Nė vienas pavyzdys neliko | gamtos biotechnologijos

Nė vienas pavyzdys neliko | gamtos biotechnologijos

Anonim

Dalykai

  • Taikomoji imunologija
  • Vėžio imunoterapija
  • Imunologiniai metodai

Norint maksimaliai padidinti klinikinį imuninio profiliavimo poveikį, reikės specialių imuninės sistemos stebėjimo priemonių ir bendruomenės standartų pacientų mėginiams tvarkyti.

Praėjusį mėnesį Sietle surengtoje konferencijoje „Gamtos imuniteto profiliavimas sveikatos ir ligų srityje“, kurioje buvo naudojamos adaptyviosios biotechnologijos, buvo demonstruojamos didelio pralaidumo technologijos, tokios kaip naujos kartos sekos nustatymas ir masinė citometrija, kurios keičia mūsų supratimą apie žmogaus imuninę sistemą. Šie metodai suteikia įžvalgos apie pacientų transkriptų, metilomų ir T ląstelių receptorių (TCR) bei B ląstelių receptorių (BCR) repertuarus, tiriant daugybę naujų imuninės terapijos būdų. Jie padeda išsiaiškinti, kaip ir kodėl šie pacientai skirtingai reaguoja į imuninę vėžio terapiją ir vis daugiau kitų intervencijų, tokių kaip skiepai, autoimuninis gydymas ir transplantacija. Nepaisant šios greitos pažangos, realybė yra tokia, kad dauguma imuniteto profiliavimo pastangų tebėra bandomosios apimties. Norėdami iš tikrųjų sukonkretinti kliniškai įgyvendinamas įžvalgas, tyrinėtojai turės integruoti pakankamos įvairovės ir statistinės galios duomenų rinkinius. Tam reikės daugiau dėmesio skirti pavyzdžių gavimui ir analizei bei bendruomenės sutarimui, kaip kaupti, dalintis ir aiškinti duomenis.

Vėžio imunoterapija buvo vėlyvas pyktis; iš tikrųjų, tik prieš keletą savaičių Jimas Allisonas gavo „Lasker“ apdovanojimą už „atradimą ir sukūrimą monokloninių antikūnų terapijos, kuri atlaisvina imuninę sistemą kovai su vėžiu“. Nors klinikiniai kontrolinių punktų inhibitorių ir įtėvių T ląstelių terapijos duomenys teikia daug vilčių. supratimas apie žmogaus imuninę biologiją išlieka pradinis. Aktyvios tyrimo sritys išlieka klausimai, kokie terapiniai deriniai yra tinkamiausi konkrečiam naviko tipui, kurie gydymo metodai sukuria pageidaujamus T ląstelių atminties ženklus ir kurie sukuria plačiai neutralizuojančius antikūnus. Tik maždaug kas penktas pacientas, sergantis melanoma, reaguoja į citotoksinio T limfocitų antigeno (CTLA) -4 blokadą. Šiame kontekste svarbu suprasti, kaip mes galime a priori nustatyti, kam bus naudingas gydymas, o kam - ne.

Kaip parodė Sietlo renginyje rodomi mokslai, dabar turime daugybę technologijų atsakymui į šiuos klausimus. Galima palyginti T ir B ląstelių receptorių repertuarus, receptorius klonuoti, identifikuoti neoepitopus, apibūdinti imunines ląsteles genomo lygyje, transkriptą, metilomą, proteomą ir metabolomą, taip pat stebėti dešimtis ląstelių paviršiaus žymenų ir citokinų.

Problema ta, kad daugumos imuniteto profiliavimo analizių apimtis yra gana ribota.

Tai suprantama, nes daugeliu atvejų mėginiai imami konkretiems tikslams, pvz., Diagnozuojant naviko biopsiją arba nustatant naviką, kraujo mėginiai. Kai mėginys naudojamas atsakyti į tiriamąjį klausimą, dažnai prarandamas likęs audinio ar ląstelės mėginys. Mėginiai dažnai būna vienas ir galutinis savininkas - asmuo, kuris rašo protokolą turėdamas omenyje konkretų tikslą. Kad būtų dar blogiau, atliekant pramonės remiamus tyrimus, mėginiai dažnai būna sekvestruojami įmonių šaldikliuose.

Finansavimo mechanizmai ne visada padeda. Mėginių ėmimas, saugojimas ir analizė dažnai skiriami dotacijoms tik atsižvelgiant į vėlesnį požiūrį. Draudimo kompanijos moka tik už keletą JAV Maisto ir vaistų administracijos patvirtintų tyrimų. Vaistų kompanijos turi mažai paskatų finansuoti neprižiūrimas savo pacientų grupių analizes. Dotacijos skiriamos tyrėjo atliktai vienos dimensijos mėginių analizei ir nepateikia finansavimo mėginių tyrimams, išskyrus tą analizę. Šaltinių, kurie mokės už tyrimus ir bankų išlaidas, kurios gali nesuteikti greitų rezultatų, nustatymas dažnai yra nereikšmingas. Retais atvejais į pagalbą gali ateiti akademinis centras, tačiau institucinė parama dažnai yra sunkiai įveikiama nauda.

Sukurti išsamią imuniteto profiliavimo įstaigą akademiniame centre nereiškia. Tokios pastangos turi nuspręsti, kurie tyrimai turėtų būti atliekami atlikus kietų navikų biopsijas ar skystus navikus; kokius antikūnus reikėtų naudoti prieš kokius žymenis; kokio tipo analitai (pavyzdžiui, DNR, RNR, baltymai) turėtų būti išskirti; kokia technologija turėtų būti naudojama mėginio apklausai; ir kaip mėginys turėtų būti atsietas, konservuotas ar konservuotas formalinu.

Kai kurios institucijos, pavyzdžiui, Stanfordo universitetas, Icahn medicinos mokykla prie Sinajaus kalno ir MD Andersono vėžio centras, rodo kelią. Stanforde pacientų mėginiai iš įvairių tyrimų ir protokolų buvo sistemingai renkami beveik dešimtmetį. Standartinių tyrimų rinkinys vykdomas su naujais mėginiais, kai jie patenka, ir šie duomenys suteikia informacijos, kuri naudojama komentuojant kiekvieną mėginį. Anotacija suteikia galimybę bankui lengvai ieškoti ir nedelsiant prieiti - kai tyrėjui reikia mėginių su tam tikromis savybėmis norint išbandyti naują hipotezę, juos galima nedelsiant nustatyti. Likusi medžiaga apdorojama saugojimui naudojant nuoseklius protokolus.

Tokius centrus įkūrusios institucijos palaiko vidinius dėstytojus. O kas, jei tokios priemonės galėtų bendradarbiauti ir palengvinti duomenų kaupimąsi tarp institucijų?

Be abejo, mažai tikėtina, kad įstaigos dalinsis pavyzdžiais. Tačiau jei pradžioje bus gautas tinkamas informuotas sutikimas, nėra jokios priežasties, dėl kurios negalėtų būti dalijamasi anoniminiais anotuotų duomenų apie šiuos pavyzdžius duomenimis.

Kad tai būtų pasiekta, institucijos turi susitarti dėl geriausios praktikos, susijusios su įvairių rūšių mėginių tyrimais, ir kaip dalintis duomenimis. Tarpinstitucinės pastangos, susijusios su vėžiu, įtraukiant Masačusetso bendrosios ligoninės vėžio centrą, Memorial Sloan Kettering ir MD Anderson, be kita ko, yra tokio bendradarbiavimo pavyzdys.

Bet norint, kad skirtingi duomenų rinkiniai būtų palyginami, reikia plataus bendruomenės susitarimo ne tik dėl būtiniausio informacijos rinkinio, reikalingo aprašyti mėginių ėmimą, naudojamos metodikos ir atliktos duomenų analizės, bet ir dėl standartinių duomenų kaupimo ir keitimosi jais formatų. Šiuo atžvilgiu praėjusių metų gegužės pabaigoje įvyksiantis susitikimas rodo, kad bendruomenė pradeda spręsti šias problemas (//bit.ly/1gyKXt3).

Tačiau kol kas kryžminio insitucijos pastangos tebėra išimtis, o ne taisyklė. Norint, kad imuninio profiliavimo tyrimai iš tikrųjų išnaudotų savo galimybes, dabar laikas bendruomenei susiburti ir susitarti dėl standartizuoto mėginių rinkimo ir saugojimo bei duomenų kaupimo pranašumų. Turime atidaryti šaldiklius ir atrakinti duomenis. Joks pavyzdys neturėtų būti paliktas nuošalyje.

Autoriai