi koralų holobionto nariai. Tačiau mažai žinoma apie trumpalaikę su gleivėmis susijusių mikrobų bendrijų dinamiką natūraliomis sąlygomis ir po sutrikimų bei kaip ši dinamika susijusi su šeimininko sveikata. Čia mes ištyrėme natūralų prokariotinių bendruomenių kintamumą (pagrįstą 16S ribosominių RNR genų amplikono sekomis ), siejančius su Porites astreoides paviršiaus paviršių gleivių sluoksniu (SML) - rūšimi, kuriai būdingas cikliškas gleivių senėjimas ir išsiskyrimas. Prokariotų bendrijos sudėties pokyčiai

Hidrogenazės mikroschema: plytelių klijavimo oligonukleotidų DNR mikroschema, skirta apibūdinti vandenilį gaminančius ir sunaudojančius mikrobus mikrobų bendruomenėse

Hidrogenazės mikroschema: plytelių klijavimo oligonukleotidų DNR mikroschema, skirta apibūdinti vandenilį gaminančius ir sunaudojančius mikrobus mikrobų bendruomenėse

Anotacija Mes sukūrėme platų metodą, skirtą nustatyti pagrindinius vandenilį gaminančius ir vartojančius mikroorganizmus, analizuojant hidrogenazės geno kiekį ir išraišką sudėtingose ​​anaerobinėse mikrobų bendruomenėse. Metodas pagrįstas hidrolizės geno oligonukleotidų DNR mikrotraumu („Hydrogenase Chip“), kuris įgyvendina didelį zondų skaičių kiekviename gene, sudedant zondo sekas visose dominančiuose genuose, esant 1, 67 × –2 × apimčiai. Šis dizainas skatina vengti klaidingo

Sinbiotinis metodas atkuria žarnyno homeostazę ir prailgina leukoeminių pelių, sergančių kacheksija, išgyvenimą

Sinbiotinis metodas atkuria žarnyno homeostazę ir prailgina leukoeminių pelių, sergančių kacheksija, išgyvenimą

Dalykai Žarnyno ligos Mikrobiomas Anotacija Vėžinė kacheksija yra daugiafaktorinis sindromas, apimantis raumenų išsekimą ir uždegimą. Kadangi žarnyno mikrobai daro įtaką šeimininko imunitetui ir metabolizmui, mes ištyrėme žarnų mikrobiotos vaidmenį gydant vėžį ir susijusią kacheksiją. Dviejų pelių vėžio ka

Evoliucinis konvergencija eksperimentinėse Pseudomonas populiacijose

Evoliucinis konvergencija eksperimentinėse Pseudomonas populiacijose

Dalykai Bakterijų genetika Bioplėvelės Evoliucija Anotacija Modelinės mikrobų sistemos suteikia galimybę suprasti ekologinių bruožų genetinius pagrindus, jų evoliuciją, reguliavimą ir tinkamumą. Eksperimentinės Pseudomonas fluorescens populiacijos greitai išsiskiria erdviškai struktūrizuotuose mikrokosmose, sukurdamos įvairias paviršiaus kolonizacijos formas. Nepaisant skirtin

Pagauk mane, jei gali: Bdellovibrio bacteriovorus 109J pasklidimas ir pašaras palei miceliją

Pagauk mane, jei gali: Bdellovibrio bacteriovorus 109J pasklidimas ir pašaras palei miceliją

Dalykai Mikrobų bendruomenės Aplinkos mikrobiologija Anotacija Norėdami susidoroti su nevienalyte aplinka ir paskirstant išteklius, gijiniai grybai išplėtė erdviniu mastu augimą, leidžiančią jų hifams prasiskverbti pro oro ir vandens sąsajas ir praeiti pro oro pripildytas poras. Taip pat žinoma, kad tokios grybienos veikia kaip pasklidieji tinklai, mobilizuojantys bakterijas („grybelių keliai“) ir jungiantys mikrobines mikrobūstines. Tačiau iki šiol ni

Membranos pūslelės natūralioje aplinkoje: pagrindinis virusinės ekologijos iššūkis

Membranos pūslelės natūralioje aplinkoje: pagrindinis virusinės ekologijos iššūkis

Dalykai Mikrobų ekologija Virologija Tarpląstelinių membraninių pūslelių (toliau - MV) gamyba yra universali ląstelių ypatybė, būdinga trims gyvenimo sritims (Deatherage ir Cookson, 2012). Visų pirma, dešimtmečiais buvo žinoma, kad bakterijos, įskaitant jūrų rūšis, gamina MV mikroorganizmus laboratorijoje, taip pat bioplėvėse ar infekcijų metu (Schooling ir Beveridge, 2006; Deatherage and Cookson, 2012). Tačiau dar visai nes

Šaltasis adaptacija, kontroliuojama atliekant kriptofazių eksciziją Shewanella oneidensis

Šaltasis adaptacija, kontroliuojama atliekant kriptofazių eksciziją Shewanella oneidensis

Dalykai Aplinkos mikrobiologija Mikrobų ekologija Anotacija Tarp aplinkos veiksnių, kuriuos patiria bakterijos, temperatūros pokyčiai yra vieni svarbiausių. Šiame tyrime mes atradome naują šalto prisitaikymo mechanizmą Shewanella oneidensis, kuris įvyksta DNR lygiu ir yra reguliuojamas atliekant kriptoprofagų eksciziją. Ankstesniu

Acetoklastinė metanozaeta yra dominuojantys metanogenai organinių turtingų Antarkties jūrų nuosėdose

Acetoklastinė metanozaeta yra dominuojantys metanogenai organinių turtingų Antarkties jūrų nuosėdose

Dalykai Biogeochemija Anotacija Nepaisant didžiulio nuosėdinio metano kiekio, požeminių metanogenų fiziologija ir santykinė gausa vis dar menkai suprantama. Mes sujungėme nepažeistų polinių lipidų ir metagenomų metodus, kad geriau apribotume metanogenų buvimą ir funkcijas stipriai redukuojančiuose organinių medžiagų turinčiuose nuosėdose Antarktidos Adélie baseine. Surinkus metagenomi

Egzopolisacharidiniai mikrokanaliai nukreipia bakterijų judrumą ir organizuoja daugialąstelinį elgesį

Egzopolisacharidiniai mikrokanaliai nukreipia bakterijų judrumą ir organizuoja daugialąstelinį elgesį

Dalykai Mikrobų bendruomenės Anotacija Miksobakterijos yra dirvožemio bakterijų šeima, sudaranti sudėtingos struktūros bioplėveles, suderintus daugiasluoksnius spiečius ar vaisines kūno struktūras, kurios yra paprasti arba šakoti agregatai, turintys mikosporų. Čia mes ištyrėme matricos egzopolisacharido (EPS) struktūrinį vaidmenį organizuojant šias paviršiuje esančias bakterijų ląsteles. Naudodamiesi laikine š

Atsirandančios infekcinės ligos perdavimo dinamika laukinėje gamtoje per šeimininkų dauginimosi ciklus

Atsirandančios infekcinės ligos perdavimo dinamika laukinėje gamtoje per šeimininkų dauginimosi ciklus

Dalykai Gyvūnų veisimas Virusinė infekcija Viruso perdavimas Anotacija Atsirandančios infekcinės ligos kelia didelę grėsmę laukinės gamtos gyventojams. Norėdami pagerinti mūsų supratimą apie šių ligų dinamiką, mes ištyrėme, kaip šeimininko reprodukcinė elgsena ir sezoniniai temperatūros pokyčiai skatina infekcijų plitimą tarp laukinių šeimininkų, naudodamiesi pavyzdine karpių herpesviruso 3 (CyHV-3) ligos sistema. Pagrindinės išvados buvo ši

Bakterijų transkripto rekonstravimas nuoseklaus bendro auginimo metu su jūriniu dinoflagellatu ir diatoma

Bakterijų transkripto rekonstravimas nuoseklaus bendro auginimo metu su jūriniu dinoflagellatu ir diatoma

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Anotacija Jūros fitoplanktonas, būdamas pirminis gamintojas, keičia heterotrofinę bakterijų veiklą, nes išskiria organinių medžiagų rūšis ir kiekį. Šis tyrimas tiria bakterijos „ Ruegeria pomeroyi“ , rožinės robakterio , žinomos kaip priklausančios įvairioms fitoplanktono grupėms vandenyne, transkripcinį atsaką fitoplanktono taksonomijos poslinkio metu. Iš pradžių bakterija buvo

Taikoma genų metagenomika atskleidžia didelę aromatinių dioksigenazių genų įvairovę aplinkoje

Taikoma genų metagenomika atskleidžia didelę aromatinių dioksigenazių genų įvairovę aplinkoje

Anotacija Suprasti genų įvairovės ir svarbių aplinkos procesų funkcijos ryšį yra pagrindinis ekologinių tyrimų tikslas. Aromatinių dioksigenazių genams taikėme taikomą genų metagenomiką ir pirosekvintavimą, kad gautume didesnį sekos gylį, nei įmanoma kitais metodais. Polimerazės grandininės reakcijos (PGR) pradmenų rinkinys, skirtas nukreipti 524 bp sritį, kuri suteikia bifenilo dioksigenazių substrato specifiškumą, atitinkamai davė 2000 ir 604 sekas iš PGR produktų 5 ′ ir 3 ′ galų, kurie atitiko mūsų galiojimo kriterijus. Eilės suderinimas parodė tris žino

Tiriami Tara vandenyno mikrobinių metagenomų nukleo-citoplazminiai dideli DNR virusai

Tiriami Tara vandenyno mikrobinių metagenomų nukleo-citoplazminiai dideli DNR virusai

Dalykai Metagenomika Mikrobų biookeanografija Anotacija Branduoliniai citoplazminiai dideli DNR virusai (NCLDV) sudaro eukariotinių virusų grupę, kuri gali atlikti lemiamą ekologinį vaidmenį jūroje, pagreitindama vienaląsčių šeimininkų apyvartą arba sukeldama gyvūnų ligas. Norėdami geriau apibūdinti jūrinių NCLDV įvairovę, gausą ir biogeografiją, išanalizavome 17 metagenomų, gautų iš mikrobų mėginių (0, 2–1, 6 μm dydžio), surinktų Tara vandenynų ekspedicijos metu. Į imčių rinkinį įtrauktos ekosistem

Labiausiai ieškomų taksonų fiksavimas atliekant kryžmines koreliacijas

Labiausiai ieškomų taksonų fiksavimas atliekant kryžmines koreliacijas

Dalykai Taikomoji mikrobiologija Metagenomika Anotacija Žmogaus mikrobiomo projektas (HMP) nustatė „geidžiamiausių“ taksonų 16S rRNR geno sekas, paplitusias sveiko žmogaus mikrobiotoje, bet tolimas nuo anksčiau žinomų sekų. Nuo 2012 m. Tik keli atitinkami genomai buvo išskirti ir išskaidyti, ir tik naudojant pažangius išskyrimo būdus. Mes pademonstravo

Pseudomonas aeruginosa metabolinės divergencijos raida ilgalaikės infekcijos metu palengvina skirtingų rūšių rūšių sąveiką

Pseudomonas aeruginosa metabolinės divergencijos raida ilgalaikės infekcijos metu palengvina skirtingų rūšių rūšių sąveiką

Dalykai Mikrobų ekologija Anotacija Polimikrobinės sąveikos poveikis patogeno fiziologijai ir tai, kaip ji gali veikti, norėdama apriboti patogeno kolonizaciją arba sustiprinti patogeno plėtrą ir virulentiškumą, nėra gerai suprantama. Pseudomonas aeruginosa ir Staphylococcus aureus yra oportunistiniai patogenai, dažniausiai randami kartu su polimikrobinėmis žmogaus infekcijomis. Tačiau anks

Ankstyvas kolonizavimas Escherichia coli sukelia žiurkių storosios žarnos epitelio rekonstravimą, pereinantį prie naujos homeostatinės būklės

Ankstyvas kolonizavimas Escherichia coli sukelia žiurkių storosios žarnos epitelio rekonstravimą, pereinantį prie naujos homeostatinės būklės

Dalykai Dvitaškis Mikrobiota Anotacija Mes ištyrėme ankstyvojo kolonizuojančių bakterijų poveikį storosios žarnos epiteliui. Iš įprastų žindančių žiurkių žarnyno turinio išskirėme dominuojančias bakterijas, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum ir naują Fusobacterium spp., Ir skirtingais der

Maistinis režimas reguliuoja sudėtingą transkripcijos pradžios vietos vartojimą Pseudoalteromonas chitinazės genų grupėje

Maistinis režimas reguliuoja sudėtingą transkripcijos pradžios vietos vartojimą Pseudoalteromonas chitinazės genų grupėje

Anotacija Jitinės bakterijos Pseudoalteromonas sp. Chitinazės genų sankaupos. S91, chiABC , kuris gamina pagrindines šios sp. Chitinazes , buvo perrašytas kaip operonas ir iš kiekvieno atskiro geno. Buvo nustatyta, kad chiA , chiB ir chiC turi kelis transkripcijos pradžios taškus (TSP), kurių naudojimą lėmė maistinių medžiagų režimas, naudojamas S91 augimui. Minimalioje te

Micromonospora gentis yra paplitusi ankštinių šaknų mazgeliuose: Lupinus angustifolius pavyzdys

Micromonospora gentis yra paplitusi ankštinių šaknų mazgeliuose: Lupinus angustifolius pavyzdys

Dalykai Mikrobų ekologija Dirvožemio mikrobiologija Simbiozė Anotacija Dabartinės mūsų žinios apie augalų ir mikrobų sąveiką rodo, kad populiacijose, kuriose gyvena augalas-šeimininkas, neapsiribojama viena mikrobų rūšimi, bet jie susideda iš kelių genčių ir rūšių. Niekas nežino, ar augalų viduje esančios bendruomenės sąveikauja, ir buvo spėliojama, kad teigiamą poveikį daro jų bendra veikla. Ispanijoje surinktų Lupinus a

Linijai būdingas molekulinis zondavimas atskleidžia naują haplosporidų įvairovę ir ekologinį pasiskirstymą

Linijai būdingas molekulinis zondavimas atskleidžia naują haplosporidų įvairovę ir ekologinį pasiskirstymą

Dalykai Biookeanografija Mikrobų ekologija Parazitologija Anotacija Haplosporidai yra rizariniai parazitai, daugiausia jūriniai bestuburiai. Tai apima komerciškai svarbių moliuskų ligų sukėlėjus, įskaitant austrių MSX ligą. Nepaisant jų svarbos maisto saugai, jų įvairovė ir pasiskirstymas yra mažai žinomi. Mes panaudojome

Kvorumo jutimas apsaugo bakterijų bendradarbiavimą nuo apgaulės išnaudojimo

Kvorumo jutimas apsaugo bakterijų bendradarbiavimą nuo apgaulės išnaudojimo

Dalykai Mikrobų ekologija Anotacija Kvorumo jutimas (QS) yra ląstelių ir ląstelių ryšio sistema, aptinkama daugelyje bakterijų rūšių, paprastai kontroliuojanti išskiriamus kooperatyvinius bruožus, įskaitant tarpląstelinius virškinimo fermentus. Mes parodome, kad kanoninė QS reguliavimo architektūra leidžia bakterijoms suvokti didelio tankio populiacijų genotipinę sudėtį ir apriboti kooperatyvo investicijas į socialinę aplinką, praturtintą bendradarbiams. Naudodamiesi oportunisti

Maistinės medžiagos skatina transkripcijos pokyčius, kurie palaiko metabolinę homeostazę, bet keičia mikrocistito genomo struktūrą

Maistinės medžiagos skatina transkripcijos pokyčius, kurie palaiko metabolinę homeostazę, bet keičia mikrocistito genomo struktūrą

Dalykai Gėlo vandens ekologija Mikrobų ekologija Transkriptika Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2014 m. Rugsėjo 23 d Šis straipsnis buvo atnaujintas Anotacija Cyanobacterium Microcystis aeruginosa yra visame pasaulyje paplitęs žydėjimą formuojantis organizmas, kuris ardo gėlo vandens sistemas visame pasaulyje. Veiksnia

Gyvenimas pakraštyje: Ignicoccus hospitalis funkcinis genominis atsakas į Nanoarchaeum arklinių buvimą

Gyvenimas pakraštyje: Ignicoccus hospitalis funkcinis genominis atsakas į Nanoarchaeum arklinių buvimą

Dalykai Archealinė genomika Evoliucijos biologija Funkcinė genomika Gyventojų dinamika Anotacija Jūros hipertermofilinis crenarcheonas Ignicoccus hospitalis palaiko Nanoarchaeum equitans , evoliuciškai mįslingo archeono , kuris primena labai gautas parazitines ir simbiotines bakterijas, dauginimąsi jo paviršiuje. Ląstel

Siekimas vieningo požiūrio į bakterijų žemės kolonizaciją

Siekimas vieningo požiūrio į bakterijų žemės kolonizaciją

Dalykai Metagenomika Mikrobų ekologija Filogenetika Anotacija Tiriant molekulinius mechanizmus, kuriais grindžiamas bakterijų perėjimas nuo vandens ant žemės, yra kritinė pradžia siekiant geriau suprasti sausumos ekosistemų funkcionavimą ir stabilumą. Čia atliekame išsamią analizę, pagrįstą daugybe įvairių bakterijų, integruodami taksonominius, filogenetinius ir metagenominius duomenis, siekdami vieningos nuomonės, išaiškinančios jūrinių palikuonių genominę, evoliucinę ir ekologinę dinamiką, prisitaikydami prie neekvatinės aplinkos. Mes hipotezuojame, kad bakteri

Stabilių izotopų zondavimo naudojimas norint nustatyti pagrindinius geležį mažinančius mikroorganizmus, susijusius su anaerobiniu benzeno skaidymu

Stabilių izotopų zondavimo naudojimas norint nustatyti pagrindinius geležį mažinančius mikroorganizmus, susijusius su anaerobiniu benzeno skaidymu

Anotacija Čia pateikiame išsamų geležies kiekį mažinančios sodrinimo kultūros, palaikomos laboratorijoje, kurioje benzenas yra vienintelis anglies ir energijos šaltinis, funkcinį ir filogenetinį apibūdinimą. Mes panaudojome DNR stabilų izotopų zondavimą, kad nustatytume mikrobus, esančius sodrinime, aktyviausius įsisavinant 13 C etiketę. Kai kaip palygina

Funkcinis ryšys tarp Campylobacter concisus ir skrandžio ekosistemos sergant sveikata ir liga

Funkcinis ryšys tarp Campylobacter concisus ir skrandžio ekosistemos sergant sveikata ir liga

Dalykai Mikrobų ekologija Mikrobiota Mūsų grupė su dideliu susidomėjimu perskaitė von Rosenvinge ir kt. Straipsnį. (2013) apie skrandžio skystyje esančios mikrobiotos apibūdinimą naudojant 16S ribosomų DNR ir ribosomų RNR seką. Skrandžio rūgštingumas ir proteolitiniai fermentai veikia kaip kliūtis prarytiems mikrobams, taip darydami įtaką viso virškinimo trakto (GIT) mikrobų ekologijai. Tai patvirtina von R

AHL valdomos kvorumo jutimo grandinės: jų dažnis ir funkcija tarp proteobakterijų

AHL valdomos kvorumo jutimo grandinės: jų dažnis ir funkcija tarp proteobakterijų

Dabar akivaizdu, kad bakterijos naudojasi reguliavimo sistemomis, vadinamomis kvorumo jutikliais (QS), kad pajustų savo populiacijos tankį. Tokios sistemos priklauso nuo signalinių molekulių, kurios aktyvuoja specifinius genus, kai signalas pasiekia kritinę slenkstinę koncentraciją, gamybos. Tokie QS reguliuojami genai sukuria fenotipus, kuriems reikalingas koordinuotas elgesys, kad būtų suteiktas konkurencinis pranašumas gyventojams (pavyzdžiui, bioplėvelės formavimasis ir patogenezė). Geriausiai a

Kolodarijos (Radiolaria) biogeografija ir įvairovė pasauliniame vandenyne

Kolodarijos (Radiolaria) biogeografija ir įvairovė pasauliniame vandenyne

Dalykai Biologinė įvairovė Mikrobų biookeanografija Anotacija Kolodarijos yra heterotrofiniai jūriniai protistai, egzistuojantys kaip didelės kolonijos, sudarytos iš šimtų ląstelių, arba kaip didelės vienetinės ląstelės. Visos aprašytos rūšys iki šiol turi tarpląstelinius mikrodumblius kaip fotoimbiontus. Nors naujausi apli

Molekuliniai geležies kiekio ribojimo ir prieinamumo įrodymai pasauliniame diazotrofiniame Trichodesmium

Molekuliniai geležies kiekio ribojimo ir prieinamumo įrodymai pasauliniame diazotrofiniame Trichodesmium

Dalykai Bakterijų fiziologija Biogeochemija Mikrobų biookeanografija Molekulinė evoliucija Anotacija Trichodezio gentį su N2 tvirtinančios melsvabakterės yra labai svarbios pasauliniams azoto (N) ir anglies (C) ciklams. Nors įrodyta, kad geležis (Fe) yra svarbus elementas, ribojantis Trichodesmium augimą ir N2 fiksaciją, nėra jokių specialių duomenų, rodančių Fe poveikį in Trichodesmium in situ . Mes ištyrėme Tr

Šalutinio kranto gamyba ir bioplėvelės formavimas kaip susiję socialiniai bruožai

Šalutinio kranto gamyba ir bioplėvelės formavimas kaip susiję socialiniai bruožai

Anotacija Patogeninių mikrobų virulentiškumas gali priklausyti nuo atskirų ląstelių, bendradarbiaujančių koordinuotai gaminant molekules, palengvinančias šeimininko kolonizaciją ar išnaudojimą. Tačiau bendradarbiaujančias grupes gali išnaudoti socialiniai apgavikai ar „apgavikai“. Todėl supratimas a

Charakterizuojama mišrių mikrobų populiacijos dinamika, naudojant laiko eilučių analizę

Charakterizuojama mišrių mikrobų populiacijos dinamika, naudojant laiko eilučių analizę

Anotacija Dėl bendro laiko duomenų apie populiaciją trūkumo, dinaminės struktūros mikrobų bendruomenėse išlieka neištyrinėtos. Tačiau norint suprasti mechanizmus, kuriais mikrobai sąveikauja, būtina žinoti bendruomenės dinamiką. Čia mes panaudojome skaičiavimo metodą bakterijų kiekybiniam nustatymui įvairių rūšių populiacijose, generuodami duomenis laiko eilučių modeliavimui. Be to, mes naudojome inter

Vietinių bakterijų tfdA geno ekspresijos tiesioginė analizė fenoksirūgšties pakeistame žemės ūkio dirvožemyje

Vietinių bakterijų tfdA geno ekspresijos tiesioginė analizė fenoksirūgšties pakeistame žemės ūkio dirvožemyje

Anotacija Funkcinio geno tfdA, kuris yra skaidomas fenoksietoacto rūgščių, tokių kaip 2, 4-dichlorfenoxyacetic rūgštis (2, 4-D) ir 4-chlor-2-metilfenoxyacetic rūgštis (MCPA), ekspresija buvo tiriama skaidymo scenarijuose natūralių neparuoštų dirvožemio mėginių metu. Rezultatai parodo, kaip pasiuntinių RNR (mRNR) pagrįsta analizė yra tinkama kiekybiškai ištirti konkrečių mikrobų populiacijų dirvožemyje aktyvumą, naudojant pavyzdinę sistemą fenoksiaceto rūgšties biologinį skaidymą. Atliekant kiekybinį realaus lai

Lyginant patogeninių Vibrio nigripulchritudo genų genomiką, nustatomi su virulentiškumu susiję bruožai

Lyginant patogeninių Vibrio nigripulchritudo genų genomiką, nustatomi su virulentiškumu susiję bruožai

Dalykai Bakterijų patogenezė Lyginamoji genomika DNR rekombinacija Filogenetika Anotacija Vibrio nigripulchritudo yra naujas išaugintų krevečių patogenas Naujojoje Kaledonijoje ir kituose Indo-Ramiojo vandenyno regionuose. V. nigripulchritudo patogeniškumo molekuliniai veiksniai nežinomi; tačiau molekuliniai epidemiologiniai tyrimai parodė, kad patogeniškumas yra susijęs su tam tikromis ligomis. Čia atliko