Periferinio nervo apvalkalo navikų mikroprofilija nustato mir-29c kaip naviko slopinimo geną, susijusį su naviko progresavimu | britų žurnalas apie vėžį

Periferinio nervo apvalkalo navikų mikroprofilija nustato mir-29c kaip naviko slopinimo geną, susijusį su naviko progresavimu | britų žurnalas apie vėžį

Anonim

Dalykai

  • CNS vėžys
  • Genų ekspresijos profiliavimas
  • Prognozė
  • Naviką slopinantys baltymai

Šis straipsnis buvo atnaujintas

Anotacija

Pagrindiniai faktai:

1 tipo neurofibromatozė yra viena iš labiausiai paplitusių šeimos ligų, kurios požymis yra daugybinių neurofibromų vystymasis. Tai yra gerybiniai nervinio apvalkalo navikai, kurie gali virsti piktybiniais periferinių nervų apvalkalų navikais (MPNST).

Metodai:

Šio tyrimo tikslas buvo nustatyti diferencijuotai išreikštą mikroRNR (miRNR) neurofibromose ir MPNST, gautus iš pacientų, sergančių I tipo neurofibromatozėmis, naudojant mikrotraumos analizę. Diferencialinė išraiška buvo patvirtinta atliekant atvirkštinės transkripcijos kiekybinę PGR, o funkciniai tyrimai buvo atlikti po miRNR oligonukleotidų mimikos transfekcijos į MPNST ląsteles.

Rezultatai:

Šešiolika miRNR buvo reikšmingai diferencijuota MPNST, palyginti su NF, ir iš šių keturiolikos buvo sureguliuota MPNST: tarp jų buvo miR-30e *, miR-29c *, miR-29c, miR-340 *, miR-30c, miR-139- 5p, miR-195, miR-151-5p, miR-342-5p, miR-146a, miR-150, miR-223, let-7a ir let-7 g, su klaidingu atradimo greičiu q = 8, 48E- 03 mažiausiai reikšminga miRNR. Priešingai, miR-210 ir miR-339-5p buvo padidintos MPNST, palyginti su neurofibromos. Prognozavimo programinė įranga / algoritmai nustatė genų, kuriems taikomas miR-29c, sąrašą, įskaitant tarpląstelinius matricos genus ir matricos metaloproteinazę (MMP) -2, apie kuriuos pranešama, kad visi jie dalyvauja ląstelių migracijoje ir invazijoje. Funkciniai tyrimai MPNST ląstelių linijoje, sNF96.2, naudojant subrendusio miR-29c mimiką, parodė mažesnę invaziją, tuo tarpu proliferacijos pokyčiai nepakito. Manipuliuotų ląstelių simografija parodė, kad MMP2 aktyvumas taip pat sumažėjo, kai miR-29c raiška buvo priversta sNF96.2.

Išvada:

Mes pateikiame įrodymų, kad miR-29c sumažinimas turi lemiamą vaidmenį nervų apvalkalo navikų progresavime ir tai padidina invazines / migracines nervų apvalkalo navikų savybes.

Pagrindinis

1 tipo neurofibromatozę sukelia naviko slopintuvo geno neurofibromino 1, esančio 17q11.2 (Butmann ir kt., 1997), biallelic inaktyvacija (Gutmann ir kt., 1997) - dažna šeiminė liga, kuria serga 1 iš 3000 gyventojų, kurios požymis yra daugybinių neurofibromos. Tai yra gerybiniai navikai, atsirandantys iš Schwann ląstelių. Maždaug 10% pacientų, sergančių 1 tipo neurofibromatoze, išsivysto piktybinis periferinio nervo apvalkalo navikas (MPNST) - navikas, susijęs su didele mirtingumo rizika (King et al., 2000; Kleihues and Cavenee, 2000; Evans ir kt., 2002). ). Chirurgija yra standartinis MPNST gydymo būdas, o chemoterapija teikia mažai naudos (Kroep ir kt., 2011). Bendras 5 metų piktybine liga sergančių asmenų išgyvenimas svyruoja nuo 40 iki 75% atsitiktinio MPNST ir iki 21% NF1 MPNST sergančių pacientų (Evans ir kt., 2002; Porter ir kt., 2009). Taigi supratimas, kaip neurofibromos virsta MPNST, galėtų būti naudingas, nes tai gali suteikti galimybę anksti diagnozuoti ir nustatyti terapinius taikinius.

Genų ekspresijos mikrotraumai (GEM) ir visai neseniai buvo atlikta lyginamoji viso genomo metilomų analizė neurofibromoms ir MNPST iš pacientų, sergančių I tipo neurofibromatozėmis (Miller ir kt., 2006; Feber ir kt., 2011). Ankstesnė analizė rodo bendrą MPNST genų sumažėjusį reguliavimą, palyginti su gerybiniu atitikmeniu, ir tai atitinka mūsų išvadą, kad MPNST hipermetilinama daugybė genų (Feber ir kt., 2011). Palyginti nedaug genų, išreikštų aukštesniu MPNST lygiu, palyginti su neurofibromais, apėmė nemažai genų, dalyvaujančių ląstelių proliferacijoje ir naviko metastazėse (Subramanian ir kt., 2010), įskaitant kolageną VIa3 tipą ir VIIa1 tipo kolageną bei susijusius genus, įskaitant surviviną, ir tenascinas C (Karube ir kt., 2006; Subramanian ir kt., 2010).

MikroRNR (miRNR) yra mažos, neapdorotos, nekoduojančios RNR molekulės, kurių ilgis ∼ 22 nukleotidai ir kurios reguliuoja genų funkciją per mRNR skaidymą ir transliacijos slopinimą arba chromatino pagrindu veikiančius triukšmo slopinimo mechanizmus (Bartel, 2004). Jie daro įtaką įvairiems fiziologiniams ir patologiniams procesams, įskaitant naviko biologiją, kai tarpininkauja kaip naviko slopinamieji genai arba onkogenai (Pasquinelli ir kt., 2005; Calin ir Croce, 2006; Esquela-Kerscher ir Slack, 2006; Garzon ir kt.)., 2006; Di ir Croce, 2010). Gerybinių ir MPNSTs mikroRNR profiliavimas parodė santykinį miR-34a sumažėjusį reguliavimą daugumoje MPNSTs, palyginti su pacientų, sergančių 1 tipo neurofibromatozė ir be jos, neurofibroma (Subramanian ir kt., 2010). Šio tyrimo tikslas buvo išsiaiškinti papildomai diferencijuotai išreikštą miRNR neurofibromose ir MPNST, gautus iš pacientų, sergančių I tipo neurofibromatozėmis, siekiant išsiaiškinti, kokiu būdu neurofibromos virsta MPNST.

Rezultatai

„MicroRNA“ profiliavimas nustato, kad „miR-29“ šeima yra sureguliuota MPNST

Daugialypis 10 NF ir 9 MPNST mastelio keitimas (vienas nesugebėjo hibridizuotis) po hibridizacijos Agilent miRNR mikrotrauke parodė iliuzijos panašumą tarp navikų grupių (1 paveikslas). Šių duomenų perkėlimas į dvimatį grafiką parodė, kad, išskyrus vieną MPNST mėginį, kuris buvo pašalinis, navikai suskirstyti į dvi atskiras grupes (1A pav.). Hierarchinis grupavimas rodo reikšmingai skirtingai išreikštą miRNR, atskiriančią MPNST ir neurofibromas (1B pav.). Šešiolika miRNR buvo reikšmingai diferencijuota MPNST, palyginti su neurofibromos, ir iš šių keturiolikos buvo sureguliuota MPNST: tarp jų buvo miR-30e *, miR-29c *, miR-29c, miR-340 *, miR-30c, miR-139-5p, miR-195, miR-151-5p, miR-342-5p, miR-146a, miR-150, miR-223, let-7 a ir let-7 g, su klaidingu atradimo greičiu q = 8, 48E-03 už mažiausiai reikšmingą miRNR. MiR-210 ir miR-339-3p, priešingai, buvo reguliuojami MPNST, palyginti su neurofibromais. Penkių šių miRNR, įskaitant miR-139-5p, miR-210, miR-29c, miR-30e-3p ir miR-340, diferencinė išraiška buvo patvirtinta TaqMan tyrimu, atliktu tuo pačiu RNR šaltiniu (ekstrahuotu iš užšaldytų audinių pjūviai) nei mikro matricai 19 indekso atvejų (neįtraukta) (papildomas paveikslas S2A): let-7 g skirtinga išraiška nebuvo patvirtinta TaqMan tyrimu.

Image

Neurofibromų ir MPNST mikroRNR profiliavimas. ( A ) 10 NF (šviesiai pilka) ir 9 MPNST (tamsiai pilka) daugiamatis mastelio keitimas. ( B ) 10 neurofibromų ir 9 MPNST, reprezentuojančių aštuonias reikšmingiausias diferencijuotai išreikštas miRNR, kurių ribos q = 8.48E-03 yra mažiausiai reikšmingos miRNR, mikroRNR raiškos profiliavimas ir hierarchinė klasterinė analizė. Kiekviena eilutė nurodo santykinius vienos miRNR išraiškos lygius, o kiekviena skiltis rodo vieno mėginio išraiškos lygius. ( C ) „miR-29“ šeimos narių šilumos žemėlapis 10 neurofibromų ir 9 MPNST mėginiuose. Visi miR-29 šeimos nariai buvo reikšmingai diferencijuoti, kai P <0, 05. Geltona ir oranžinė spalvos rodo atitinkamai santykinai aukštą ir žemą išraiškas.

Visas dydis

Toliau mes patvirtinome savo atradimus didesnėje atvejų grupėje - 116 formalinu fiksuotų parafinu įterptų PNST (56 neurofibromos ir 60 MPNST), tačiau šį kartą dėmesys buvo sutelktas į nedidelį miRNR rinkinį, įskaitant miR-210, miR-29c ir miR -340, kurie yra susiję su vėžiu (papildomas 2B paveikslas). Atsižvelgiant į tai, kad miR-29c yra didesnės miRNR šeimos narys, mes sukūrėme prižiūrimą šilumos žemėlapį miR-29 šeimai, įskaitant miR-29a, b, c *, b-1 *, ir parodėme, kad jie buvo reikšmingi sumažėjęs MPNST, palyginti su neurofibromomis (1C pav.). „MiRNR“ žvaigždės formos (*) rodo priešingą papildomą kreipiamosios grandinės grandinę: paprastai yra nustatyta, kad jos yra mažiau išreikštos, palyginti su formomis, kurios nėra žvaigždės, ir yra labiau linkusios į degradaciją, todėl būsimuose eksperimentuose daugiausia dėmesio bus skiriama brandžiai formai (vadovas). styga be žvaigždės) (Schwarz ir kt., 2003).

Nebuvo nustatyta, kad MiR-34a būtų reikšmingai diferencijuotas MPNST, palyginti su neurofibromais, kaip buvo pranešta anksčiau (Subramanian ir kt., 2010). Nepaisant to, mes nustatėme, kad 6 iš 9 MPNST buvo mažesnė miR-34a ekspresija, palyginti su neurofibromomis (papildomas paveikslas S3).

„miR-29“ šeima nukreipta į tarpląstelinius matricos genus

Naudodamiesi numatymo programine įranga / algoritmu, „TargetScanHuman“ (5.1 leidimas) (//www.targetscan.org/), PITA (//genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/ mir07_data.html), „PicTar“ (//pictar.mdc -berlin.de/) ir „miRanda“ (//www.microrna.org/microrna/home.do), pasiekiamus visame pasaulyje žiniatinklyje, mes nustatėme genų, kuriuos nukreipė „miR-29c“ ir kiti šeimos nariai, sąrašą. Tiksliniai genai apėmė tarpląstelinius matricos genus, įskaitant kolageno genus, MMP ir metalo proteazių dezintegrinų ADAM šeimą, apie kuriuos pranešama, kad visi jie dalyvauja ląstelių migracijoje ir invazijoje (papildoma S2 ir S3 lentelė) (Newby, 2006; Daley ir kt.) 2008).

Po to visas tikslinių genų, esančių tiek PITA, tiek „Targetscan“ prognozėse, sąrašas (papildoma S3 lentelė) buvo ištirtas kelio ir genų funkcijų analizės būdu, naudojant „GeneCodis2.0“ - žiniatinklio serverio programą, integruojančią įvairius informacijos šaltinius, tokius kaip Gene ontologija (GO) ir Kioto genų ir genomų enciklopedija (KEGG) duomenų bazėse, siekiant rasti modulinius tarpusavyje susijusių anotacijų modelius (Carmona-Saez ir kt., 2007; Nogalesas-Cadenas ir kt., 2009) (papildoma S4 lentelė). Biologinio proceso GO analizė parodė, kad tarpląstelinės matricos organizacija buvo ryškiausiai atspindėta su 13 genų, iš kurių daugelis yra kolageno genai, įskaitant COL2A1, COL5A1, COL4A6, COL11A1, COL5A2 , su pataisyta P reikšme 4, 09585E-09. . GO ląstelinio komponento analizė taip pat parodė, kad reikšmingai pateikiami IV tipo kolageno ir fibrilliniai kolagenai (I, II, III, V ir XI tipai) ( P = 5, 68E-09 GO: 0005587 ir P = 7, 10E-09 GO). : 0005583, atitinkamai) (papildoma S4 lentelė). Genų ontologijos terminai molekulinei funkcijai, taip pat KEGG analizė atskleidė, kad numatomi taikiniai genai buvo žymiai praturtinti genais, dalyvaujančiais metaloproteinazės funkcijoje, įskaitant metaloproteazių-dezintegrinų ADAM šeimą, įskaitant ADAMTS-9, 6, 17, 7, ir 18, taip pat MMP2 ( P = 0, 00136053) ir ECM-receptorių sąveika (kolageno genai) ( P = 7, 14E-10) (papildoma S4 lentelė).

Norėdami patvirtinti in silico prognozes, kad ECM genai ir metaloproteinazės genai yra miR-29c taikiniai MPNST, MPNST ląstelių linija sNF96.2 buvo transfekuota miR-29c sintetiniu oligonukleotidu (mimika). Mes pasirinkome sNF96.2 kaip ankstesnį TaqMan tyrimą, kuris parodė, kad sNF96.2 ląstelių linija turėjo žemą miR-29c ekspresiją, išvadą, atitinkančią žemą miR-29c ekspresiją MPNST. Atlikus RT – qPCR analizę, nustatyta, kad numatomi genai, įskaitant COL1A1 , COL1A2 , COL5A2 , COL21A1 , COL4A1 , COL4A2 , TGFβ3 ir MMP2, buvo reikšmingai sumažintas, palyginti su užšifruota miRNR imitavimo kontrole (2A pav.). Tie patys genai taip pat buvo skirtingai išreikšti ankstesniuose mūsų GEM duomenyse, gautuose iš NF ir MPNST rinkinio (Henderson ir kt., 2005) (2B paveikslas).

Image

„miR-29c“ taikiniai - genai . ( A ) sNF96.2 ląstelės buvo transfekuotos miR-29c imitacija arba subraižyta imitacija šešių šulinėlių plokštelėse. Po dviejų dienų po transfekcijos ląstelės buvo tiriamos atrinktų genų ekspresijai RT – qPCR. Tikslinių genų ekspresija pateikiama kaip skirtumas tarp sNF96.2, pakartotinai ekspresuojančio miR-29c, lyginant su ekspresija skramtomose mimikos ląstelėse. Stulpeliai žymi trijų nepriklausomų eksperimentų vidurkį ir sd, palyginti su kontrole (iššifruota mimika). * P <0, 01 ir ** P <0, 001 kontroliuoti. ( B ) Anksčiau paskelbto GEM pasirinktų taikinių genų šilumos žemėlapis (Henderson et al, 2005). Išraiškos lygiai rodomi spalvų spektru, kuris svyruoja nuo šviesiai žalios (žemos išraiškos) iki ryškiai raudonos (didelės raiškos).

Visas dydis

Funkcinis miR-29c poveikis sNF96.2 MPNST ląstelių linijai

Laikinas MPNST ląstelių linijos, sNF96.2, transfekcija, naudojant miR-29c mimiką ir iššifruotus oligonukleotidus (kontrolė), parodė, kad ląstelių judrumas transwellio plokštelėse ir įbrėžimų / žaizdų gijimo testai buvo žymiai sumažėję (3 paveikslas).

Image

„miR-29c“ tiksliniai genai, dalyvaujantys migracijoje / invazijoje. sNF96.2 ląstelės buvo transfekuotos arba „miR-29c“ imitacija, iššifruota mimika, arba oligofektaminu tik šešių šulinėlių plokštelėse. ( A, B ) Dvi dienas po transfekcijos ląstelės buvo atskirtos ir ∼ 25 000 ląstelių buvo perkeltos į atskirus transvertinių plokštelių šulinius. ( A ) Reprezentatyvūs ląstelių, perkeltų „miR-29c“, subraižytos mimikos ir oligofektamino tik ant membranų, mikrografai. Ląstelės buvo fiksuotos ir nudažytos gelRed po 6 valandų inkubacijos. Ant membranos migruotos ląstelės buvo suskaičiuotos į keturis laukus, kur ląstelės buvo paskirstytos tolygiai. ( B ) Diagrama rodo vidutinį langelių skaičių iš kiekvieno lauko ( n = 4), suskaičiuotą per tris nepriklausomus eksperimentus (iš viso n = 12), juostos žymi vidurkį. * P <0, 05 miR-29c mimika ir kontrolė (iššifruota mimika) ir buvo apskaičiuota „GraphPad Prism“ atliekant porinį t- testą. ( C ) Atsparūs įbrėžimo tyrimo vaizdai praėjus 2 dienoms po transfekcijos su miR-29c mimika ir iššifruota mimika. Vaizdai buvo stebimi video 60 val. Atliekant laikiną vaizdo mikroskopiją. Fotomikrografijos buvo darytos 0 (2 dienos po transfekcijos) ir 59:45 val.

Visas dydis

Po transfekcijos su miR-29c mimika, atlikus daugybę tyrimų, nepastebėta jokio poveikio sNF96.2 ląstelių augimui / proliferacijai, įskaitant gyvų ląstelių vaizdavimo sistemą IncuCyte, MTS testą ir auginant ląsteles 3D forma. naudojant minkštą agarą (papildomas S4 paveikslas).

Proteolitinio fermento aktyvumo trūkumas slopina ląstelių migraciją

Kadangi anksčiau buvo įrodyta, kad MMP2 yra miR-29 šeimos taikinys (Steele ir kt., 2010), mes spėliojome, kad sumažėjusią migraciją miR-29c transfekuotose sNF96.2 ląstelėse bent iš dalies gali lemti žemas proteolitinio fermento aktyvumo lygis. Norėdami tai išbandyti, mes zimografijos būdu išanalizavome supernatantą iš miR-29c transfekuotų sNF96.2 ląstelių. Mes nustatėme, kad prarandamos juostos, atitinkančios MMP2, ir tai patvirtina hipotezę, kad ląstelės, ekspresuojančios miR-29c mimiką, žymiai sumažino proteolitinį aktyvumą, palyginti su kontrolinėmis kultūromis (4A pav.). Šią interpretaciją patvirtino tų pačių eksperimentų medžiaga atlikta „Western blot“ ir RT – qPCR analizė, kuri parodė reikšmingą atitinkamai MMP2 baltymo lygio ir mRNR sumažėjimą ir taip pat pateikia patvirtinamųjų įrodymų, kad MMP2 yra miR-29c taikinys. (4B pav.). Be to, mes nustatėme, kad ląstelėse, ekspresuojančiose miR-29c, buvo prarasta sunkesnė juosta, palyginti su tėvų ląstelių linijomis (4A pav.). Šios juostos molekulinė masė atitiko MMP9, kuri nėra minima kaip mir-29c taikinys. MMP9 Western blot analizė ir RT-qPCR neparodė reikšmingo poveikio atitinkamai baltymo ir mRNR ekspresijos lygiui. Be to, kai MPNST ląstelių linija sNF96.2 buvo transfekuota miR-29c sintetiniu oligonukleotidu (mimika), MMP9 raiška nepakito (4B paveikslas). Šie duomenys rodo, kad MMP9 yra netiesioginis miR-29c taikinys. Galiausiai zimografijos geliai atskleidė, kad MMP3 aktyvumas nebuvo paveiktas, kai ląstelės buvo transfekuojamos miR-29c mimika (4A pav.) - išvadą patvirtina Western blot ir RT – qPCR.

Image

Proteinitinis aktyvumas sNF96.2 ląstelėse, ekspresuojančiose miR-29c. ( A ) Supernatantai iš ląstelių, transfekuotų miR-29c, ir subraižytos mimikos buvo analizuojami želatinos zimografija naudojant 0, 1% želatinos ir 10% akrilamido gelius, nesumažinančiomis sąlygomis. Želatinolitinio aktyvumo zonos buvo atskleistos neigiamu dažymu. Skirtingas juostų modelis buvo pastebėtas, kai ląstelės buvo transfekuotos miR-29c imitacija ir iššifruota mimika. Molekulinio svorio kopėčios buvo naudojamos nustatyti, kokie MMP buvo arba jų nėra. Remdamiesi panaudotos molekulinės masės ir substrato (želatinos) tipu, padarėme išvadą, kad juostos reprezentavo MMP9, MMP2 ir MMP3 sNF96.2 ląstelių linijoje, kai buvo transfekuotos su išpjaustyta mimika, tačiau kad dvi iš jų atitinka MMP2 ir MMP9. jų nebuvo, kai ląstelės buvo transfekuotos miR-29c mimika. ( B ) Western blot analizė ir RT-qPCR parodė MMP2 baltymo ir mRNR ekspresijos sumažėjimą ląstelėse, perkeltose su miR-29c mimika, palyginti su kontrole. Priešingai, MMP3 ir MMP9, kurie, kaip žinoma, nėra tiesioginiai miR-29c taikiniai, neparodė baltymų ekspresijos pokyčių, atitinkamai baltymų ir mRNR raiškos.

Visas dydis

Diskusija

Šiame tyrime parodyta, kad dauguma miRNR, kurios diferencijuotai išreiškiamos MPNST, palyginti su neurofibromos, yra sumažintos MPNST. Pastebėjome, kad visi „miR-29“ šeimos nariai, „miR-29a“, „b“, „c *“, „b-1 *“, yra smarkiai sureguliuojami, o tai atitinka jų plačią sekos homologiją 5′sėklų srityje, seka, svarbi mRNR taikinio atpažinimui ir specifiškumui (Bartel, 2004). Tai suderinama su genų reguliavimu, kurį sukelia daugybinė miRNR, turinti sinergetinį efektą (Doench ir Sharp, 2004).

Mes sutelkėme dėmesį į „miR-29c“, nes jis buvo labiau išreikštas skirtingai nei kiti „miR-29“ šeimos nariai. Mūsų radinių atkartojamumas didesnėje 117 nervinių apvalkalų navikų grupėje, be to, kad ši miRNR yra susijusi su daugybe kitų vėžio formų, įskaitant lėtinę limfocitinę leukemiją (Mraz ir kt., 2009; Stamatopoulos ir kt., 2009), stemplės plokščiųjų ląstelių karcinomą. (Ding ir kt., 2011), nosiaryklės karcinoma (Sengupta ir kt., 2008), plaučių vėžys (Fabbri ir kt., 2007) padarė ją patrauklia molekule tyrimui. Be to, buvo prieinama MPNST ląstelių linija, sNF96.2, kuri, kaip mes nustatėme, išreiškia žemą miR-29c lygį (Perrin ir kt., 2007), kuriai patvirtinome biallelio neurofibromino 1 inaktyvaciją.

ECM sudaro sudėtingas molekulių rinkinys, atliekantis svarbų vaidmenį palaikant audinių vientisumą. Tai atliekama tiksliai suderintu rekonstravimo procesu, pasiektu suskaidant ir pakeičiant audinius, ir apima MMP, kurie skaido įvairius kolagenius, ir ne kollagenozinius ECM glikoproteinus (Patterson et al, 2001). ECM gali veikti kaip augimo faktorių / citokinų, dalyvaujančių sąveikoje tarp ECM ir ląstelės plazmos membranos komponentų, pavyzdžiui, adhezijos molekulių ir receptorių tirozino kinazių, rezervuaras. Taigi, pakeitus sudedamąsias ECM dalis, gali pakisti įvairių citokinų transkripcijos pasroviuose reakcijos ir pasikeisti proliferacija, išgyvenimas ir migracija, atsižvelgiant į ligos požymius (Russo ir kt., 2005; Newby, 2006; Daley) et al., 2008). Įrodyta, kad didelis tarpląstelinių koliagenų ir (arba) lamininų kiekis skatina daugelį naviko ląstelių tipų invaziškumą in vitro ir padidina metastazes gyvūnų modeliuose (Chintala et al, 1996; Song et al, 1997; Kuratomi et al, 1999). ; Menke ir kt., 2001; Kuratomi ir kt., 2002; Kaufman ir kt., 2005; Koenig ir kt., 2006; Shintani ir kt., 2006). Taip pat didelis kolageno ir lamininų kiekis buvo susijęs su padidėjusia klinikinių metastazių tikimybe keliuose žmogaus kietų navikų tipuose (Ramaswamy ir kt., 2003). Suderinta su tuo, kad įrodyta, kad per didelis MMP2 ekspresija susijęs su ląstelių migracija ir susijęs su metastazavusiu piktybinių navikų potencialu (Egeblad ir Werb, 2002). Todėl yra įdomu, kad kollageno tipai, kuriems taikoma miR-29c, yra tie, kuriuos taip pat skaido MMP2, ir kad abu genų rinkiniai yra padidinami MPNST, kaip parodyta mūsų anksčiau paskelbtame GEM tyrime (Henderson et al. 2005). Šie silico duomenys kartu su mūsų išvadomis apie sumažėjusią MPNST ląstelių migraciją esant didesniam miR-29c lygiui teigia, kad miR-29c veikia kaip naviko slopinimo genas MPNST ir tarpininkauja jo veikimui modifikuodamas naviko migraciją tarpininkaujant jo poveikis tiek per kollagenus, tiek per MMP2. Taip pat įdomu, kad buvo nustatyta, kad miR-29c nedaro jokio poveikio ląstelių proliferacijai daugeliu būdų, o tai nenuostabu, nes ląstelių dauginimasis ir migracija dažnai yra vienas kitą paneigiantys ląstelių reiškiniai (Zheng et al, 2009).

Ieškodami priežasties, kodėl MPNST sumažėjo „miR-29c“, apžvelgėme MPNST ląstelių linijos, sNF96.2, kariotipą (48, X, -X arba Y, +7, pridėkite (7) (p22) x2., +8, pridėkite (9) (24 p.), + Mar). Tačiau šie duomenys neleidžia manyti, kad yra praradęs bet kurį iš miR-29 šeimos narių lokusų (1 ir 7 chromosomose) (Perrin ir kt., 2007). Be to, ankstesnė tų pačių dviejų mėginių grupių (sujungtų) metilomų analizė neparodė reikšmingų skirtumų miR-29c geno kūne (Feber ir kt., 2011) - rezultatas buvo patvirtintas, kai mėginiai buvo atskirai analizuojami genų kūno metilinimui naudojant pirosequencing (duomenys nepateikti). Taigi, nėra įrodymų, patvirtinančių, kad miR-29c ir kitų miR-29 šeimos narių MPNST reguliavimą lemia metilinimas.

Subramanian ir kt. (2010) pranešė apie reikšmingą miR-34a panaikinimą MPNST, kurie visi turėjo TP53 inaktyvacijos geno ekspresijos ženklą, palyginti su neurofibromomis. Jie parodė, kad tai įvyko dėl inaktyvavimo TP53 naudojant ląstelių liniją - išvadą, kuri atitinka paskelbtus duomenis, rodančius, kad miR-34a ekspresiją reguliuoja TP53 (Chang et al, 2007; He et al, 2007). Nepavyko atkurti šios išvados statistiniu lygiu, nors mes parodėme, kad 6 iš 9 MPNST pasireiškė mažesnė miR-34a ekspresija, tuo tarpu mažesnė ekspresija buvo nustatyta tik trijose neurofibromose. Pažymėtina, kad mūsų 10 MPNST TP53 geno ekspresijos parašas nebuvo žinomas. Šiomis aplinkybėmis įdomu, kad visi mūsų pacientai turėjo 1 tipo neurofibromatozę, nors nežinoma, ar taip buvo šešiems pacientams, dalyvavusiems Subramanian tyrime. Tai yra svarbu, nes pranešama, kad TP53 mutacijos įvyksta ∼ 25% MPNST ir kad mažuma (36%) randama navikuose nuo pacientų, sergančių 1 tipo neurofibromatozėmis (Verdijk ir kt., 2010). Taigi įdomu spėlioti, kad skirtingas genetinis fonas, kuriame atsiranda MPNST, paaiškina neatitinkančius miR-34a rezultatus. Alternatyvus dviejų tyrimų neatitikimo paaiškinimas yra tas, kad buvo naudojamos skirtingos „miRNA“ mikrotraumos platformos, ir tai galėjo paaštrinti nedidelis atvejų skaičius, įtrauktas į tyrimus. Nepaisant to, džiugina tai, kad pakartojome Subramanian ir kt. (2010) paskelbtą išvadą, kad miR-29a buvo smarkiai sumažintas MPNST.

Apibendrinant, mes pateikėme įrodymų, kad miR-29c vaidina pagrindinį vaidmenį nervų apvalkalo navikų progresavime, didindamas jų invazines / migracines savybes. Nors miRNR / RNR-I terapinis laukas yra pradinėje stadijoje, keli metodai, įskaitant anti-miRNR oligonukleotidus (Garzon ir kt., 2010), ir antagomiRs - junginiai, blokuojantys miRNR dėl komplementarumo (Garzon ir kt., 2010) ir atkuriantys miR -29c ekspresija MPNST rodo galimą terapinį požiūrį į šiuos navikus ateityje.

Pokyčių istorija

Papildoma informacija

PDF failai

  1. 1.

    Papildomas S1 paveikslas

  2. 2.

    Papildomas S2 paveikslas

  3. 3.

    Papildomas S3 paveikslas

  4. 4.

    Papildomas S4 paveikslas

„Excel“ failai

  1. 1.

    Papildoma S1 lentelė

  2. 2.

    Papildoma S2 lentelė

  3. 3.

    Papildoma S3 lentelė

  4. 4.

    Papildoma S4 lentelė

„Word“ dokumentai

  1. 1.

    Papildoma informacija

    Šis darbas publikuojamas pagal standartinę licenciją skelbti sutartį. Po 12 mėnesių darbas taps laisvai prieinamas, o licencijos sąlygos bus perkeltos į „Creative Commons“ priskyrimo - nekomercinio - bendro naudojimo - nepanaudotą 3.0 licenciją.

    Papildoma informacija pridedama prie dokumento „British Journal of Cancer“ svetainėje (//www.nature.com/bjc)