Protokolus (Vasaris 2020)

Padidinto labirinto naudojimas kaip graužikų elgesio su nerimu tyrimas

Padidinto labirinto naudojimas kaip graužikų elgesio su nerimu tyrimas

Anotacija Padidėjęs labirintas yra plačiai naudojamas elgesys graužikams ir jis buvo patvirtintas farmakologinių agentų ir steroidinių hormonų anti-nerimo poveikiui įvertinti bei apibrėžti smegenų sritis ir mechanizmus, kuriais grindžiamas su nerimu susijęs elgesys. Trumpai tariant, žiurkės ar pelės dedamos prie keturių labirinto ginklų sankirtos, nukreiptos prieš atvirą ranką, ir kiekvienos rankos įrašai / trukmė 5 minutes stebimi vaizdo stebėjimo sistema ir stebėtoju. Taip pat gali būti stebim

Apibrėžtos ir vienodos CNS progenitorių ir neuronų populiacijos generavimas iš pelių embrioninių kamieninių ląstelių

Apibrėžtos ir vienodos CNS progenitorių ir neuronų populiacijos generavimas iš pelių embrioninių kamieninių ląstelių

Anotacija Aprašytas išsamus protokolas, leidžiantis iš pelės embriono kamieno (ES) ląstelių sugeneruoti iš esmės grynas glutamaterginių neuronų populiacijas. Jis grindžiamas ES ląstelių, kurios nėra diferencijuojamos pakartotinai padalijant, kultūrą ir vėliau amplifikuojamos kaip neprilipę ląstelių agregatai. Gydant retinoine rū

Pataisymas: Standartizuotas pelių pakartotinio streso socialinio streso protokolas

Pataisymas: Standartizuotas pelių pakartotinio streso socialinio streso protokolas

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2011 m. Liepos 21 d Nat. Protokolas. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10.1038 / nprot.2011.361; paskelbta internete 2011 m. liepos 21 d. pataisyta po spausdinimo 2014 m. gruodžio 17 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje buvo šiek tiek painiavos aiškinant sakinį „Be to, pralaimėjimai turėtų būti vykdomi nuolatos atliekant veterinarinį vertinimą ir visapusiškai patvirtinant visas būtinas institucines peržiūros tarybas ir standartus.“ Dėl papildomo aišku

Citokinezės bloko mikronukleozės citometo tyrimas

Citokinezės bloko mikronukleozės citometo tyrimas

Šis straipsnis buvo atnaujintas Anotacija Citokinezės bloko mikronukleozės citometo tyrimas yra išsami DNR pažeidimo, citostazės ir citotoksiškumo matavimo sistema. DNR pažeidimo įvykiai yra vertinami konkrečiai dalijant atskiras branduolio (BN) ląsteles ir apimant (a) mikrotrandulius (MNi), chromosomų lūžio ir (arba) visos chromosomos praradimo biomarkerį, b) nukleoplazminius tiltus (NPB), DNR biologinį žymeklį. klaidingas remon

Vietos specifinis fluorotipozinų inkorporavimas į E. coli ribonukleotido reduktazės R2 subvienetą išreikšto baltymo jungimosi būdu

Vietos specifinis fluorotipozinų inkorporavimas į E. coli ribonukleotido reduktazės R2 subvienetą išreikšto baltymo jungimosi būdu

Anotacija Išreikštas baltymo jungimas (EPL) leidžia pusiau sintetinti tikslinį baltymą, į jo N arba C galus įtraukiant zondus arba nenatūralias aminorūgštis. Čia mes aprašome protokolą, kurį sukūrė mūsų laboratorija, įterpdama fluorotipozinus (F n Ys) ties Escherichia coli ribonukleotido reduktazės mažo subvieneto 356 liekana naudojant EPL. Atliekant šią proce

Pataisymas: atskirų ląstelių viso genomo kopijų skaičiaus analizė

Pataisymas: atskirų ląstelių viso genomo kopijų skaičiaus analizė

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2012 m. Gegužės 3 d Nat. Protokolas. 7 , 1024–1041 (2012); paskelbta internete 2012 m. gegužės 3 d .; pataisyta po spausdinimo 2016 m. vasario 24 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje NaCl koncentracijos NST buferyje vienetai, aprašyti skyriuje „Reagento nustatymas“, buvo neteisingi. Tinkamas vien

Didelio pralaidumo in vivo mikrobranduolių tyrimas pelių genomo nestabilumo tikrinimui

Didelio pralaidumo in vivo mikrobranduolių tyrimas pelių genomo nestabilumo tikrinimui

Dalykai DNR pažeidimas ir taisymas Srauto citometrija Genominis nestabilumas Pelė Anotacija Apibūdiname jautrų, tvirtą, didelio pralaidumo metodą, skirtą kiekybiškai įvertinti pelių eritrocituose susidarančius mikrotrandulius, genomo nestabilumo žymenis. Mikrobranduoliai yra ištisos chromosomos arba chromosomų segmentai, atskirti nuo branduolio. Kiti aptikim

Substrato aktyvumo patikra (SAS): bendroji fragmentų pagrindu pagamintos nepeptidinės proteazės substrato bibliotekos paruošimo ir tikrinimo procedūra inhibitorių atradimui.

Substrato aktyvumo patikra (SAS): bendroji fragmentų pagrindu pagamintos nepeptidinės proteazės substrato bibliotekos paruošimo ir tikrinimo procedūra inhibitorių atradimui.

Anotacija Substrato aktyvumo patikra (SAS) yra fragmentų pagrindu sukurtas metodas greitam naujų substratų vystymui ir jų pavertimui nepeptidiniais Cys ir Ser proteazių inhibitoriais. Metodas susideda iš trijų etapų: (i) N- acilo aminokumarinų su įvairiomis mažos molekulinės masės N -acilo grupėmis biblioteka yra atrankinta, kad būtų galima nustatyti proteazės substratus, naudojant paprastą fluorescencinį tyrimą; (ii) identifikuoti N- acilo aminokumarino substratai yra optimizuojami greita analogine sinteze ir vertinimu; ir (iii) optimizuoti substratai yra paverčiami inhibitoriais tiesiogiai pa

Pirminė galvijų chromaffino ląstelių kultūra

Pirminė galvijų chromaffino ląstelių kultūra

Anotacija Šis protokolas apibūdina pirminę atskirų chromafino ląstelių kultūrą, gautą fermentinio fermentacijos būdu iš galvijų antinksčių antinksčių medulės. Nuo aštuntojo dešimtmečio pabaigos tokios ląstelės pateikė naudingą modelio sistemą neurotransmiterių biosintezės, laikymo ir išsiskyrimo katecholaminerginėje sistemoje tyrimams. Protokolą galima suskirstyt

Biokomponentais pagrįsti PQS, HHQ ir susijusių 2-alkil-4-chinolono kvorumo jutimo signalo molekulių tyrimai

Biokomponentais pagrįsti PQS, HHQ ir susijusių 2-alkil-4-chinolono kvorumo jutimo signalo molekulių tyrimai

Anotacija 2-alkil-4-chinolonai (AHQ), tokie kaip 2-heptil-3-hidroksi-4-chinolonas (PQS) ir 2-heptil-4-chinolonas (HHQ), yra kvorumą atpažįstančios signalo molekulės. Čia aprašome AHQ nustatymo, preliminaraus identifikavimo ir kiekybinio įvertinimo metodus, kuriuose naudojamas liukso pagrindu sukurtas Pseudomonas aeruginosa AHQ biosensorinis kamienas. Protok

Chromosomų konformacijos gavimo tyrimų kiekybinė analizė (3C-qPCR)

Chromosomų konformacijos gavimo tyrimų kiekybinė analizė (3C-qPCR)

Anotacija Chromosomų konformacijos fiksavimo (3C) technologija yra novatoriška metodika, leidžianti ištirti in vivo genomo organizaciją masteliu, apimančiu nuo kelių dešimčių iki kelių šimtų kilobazių porų. Suprasti tokio masto genomo sulankstymą yra ypač svarbu žinduoliams, kurių genų reguliavime yra išsklaidyti reguliavimo elementai, pavyzdžiui, stiprikliai ar izoliatoriai. 3C technologija apim

„Xenopus“ kiaušinių ir nudegintų spermatozoidų chromatino be ląstelių ekstraktų generavimas in vitro suformuotų branduolių surinkimui ir atskyrimui atliekant Western blotting ir skenuojančią elektroninę mikroskopiją (SEM)

„Xenopus“ kiaušinių ir nudegintų spermatozoidų chromatino be ląstelių ekstraktų generavimas in vitro suformuotų branduolių surinkimui ir atskyrimui atliekant Western blotting ir skenuojančią elektroninę mikroskopiją (SEM)

Anotacija Šiame protokole išsamiai aprašomi metodai, kaip iš Xenopus laevis kiaušinių ir spermos chromatino, be kiaušinių, ir spermos chromatino gauti be ląstelių ekstraktus ir DNR šablonus. Mes panaudojome šią sistemą su skenavimo elektronų mikroskopija (SEM), kaip aprašyta čia, išanalizuoti biocheminius reikalavimus ir struktūrinius eukariotinių branduolinių apvalkalų (NE) ir branduolinių porų kompleksų (NPC) biogenezės kelius. Šis protokolas reikalauj

Genomų gavimas iš nekultivuotų aplinkos mikroorganizmų naudojant FACS pagrįstą vienos ląstelės genomiką

Genomų gavimas iš nekultivuotų aplinkos mikroorganizmų naudojant FACS pagrįstą vienos ląstelės genomiką

Dalykai Aplinkos mikrobiologija Srauto citometrija Genomika Viso genomo amplifikacija Anotacija Vienų ląstelių genomika yra galinga priemonė ištirti aplinkos mikroorganizmų, kurių didžiąją daugumą sunku, o gal net neįmanoma, auginti atsižvelgiant į dabartinius metodus. Čia pateikiame išsamų protokolą, kaip gauti genomus iš nekultivuotų aplinkos mikrobų, atliekant didelio pralaidumo vienaląsčių ląstelių išskyrimą FACS. Protokolas apima skirtingų

Kolageno sukeltas artritas

Kolageno sukeltas artritas

Anotacija Kolageno sukelto artrito (CIA) pelės modelis yra dažniausiai tiriamas autoimuninis reumatoidinio artrito modelis. Pagal šį modelį autoimuninis artritas sužadinamas imunizuojant pilną Freundo adjuvantą ir II tipo kolageno (CII) emulsiją. Šiame protokole aprašomi žingsniai, reikalingi CII įgyti, tvarkyti ir paruošti, taip pat pelių kamienų parinkimas, tinkama imunizacijos technika ir artrito pasireiškimo bei sunkumo įvertinimas. Paprastai pirmie

Smegenų organoidų generavimas iš žmogaus pluripotentinių kamieninių ląstelių

Smegenų organoidų generavimas iš žmogaus pluripotentinių kamieninių ląstelių

Dalykai Nervų sistemos vystymasis Neurogenezė Neurologiniai modeliai Kamieninių ląstelių diferenciacija Anotacija Žmogaus smegenų vystymuisi būdingi keli unikalūs aspektai, tokie kaip padidėjęs neuronų išsiskyrimo sudėtingumas ir išplėtimas, kurie pasirodė sunkiai tiriami modeliniuose organizmuose. Todėl in vitro

Erratum: Pririštų žiedinių DNR dalelių analizė naudojant peptido nukleorūgšties rankenas

Erratum: Pririštų žiedinių DNR dalelių analizė naudojant peptido nukleorūgšties rankenas

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2014 m. Rugpjūčio 21 d Nat. Protokolas. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10.1038 / 2014-01-15; paskelbta internete 2014 m. rugpjūčio 21 d .; pataisyta po spausdinimo 2014 m. rugsėjo 12 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje šaltinis, iš kurio buvo pritaikyti 2, 4, 8 ir 9 paveikslai, nebuvo teisingai nurodytas ir įskaitytas. Klaida buvo

Išsami pelės tinklainės mononuklearinių fagocitų analizė

Išsami pelės tinklainės mononuklearinių fagocitų analizė

Dalykai Neuroimmunologija Tinklainė Anotacija Įgimta imuninė sistema suaktyvėja esant daugeliui degeneracinių ir uždegiminių tinklainės sutrikimų, tokių kaip amžinė geltonosios dėmės degeneracija (AMD). Tinklainės mikroglia, choroidiniai makrofagai ir pasikaupę monocitai, bendrai vadinami tinklainės mononukleariniais fagocitais, yra kritiniai akių ligos baigčių veiksniai. Daugelyje publikac

Imobilizuoto metalo afiniteto fosfocheminiais (IMAP) pagrįstais didelio našumo atrankos tyrimais, skirtų mažos molekulinės masės junginių bibliotekoms, sukūrimas, patvirtinimas ir įgyvendinimas

Imobilizuoto metalo afiniteto fosfocheminiais (IMAP) pagrįstais didelio našumo atrankos tyrimais, skirtų mažos molekulinės masės junginių bibliotekoms, sukūrimas, patvirtinimas ir įgyvendinimas

Anotacija Šis protokolas aprašo automatizuoto imobilizuoto metalo afiniteto fosfochemikalų (IMAP) pagrindu pagrįstos fluorescencijos poliarizacijos (FP) ir laiko atskirtų fluorescencinio rezonanso energijos perdavimo (TR-FRET) didelio pralaidumo atrankos (HTS) tyrimų plėtrą, įteisinimą ir įgyvendinimą, siekiant nustatyti mažos molekulinės masės kinazės inhibitoriai. Abi procedūros

Pataisa: Kobalto pagrindu sukurti nanocatalizatoriai, skirti žaliosios oksidacijos ir hidrinimo procesams

Pataisa: Kobalto pagrindu sukurti nanocatalizatoriai, skirti žaliosios oksidacijos ir hidrinimo procesams

Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2015 m. Gegužės 21 d Nat. Protokolas. 10 , 916–926 (2015); paskelbta internete 2015 m. gegužės 21 d. pataisyta po spausdinimo 2015 m. rugsėjo 16 d Iš pradžių paskelbtoje šio straipsnio versijoje 1 langelio pavadinimas buvo neteisingas; teisingas pavadinimas yra „Katalizatoriaus perdirbimo eksperimentai su nitrobenzenu: 30 val.“. Klaida iš