Metodai (Kovo 2020)

Greitas, tikslus klaidų taisymas amplikono pirosekvencijose naudojant Acacia

Greitas, tikslus klaidų taisymas amplikono pirosekvencijose naudojant Acacia

Dalykai Bioinformatika Mikrobų bendruomenės Sekavimas Redaktoriui: Mikrobų įvairovės metrika, pagrįsta didelio pralaidumo amplikono sekos sudarymu, yra pažeista skaitymo klaidų. „Roche 454 GS FLX“ titano pirosequencing yra šiuo metu plačiausiai naudojama technologija, tiriant amplikono pagrindu pagamintus mikrobų bendruomenes, nepaisant aukšto homopolimerų, susijusių su įterpimo ir trynimo paklaidų lygiu 1, 2 . Šiuo metu yra du p

Kiekybiškai įvertinti krio-EM tankio žemėlapių vietinę skiriamąją gebą

Kiekybiškai įvertinti krio-EM tankio žemėlapių vietinę skiriamąją gebą

Dalykai Cryoelectron mikroskopija Vaizdo apdorojimas Baltymai Programinė įranga Anotacija Siūlome apibrėžti vietinę skiriamąją gebą trimačiuose elektronų krio-mikroskopijos (krio-EM) tankio žemėlapiuose, kuriuose naudojami vietiniai sinusoidiniai požymiai. Mūsų algoritmas neturi laisvų parametrų ir yra taikytinas kitiems vaizdavimo būdams, įskaitant tomografiją. Įvertindami vietinę

Duomenų vizualizacija: keliautojo neaiškumas

Duomenų vizualizacija: keliautojo neaiškumas

Dalykai Bioinformatika Kompiuterinė biologija ir bioinformatika Būti tikram yra gerai; būti neapibrėžtam nebūtinai yra blogai. Tyrėjų komandos stengiasi, kad netikrumas būtų vizualus. Pagrindinis Eksperimento duomenys gali būti tvirti. Toliau išnagrinėjus, duomenys gali tapti ne tokie tvirti. Keliantis į

„ProteomeBinders“: europinių afinitetinių reagentų išteklių planavimas žmogaus proteomos analizei

„ProteomeBinders“: europinių afinitetinių reagentų išteklių planavimas žmogaus proteomos analizei

Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2007 m. Vasario 1 d Šis straipsnis buvo atnaujintas „ProteomeBinders“ yra naujas Europos konsorciumas, kurio tikslas - sukurti išsamų gerai apibūdintų afinitetų reagentų, įskaitant, bet neapsiribojant, antikūnus, šaltinį žmogaus proteomos analizei. Atsižvelgiant į

Priedas: amiloido struktūros seką lemiančių veiksnių ištyrimas naudojant konkrečiai vietai nustatytas matricas

Priedas: amiloido struktūros seką lemiančių veiksnių ištyrimas naudojant konkrečiai vietai nustatytas matricas

Dalykai Baltymų agregacija Baltymų seka Proteominė informatika Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2010 m. Vasario 14 d Nat. 7 metodai , 237–242 (2010); paskelbta internete 14 2010 m. priedas paskelbtas po spausdinimo 2010 m. rugsėjo 29 d. Paskelbę savo darbą, 1 lentelėje aptikome klaidą, palyginę mūsų programą „Waltz“ su 1 programos 3D profiliu (nuoroda 25 mūsų dokumente); dešiniajame stulpelyje mes nurodėme neteisingą algoritmo pavadinimą ir nuorodą. Ši klaida buvo ištaisyt

Plazmidės: apsipirkimas gausiame amžiuje

Plazmidės: apsipirkimas gausiame amžiuje

Dalykai Citologiniai metodai Funkcinė genomika Saulės elementai Technologija Valdyti, dalytis ir kontroliuoti plazmidžių kokybę gali būti paprasta. Tačiau daugelis jų platinimo metodų nėra masto, todėl ne pelno organizacijos ir įmonės turi ieškoti naujų galimybių. Pagrindinis Yra daugybė būdų, kaip „nusipirkti“ plazmides, ekstrachromosominę, apvalią DNR, esančią bakterijose, ir kai kurias eukariotų ląsteles. Plazmidės priima ir lengvai

Kuo mažesnis, tuo geriau

Kuo mažesnis, tuo geriau

Biologus vis labiau domina vienos molekulės metodai. Šiame numeryje „Focus“ pateikia biologo vadovą šioje palyginti naujoje srityje, o dviejuose straipsniuose pristatomi nanomokslų vizualizacijos pasiekimai. Jei norite peržiūrėti ir paskelbti komentarus apie šį straipsnį, apsilankykite methagoroje . Gebėjimas ana

Ištaisymas: tikslus vieno nukleotido variantų identifikavimas viso genomo amplifikuotose pavienėse ląstelėse

Ištaisymas: tikslus vieno nukleotido variantų identifikavimas viso genomo amplifikuotose pavienėse ląstelėse

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2017 m. Kovo 20 d Nat. 14 , 491–493 (2017) metodai ; paskelbta internete 2017 m. kovo 20 d. pataisyta po spausdinimo 2017 m. spalio 13 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje Lodato, MA ir kt . Mokslas 350 , 94–98 (2015) (2 nuoroda) buvo nurodytas kaip vienos ląstelės sekvenavimo tyrimo su dideliais CG – TA perėjimais, kuriems taikoma šilumos lizė, pavyzdys. Tačiau tame d

„Thermo Scientific“ produktai įgalina pažangiausias kamienines ląsteles

„Thermo Scientific“ produktai įgalina pažangiausias kamienines ląsteles

Anotacija „Thermo Scientific“ kamieninių ląstelių kompetencijos portfelį sudaro daugelis produktų, būtinų sėkmingiems kamieninių ląstelių tyrimams. Kamieninių ląstelių kompetencijos portfelio produktai, kuriuos naudoja tyrėjai remdami pažangiausias programas viso pasaulio laboratorijose, suteikia tikslumą ir patikimumą, reikalingą palaikyti šią novatoriškoje tyrimų srityje. Čia aprašome kelių šių pr

Mikroskopija: matymas per audinį

Mikroskopija: matymas per audinį

Dalykai Ląstelių neuromokslas Fluorescencinis vaizdas Technologija Audinių mėginiai išsklaido šviesą ir užmerkia gilesnį žvilgsnį. Audinių valymo priemonės tai pakeitė, tačiau, naudodamiesi šiais metodais, mokslininkai turi apsvarstyti optikos optimizavimą. Pagrindinis Norėdami ištirti širdies priepuolių priežastis, vokiečių anatomikas Werneris Spalteholzas sukūrė būdą, kaip širdies audinį padaryti skaidrų benzilo alkoholio ir metilsalicilato mišiniu. 1911 m. Parodoje jis parodė 37

Ištaisymas: Masiškai lygiagretus vienos aminorūgšties mutagenezė

Ištaisymas: Masiškai lygiagretus vienos aminorūgšties mutagenezė

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2015 m. Sausio 5 d Nat. 12 , 203–206 (2015) metodai ; paskelbta internete 2015 m. sausio 5 d. pataisyta po spausdinimo 2017 m. balandžio 10 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje DUTP koncentracijos vienetas (nM), aprašytas internetinių metodų skyriuje „Laukinio tipo šablono paruošimas“, buvo neteisingas. Tinkamas viene

Protingai sukurta reakcija

Protingai sukurta reakcija

Mokslininkai vis dažniau kviečiami aptarti intelektualiojo dizaino kaip mokslinės teorijos mitą. Jei norite peržiūrėti ir paskelbti komentarus apie šį straipsnį, apsilankykite methagoroje . Praėjus šiek tiek daugiau nei metams iki to laiko, kai švenčiame dvinarę Darvino gimimo dieną, anti-Darvino aktyvizmas yra gyvas ir geras. Klastingiausia

Mikrofluidika: ieškant žudiko taikymo

Mikrofluidika: ieškant žudiko taikymo

Įmonės ir akademiniai tyrėjai kuria vis daugiau mikrofluidinių prietaisų. Tačiau to, ko iš tikrųjų nori technologijos suinteresuotosios šalys, yra programa, kuri paskatins biologus plačiai pritaikyti mikrofluiditus. Nathano Blowo pranešimai. Mikrofluidikos sritis dabar yra toje vietoje, kur ieškoma „žudikų taikymo“ arba „žudikų programos“, kaip pasakytų kompiuterio žmonės. Per pastaruosius dešimt me

Mažos RNR: drąsus naujasis biologijos pasaulis

Mažos RNR: drąsus naujasis biologijos pasaulis

Nedideli RNR atradimai ir profiliavimo pastangos dramatiškai keičia esmines genų reguliavimo sąvokas ir lemia naujas priemones genų funkcijai tirti. Dvigubos RNR gebėjimas nutildyti genus pirmą kartą buvo aprašytas Caenorhabditis elegans 1998 m. - atradimas, už kurį Andrew Fire ir Craig Mello pelnytų 2006 m. Nobelio fi

Griežti duomenys apie vėžio genomo duomenis

Griežti duomenys apie vėžio genomo duomenis

Dalykai Bioinformatika Vėžio genomika Asfaltuojant kelius per duomenų kalnus, konsorciumai kuria darbo eigas ir priemones, skirtas plačiam naudojimui. Pagrindinis Vėžio genetikas Matthew Meyersonas, dirbantis „Dana-Farber“ vėžio institute ir plačiame MIT bei Harvardo institute, stebi daugybę būdų, kaip navikai sukelia tvarkingose ​​ląstelėse chaosą. Jis nori į savo tvark

Greitas didelės spartos bibliotekos paruošimas sekančios kartos sekos nustatymui

Greitas didelės spartos bibliotekos paruošimas sekančios kartos sekos nustatymui

Dalykai Chemijos bibliotekos Naujos kartos sekos Anotacija Pažanga sekančios kartos sekų sudarymo srityje paskatino naujus bibliotekų paruošimo metodus, suderinamus su keliomis sekos nustatymo platformomis. Dabartiniai metodai (tiek mechaniniai, tiek fermentiniai) susiduria su trūkumais: daugiapakopiai protokolai, mėginių praradimas, automatikos stoka ir darbo sąnaudos. Nuolat

Mikrobiologija: PCR šališkumo užtikrinimas

Mikrobiologija: PCR šališkumo užtikrinimas

Dalykai Metagenomika Mikrobiomas PGR pagrįsti metodai Daugybė veiksnių gali iškreipti plačiai naudojamo amplifikacijos metodo, naudojamo atliekant mikrobiomų analizę, rezultatus, tačiau tyrėjai randa strategijų, kaip išsiaiškinti tiesą. Pagrindinis Įsivaizduokite, kad laikote prie buteliuko su vandeniu, kuriame skendi mikrobai - ir tai yra geras dalykas, nes jūs vykdote daugybės mikroskopinių ežero gyventojų, iš kurių gavote tą vandenį, surašymą. Bet kaip jūs turėtumėte

Nedidelis kvėpavimo takų kanalas leidžia analizuoti žmogaus plaučių uždegimą ir vaistų reakcijas in vitro

Nedidelis kvėpavimo takų kanalas leidžia analizuoti žmogaus plaučių uždegimą ir vaistų reakcijas in vitro

Dalykai Citokinai Lab-on-a-chip Kvėpavimas Transliaciniai tyrimai Anotacija Čia aprašomas žmogaus plaučių „mažų kvėpavimo takų ant mikroschemos“, turinčio diferencijuotą mucociliarinį bronchio epitelį ir po juo esantį mikrovaskulinį endotelį, kuris patiria skysčio tekėjimą, vystymasis, leidžiantis išanalizuoti organų lygio plaučių patofiziologiją in vitro . Dėl epitelio veikimo interle

Atkuriamumo matas

Atkuriamumo matas

Dalykai Biologiniai metodai Tyrimų duomenys Aktyvi biologinių tyrimų metodų pranašumų idėja - stipriosios ir silpnosios pusės, yra ir kritinė svarba, norint generuoti patikimus duomenis, kuriuos kiti gali atkurti. Galimybė atkartoti ir remtis kitų mokslininkų darbais arba pakoreguoti savo idėjas, kai duomenys rodo kitaip, yra pagrindai, palaikantys mokslinį procesą. Tačiau atsižv

Kur yra duomenys?

Kur yra duomenys?

Dalykai Leidyba Gamtos metodai reikalauja, kad duomenų prieinamumo deklaracijos būtų pateiktos kartu su tyrimų darbais. Kadangi mokslinių tyrimų bendruomenė dalijasi duomenimis, akademiniai žurnalai gali padėti. Nuo šio mėnesio bus reikalaujama, kad visuose mokslo darbuose, priimtuose publikuoti leidiniuose „ Nature“ , „ Nature Methods“ ir 11 kitų „Nature“ pavadinimų, būtų informacija apie tai, ar skaitytojai gali pasiekti pagrindinius duomenis. Šie teiginiai pateiks „mi

Natūralus baltymų ženklinimas in vivo

Natūralus baltymų ženklinimas in vivo

Dalykai Proteomas Proteominė analizė Proteomika Alvarez-Castelao, B. ir kt . Nat. Biotechnolis. 35 , 1196–1201 (2017). Naujai sintezuotų baltymų žymėjimo metodai leidžia tyrėjams identifikuoti baltymus iš ląstelių, naudojant tokius metodus kaip masės spektrometrija. Mutantinė metionil-tRNR sintetazės (MetRS) sistema leidžia metionino tRNR įkrauti nenatūralų aminorūgšties analogą azidonorleuciną, kuriame yra bioorthogonalinė dalis, kurią galima pažymėti paspaudimo chemija valymo rankena. Derinant šią techniką su l

Pataisa: Lyginamoji genotipo ir fenotipo ryšių vizualizacija

Pataisa: Lyginamoji genotipo ir fenotipo ryšių vizualizacija

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2015 m. Liepos 30 d Nat. 12 , 698–699 (2015) metodai ; paskelbta internete 2015 m. liepos 30 d. pataisyta po spausdinimo 2015 m. rugsėjo 24 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje finansavimo šaltinis buvo praleistas. Autoriai pripažįsta papildomą Medicinos tyrimų tarybos (programa MC_U142684171) finansavimą. Klaida buvo

DNR ir RNR saugojimas sausoje būsenoje kambario temperatūroje

DNR ir RNR saugojimas sausoje būsenoje kambario temperatūroje

Anotacija Vanduo sutrumpina DNR galiojimo laiką. Dviejų mėginių vientisumas abejotinas mėginiams, laikomiems drėgnoje aplinkoje, dėl nuolatinės DNR hidrolizės rizikos net ir žemoje temperatūroje. „GenVault“ sukūrė produktų rinkinį, į kurį įeina „GenPlates ™“, „GenSolve ™“, „GenTegra ™“ vamzdeliai ir „GenConnect ™“, skirti laikyti ir valdyti biosus pavyzdžius sausoje ir kambario temperatūroje (25 ° C). „GenVault“ keičia biologinio mėginio valdymo pa

Masių spektrometrija: žaidimas pasivyti

Masių spektrometrija: žaidimas pasivyti

Masės spektrometrija labiau nei bet kada yra funkcinės proteomikos tyrimų priešakyje. Technologija nuėjo ilgą kelią, bet kokia ateitis? Nathanas Blowas gauna svarbiausių kūrėjų perspektyvas, prognozes ir norus. „Tai, ką matėme per pastarąjį dešimtmetį, buvo daugiausia esamų technologijų patobulinimai“, - sako Franzas Hillenkampas iš Miunsterio universiteto. Johnas Yatesas iš „Scr

„Apdorotas leidinio vadovas“

„Apdorotas leidinio vadovas“

Rankraščio pateikimas ar pakartotinis pateikimas - keli svarbūs žingsniai ir sprendimai pakeliui. Jei norite peržiūrėti ir paskelbti komentarus apie šį straipsnį, apsilankykite methagoroje . Kai kuriems mokslininkams kelias į publikavimą yra gerai įveiktas, tačiau jis labiau primena tamsų, nepažymėtą kelią kitiems. Tai padeda žinoti

Masių spektrometrija biologams

Masių spektrometrija biologams

Dalykai Masių spektrometrija Proteomika Masės spektrometrija pagrįsta proteomika vis dar sparčiai plečiasi ne tik metodų ir instrumentų, bet ir biologinių klausimų atžvilgiu. Karolis Robinsonas, kaip paauglys, pirmą kartą panaudojo masių spektrometrą aštuntojo dešimtmečio pradžioje. Ji prisimena auk

Variacijos šaltiniai

Variacijos šaltiniai

Dalykai Tyrimų duomenys Statistiniai metodai Anotacija Norėdami apibendrinti išvadas populiacijai, turime atrinkti jos variaciją. Pagrindinis Kintamumas eksperimentuose neišvengiamas dėl biologinio ir techninio poveikio. Nors techninis kintamumas turėtų būti griežtai kontroliuojamas, kad būtų padidintas rezultatų vidinis pagrįstumas, reikia išlaikyti kai kuriuos biologinio kintamumo tipus, kad rezultatus būtų galima apibendrinti dominančiai populiacijai. Eksperimentinė k

Humanizuota fenotipinė lėtinio skausmo atrankos platforma

Humanizuota fenotipinė lėtinio skausmo atrankos platforma

Dalykai Lėtinis skausmas Fenotipinis atranka Anotacija „Censo Biotechnologies“ ir „Cellectricon“ suvienijo jėgas, kad sukurtų pirmąją humanizuotų narkotikų atradimo platformą, skirtą lėtiniam skausmui malšinti. Platforma yra pagrįsta žmogaus sukeltų pluripotentinių kamieninių ląstelių neuronais kartu su Cellectricon Cellaxess ® Elektra patikros sistema. Aukštos funkcinės atranko

Struktūrinė genomika dėmesio centre

Struktūrinė genomika dėmesio centre

Struktūrinės genomikos pastangos paskatino toliau plėtoti naujus metodus ir technologijas, naudingas plačiajai bendruomenei. Jei norite peržiūrėti ir paskelbti komentarus apie šį straipsnį, apsilankykite methagoroje . Viena iš daugelio tyrimų sričių, pradėjusių pradžią genomo projektams, yra sritis, vadinama struktūrine genomika, didelio našumo siekis išspręsti trijų matmenų baltymų struktūras. Šiuo metu maždaug pusė n

„Erratum“: viso kūno imunopET atskleidžia aktyvią SIV dinamiką vireminėmis ir antivirusinėmis terapijomis gydomoms makakoms

„Erratum“: viso kūno imunopET atskleidžia aktyvią SIV dinamiką vireminėmis ir antivirusinėmis terapijomis gydomoms makakoms

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2015 m. Kovo 9 d Nat. 12 , 427–432 (2015) metodai ; paskelbta internete 2015 m. kovo 9 d .; pataisyta po spausdinimo 2015 m. birželio 11 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje pirmasis Emmeline L. Blanchard vardas buvo klaidingai parašytas kaip Emeline. Klaida

Akademinė atranka yra didelė

Akademinė atranka yra didelė

Dalykai Verslas ir pramonė Didelio našumo atranka Mokslo bendruomenė Norint sukurti efektyvius ekranus, reikia laiko, skepticizmo ir nuovokių kompromisų. Akademinių atrankos centrų tyrėjai kuria tyrimų, vykdomų didelių farmacijos kompanijų nelinkę, tyrimus. Pavyzdžiui, Dundee universiteto (Škotija) atrankos centrui impulsą davė mokslininkai, atradę perspektyvius narkotikų taikinius, tačiau negalintys sudominti prekybos partnerių programomis, skirtomis gydyti parazitines infekcijas besivystančiame pasaulyje. Nors pramonės tyrinė

Objektyvus dalelių sekimo metodų palyginimas

Objektyvus dalelių sekimo metodų palyginimas

Dalykai Fluorescencinis vaizdas Vaizdo apdorojimas Mikroskopija Anotacija Dalelių sekimas yra nepaprastai svarbus atliekant kiekybinę ląstelės dinaminių procesų analizę, naudojant duomenų, gautų naudojant mikroskopinius duomenis, duomenis. Kadangi rankiniu būdu aptikti ir sekti daug atskirų dalelių neįmanoma, daugeliui grupių šioms užduotims buvo sukurti automatiniai skaičiavimo metodai. Siekdami objekt

Mėginių paskirstymas ir įkrovos bagažinė

Mėginių paskirstymas ir įkrovos bagažinė

Dalykai Tyrimų duomenys Anotacija Įkroviklis gali būti naudojamas imties įverčių neapibrėžtumui įvertinti. Pagrindinis Anksčiau aptarėme, kaip svarbu įvertinti savo matavimų neapibrėžtį ir įtraukti ją į duomenų analizę 1 . Norėdami sužinoti, kokiu mastu galime apibendrinti savo pastebėjimus, turime žinoti, kaip mūsų įverčiai skiriasi kiekvienoje imtyje ir ar jis yra šališkas (sistemingai pervertinant tikrąją vertę, ar nepakankamai ją įvertinant). Deja, gali būti sunku įvertinti įv

Taigi jūs rašote popierių

Taigi jūs rašote popierių

Dalykai Leidyba Parašyti aiškų, tikslų ir įtikinamą mokslinį darbą yra ir menas, ir įgūdis. Tai verta išmokti. XVII amžiuje, ankstyvajame šiuolaikinio eksperimentinio mokslo istorijoje, atradimai paprastai buvo skleidžiami tik tam tikroje grupėje (S. Shapin, Socialinė tiesos istorija , Univ. Chicago Press;

HUPO tiriamojo mėginio tyrimas atskleidė bendrąsias masinės spektrometrijos pagrįstos proteomikos problemas

HUPO tiriamojo mėginio tyrimas atskleidė bendrąsias masinės spektrometrijos pagrįstos proteomikos problemas

Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2009 m. Liepos 1 d Šis straipsnis buvo atnaujintas Anotacija Mes atlikome bandomojo mėginio tyrimą, norėdami nustatyti klaidas, lemiančias neatkuriamumą, įskaitant peptidų mėginių ėmimą, skysčių chromatografijos - masių spektrometrijos pagrindu pagrįstoje proteomikoje. Mes 27 laborato

Atranka: žuvų amžius

Atranka: žuvų amžius

Dalykai Vaizduojamasis Mikrofluidikai Atranka Zebrafish Mikrofluidikos ir vaizdo gavimo pažanga kartu su kai kuriais aukšto lygio tyrimais didina susidomėjimą viso organizmo patikra. Randall Peterson neįstojo į absolventų mokyklą, planuodama dirbti su zebrafish. Vietoj to jis siekė suprasti, kaip imunosupresantas vaistas rapamicinas sąveikauja su mTOR - jo žinduolių baltymų taikiniu, dabar žinomu kaip ląstelių signalizacijos keliu, kontroliuojančiu viską, pradedant ląstelių judrumu ir baigiant baltymų sinteze. Kelis mėnesius prie

Klaidų ištaisymas: tretinės struktūros išnaudojimas per vietines raukšles kristalografiniam fazavimui

Klaidų ištaisymas: tretinės struktūros išnaudojimas per vietines raukšles kristalografiniam fazavimui

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2013 m. Rugsėjo 15 d Nat. 10 metodai , 1099–1101 (2013); paskelbta internete 2013 m. rugsėjo 15 d. pataisyta po spausdinimo 2014 m. gegužės 5 d Iš pradžių publikuotoje šio straipsnio versijoje autoriai nepripažino visų žmonių, dalyvavusių AF fulmoidus AF1503 kristalografinių duomenų rinkinyje. Šiuos difrakcij

„AlphaLISA“ imunologiniai tyrimai: neplaunama alternatyva ELISA tyrimams ir vaistams aptikti

„AlphaLISA“ imunologiniai tyrimai: neplaunama alternatyva ELISA tyrimams ir vaistams aptikti

Anotacija „PerkinElmer“ granulėmis paremti AlphaLISA ® imunologiniai tyrimai yra skirti aptikti analitus biologiniuose mėginiuose. Šie chemiliuminescenciniai, neplaunantys tyrimai yra idealiai tinka miniatiūrizacijai ir automatizavimui. Jie pasižymi nepaprastu jautrumu, plačiu dinaminiu diapazonu ir tvirtu veikimu, palyginti su įprastu fermentais sujungtu imunosorbentų tyrimu (ELISA). Pagrindinis

Baltymų inžinerija: naršymas tarp atsitiktinumo ir priežasties

Baltymų inžinerija: naršymas tarp atsitiktinumo ir priežasties

Dalykai Chemijos bibliotekos Baltymų inžinerija Tyrinėdami naudingus baltymus tyrėjai naudoja dideles, sutelktas bibliotekas ir racionalų dizainą. Baltymų inžinerija buvo naudojama kuriant antikūnus, labai ryškius fluorescencinius baltymus ir fermentus, kurie mažina toksines atliekas. „Genentech“ vaistas, skirtas geltonosios dėmės degeneracijai, „Lucentis“ yra antikūnų fragmentas, sukurtas atliekant specifinę vietą mutagenezėje ir iš eilės tiriant fagą, kad jis būtų tikslingai surištas 100 kartų griežčiau nei jo pirmtakas 1 . Visai neseniai „Codexis“ ir „Merc

Optimizuotas bibliotekos paruošimo būdas sekančios kartos nustatymui

Optimizuotas bibliotekos paruošimo būdas sekančios kartos nustatymui

Anotacija Atsiradęs naujos kartos sekos nustatymas leido atlikti genomo analizę anksčiau nepasiekiamame gylyje. „Roche“, „Illumina“ ir „Life Technologies“, be kita ko, sukūrė gerai sukurtas platformas giliai sekai nustatyti. Nepriklausomai nuo instrumento, vienas iš kliūčių naujos kartos sekos nustatymui yra laikas ir ištekliai, reikalingi šablonų ir bibliotekų paruošimui. Čia aprašome „Epicentre“

Kritinis metagenomų aiškinimo įvertinimas - metagenomikos programinės įrangos etalonas

Kritinis metagenomų aiškinimo įvertinimas - metagenomikos programinės įrangos etalonas

Dalykai Klasifikacija ir taksonomija Kompiuterinė biologija ir bioinformatika Metagenomika Anotacija Surinkimo, taksonominio profiliavimo ir išpjaustymo metodai yra pagrindiniai metagenomų duomenų aiškinimo metodai, tačiau sutarimo dėl lyginamosios analizės trūkumas apsunkina veiklos rezultatų vertinimą. Kritinis

„Erratum“: tirpalo baltymų struktūrinės dinamikos stebėjimas, naudojant laiku išskirstytą plačiakampį rentgeno spindulių išsklaidymą

„Erratum“: tirpalo baltymų struktūrinės dinamikos stebėjimas, naudojant laiku išskirstytą plačiakampį rentgeno spindulių išsklaidymą

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2008 m. Rugsėjo 21 d Nat. Methods 5 , 881–886 (2008); paskelbta internete 2008 m. rugsėjo 21 d. pataisyta po spausdinimo 2008 m. rugsėjo 29 d. Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje 2d paveikslo legendoje nurodyta laiko skalė yra neteisinga. Tinkama laiko skalė turėtų būti 3 μs. Be to, 5b pav

Kamieninės ląstelės: ligos modeliai, rodantys ir pasakojantys

Kamieninės ląstelės: ligos modeliai, rodantys ir pasakojantys

Dalykai Ląstelių kultūros Genų taikymas Sukeltos pluripotentinės kamieninės ląstelės Žurnalistų genai Mokslo bendruomenė Kamieninės ląstelės Anotacija Genų redagavimo metodų derinimas su indukuotomis daugianarėmis kamieninėmis ląstelėmis yra ir galingas, ir sudėtingas. Pagrindinis Ląstelės atrodė gražiai - ir tai buvo bloga žinia, - primena Clive'as Svendsenas, kamieninių ląstelių tyrėjas ir neurobiologas „Cedars-Sinai“ medicinos centre. Jis kūrė ląstelių pagrindu sukur

Sutelkite dėmesį į smegenų žemėlapio sudarymą

Sutelkite dėmesį į smegenų žemėlapio sudarymą

Dalykai Vaizduojamasis Neuromokslas Žmogaus smegenų žievės funkcinio sujungimo vizualizacija remiantis magnetinio rezonanso tomografijos duomenimis. Joachimo Böttgerio ir Danielio Margulieso (Makso Planko žmogaus kognityvinių ir smegenų mokslų institutas, Leipcigas, Vokietija) smegenų atvaizdas su kompozicijos pagalba - Tobias S. Hoffmann

Masės spektrometrija chromatino biologijai

Masės spektrometrija chromatino biologijai

Dalykai Chromatinas Histonų analizė Masių spektrometrija Norėdami sužinoti naujus histonų ženklus ir sąveiką, tyrėjai kreipiasi į sudėtingesnius proteomikos instrumentus. Pagrindinis Tyrėjai, ketinantys nulaužti vieną kodą, gali nepastebėti kito. Tomis dienomis, kai buvo manoma, kad vien DNR seka turi visas ląstelės paslaptis, histonai, baltymų šerdys, besisukantys DNR, buvo atmesti tik kaip pasyvi pakavimo medžiaga. Dabar ta pakavimo me

Sekdami laidais

Sekdami laidais

Šio straipsnio „Erratum“ buvo paskelbtas 2008 m. Sausio 1 d Galbūt mokslininkai sukūrė būdus, kaip rekonstruoti visas žmogaus smegenų neuronų grandinių sujungimo schemas. Nathano Blowo pranešimai. 1880-aisiais Santiago Ramón y Cajal pradėjo tirti žmogaus smegenų struktūrą ląstelių lygiu. Praėjus daugiau nei

Mokslininkas ir išmanusis telefonas

Mokslininkas ir išmanusis telefonas

Dalykai Matematika ir skaičiavimas Mobiliosios skaičiavimo platformos, tokios kaip „iPhone“, pradeda įsibėgėti laboratorijoje - rimta perspektyva ar pasaka? Jei norite peržiūrėti ir paskelbti komentarus apie šį straipsnį, apsilankykite methagoroje . Kažkada telefonai buvo naudojami tik pokalbiams su kitais žmonėmis, o kompiuteriai veikė programinės įrangos programomis. Kompiuteris tapo ne

De novo genomo rinkinys: ką turėtų žinoti kiekvienas biologas

De novo genomo rinkinys: ką turėtų žinoti kiekvienas biologas

Dalykai Bioinformatika Genomo surinkimo algoritmai Kadangi vis daugiau genomų surenkama nuo nulio, mokslininkai stengiasi įvertinti ir pagerinti jų kokybę. Pagrindinis Paklaustas, kokia brandi yra genomo surinkimo sritis, Ianas Korfas iš Kalifornijos universiteto Daviso palygina jį su puikių galimybių turinčiu paaugliu. „Yra dr

Ištaisymas: RNR sekos nustatymo metodų, palyginti su suskaidytais arba mažai įtraukusiais mėginiais, lyginamoji analizė

Ištaisymas: RNR sekos nustatymo metodų, palyginti su suskaidytais arba mažai įtraukusiais mėginiais, lyginamoji analizė

Dalykai RNR sekos nustatymas Transkriptika Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2013 m. Gegužės 19 d Nat. 10 , 623–629 (2013) metodai ; paskelbta internete 2013 m. gegužės 19 d .; pataisyta po 2013 m. gruodžio 2 d Iš pradžių paskelbto šio straipsnio versijoje, skyriuje „Internetiniai metodai“ „RNase H bibliotekos“, sakinys, prasidedantis „Mes pridėjome 5 μl pašildyto RNase H ....“, turėtų būti skait

Neuromokslo priemonės: smegenų įžvalgos

Neuromokslo priemonės: smegenų įžvalgos

Dviejų Bostone įsikūrusių neuromokslų centrų tyrėjai dirba kurdami naujas vaizdavimo priemones ir technologijas, tikėdamiesi išsiaiškinti, kaip veikia smegenys. Savaitės metu Harvardo universiteto neurologas Randy Buckneris kelis kartus keliauja iš dviejų savo Bostono srities biurų: vienas į „Martinos“ biomedicinos vaizdavimo centrą Charlestown mieste, o kitas per upę Kembridže, pagrindiniame Harvardo universiteto miestelyje. „Martinos“ centre, k

Retraction: Netikėtos mutacijos po CRISPR – Cas9 redagavimo in vivo

Retraction: Netikėtos mutacijos po CRISPR – Cas9 redagavimo in vivo

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2017 m. Gegužės 30 d Nat. Metai 14 , 547–548 (2017); paskelbta internete 2017 m. gegužės 30 d. atnaujinta internete 2017 m. birželio 14 d. pataisyta internete 2017 m. liepos 25 d. atšauktas 2018 m. kovo 30 d Šis dokumentas yra atšauktas, nes dviejų CRISPR gydytų pelių autorių pastebėti genomo variantai negali būti įtikinamai priskirti CRISPR-Cas9. Straipsnis buvo

Neparametriniai testai

Neparametriniai testai

Dalykai Tyrimų duomenys Statistiniai metodai Šio straipsnio pataisa buvo paskelbta 2014 m. Birželio 27 d Šis straipsnis buvo atnaujintas Neparametriniai testai patikimai palygina iškreiptus ar reitinguotus duomenis. Matėme, kad t- testas yra tvirtas atsižvelgiant į prielaidas apie normalumą ir ekvivalentą 1 , todėl yra plačiai taikomas. Yra dar vi

Skambinama naujos kartos afiniteto reagentams

Skambinama naujos kartos afiniteto reagentams

Dalykai Antikūnų generavimas Cheminiai įrankiai Lab gyvenimas Technologija Kaip antikūnų papildas, nauji reagentai, skirti baltymams, kviečiami atlikti įvairius eksperimentus. Pagrindinis Jei tik tokius reagentus kaip antikūnai būtų nesudėtinga gaminti, jie būtų stabilūs daugelį metų, universalūs, atsinaujinantys ir pigūs, ir jie galėtų leisti mokslininkams iškart sužinoti baltymų balus. Tai gali atrodyti kai

Mėginių palyginimas - I dalis

Mėginių palyginimas - I dalis

Dalykai Leidyba Tyrimų duomenys Statistiniai metodai Norint patikimai palyginti nepriklausomų ar susijusių mėginių poras, reikia skirtingo požiūrio į t- testą. Tarp labiausiai paplitusių eksperimentų tipų yra lyginamieji tyrimai, kuriuose kontrastingi rezultatai būna skirtingomis sąlygomis, tokiomis kaip vyrai ir moterys, placebas ar vaistai arba prieš ir po gydymo. Šių eksperime

Kluptelėjimas

Kluptelėjimas

Dalykai Duomenų gavyba Duomenų apdorojimas Klasteriai randa duomenų modelius, nesvarbu, ar jie yra, ar nėra. Daugybė biologinių analizių apima mėginių ar kintamųjų padalijimą į grupes pagal panašumą ar atvirkštinį atstumą. Pvz., Atlikdami genų ekspresijos tyrimą, galime ieškoti pacientų, turinčių panašią ekspresiją, pogrupių arba imtis papildomo požiūrio ir nustatyti panašiai išreikštus genus visiems pacientams. Klasterizavimas yra neprižiūrim

Autonominė „SENSOLUX®“ versija: neinvazinis pH ir DO nustatymas purtant kolbas

Autonominė „SENSOLUX®“ versija: neinvazinis pH ir DO nustatymas purtant kolbas

Anotacija Augimo kinetinių parametrų nustatymas ankstyvojo proceso vystymosi metu yra nepaprastai svarbus. Kuo daugiau informacijos gaunama, tuo daugiau optimizavimo strategijų gali būti pritaikytos generuoti labai produktyvias ląstelių linijas. Naujoji SENSOLUX ® technologija leidžia optiškai ir neinvaziškai matuoti pH ir tirpinto deguonies prisotinimą kratymo kolbose. Ši techno

Geras teisėjas

Geras teisėjas

Dalykai Biologiniai metodai Leidyba Teisėjai teikia neįkainojamą paslaugą tobulinant mokslą. Siūlome šiek tiek maisto pagalvoti apie tai, kaip efektyviai pateikti recenzuojančių metodų dokumentus. Kaip teisėjas, jūs žinote, kad įvertinti kažkieno darbą nėra lengva ir tam reikia daug laiko bei atsargumo. Kaip autorius g

Kiekybinė vaizdavimo citometrija: pasirinktos priemonės automatinei ląstelių ir audinių analizei atlikti

Kiekybinė vaizdavimo citometrija: pasirinktos priemonės automatinei ląstelių ir audinių analizei atlikti

Dalykai Ląstelių vaizdavimas Srauto citometrija Anotacija Lazerinė skenavimo citometrija (LSC) yra pasirinkta technologija, skirta automatinei, kiekybinei didelio turinio, didelio pralaidumo analizei atlikti nevienalyčių ląstelių ir audinių mėginių analizę. LSC papildo srauto citometriją, leidžiančią analizuoti mėginius, pritvirtintus prie kietų substratų, tokių kaip lipnios ląstelės ir audinių mėginiai. Tai taip pat patobuli