Apžvelgia genetiką (Vasaris 2020)

MikroRNR Hox tinkle: akivaizdus ryšys su užpakaliniu paplitimu

MikroRNR Hox tinkle: akivaizdus ryšys su užpakaliniu paplitimu

Anotacija „Homeobox“ (Hox) transkripcijos veiksniai suteikia stuburo embrionams ašies ašies koordinates iš priekio ir užpakalio (AP). Hox genai randami klasteriuose, kuriuose yra ir mikroRNR (miRNR) genai. Mūsų prognozuojamų miRNR tikslų analizė rodo, kad Hox klasteriuose įterptos miRNR pirmiausia nukreipia į Hox mRNR. Be to, numano

Trumpai

Trumpai

Genetiniai ekranai Genomo masto transgeninių RNR biblioteka sąlyginiam genų inaktyvavimui Drosophiloje . Dietzl, G. et al . „Gamta“, 2007 m. Liepos 12 d. (Doi: 10.1038 / nature05954) Straipsnyje pranešama apie Drosophila melanogasteryje didelės apimties transgeninės bibliotekos, skirtos RNR atrankai, sukūrimą ir patvirtinimą, leidžiančią analizuoti genų funkcijas visuose audiniuose ir vystymosi etapuose. Transgenuose yr

Veisimasis ir epigenetika: naudingas ir žalingas

Veisimasis ir epigenetika: naudingas ir žalingas

Dalykai Epigenetika Veisimas Christian Biémont susirašinėjimo straipsnis (Biémont, C. Inbreeding effects in epigenetic era. Nature Rev. Genet. 11 , 234 (2010) 1) ir straipsniai (Charlesworth, D. & Willis, JH. Inbreeding depresijos genetika. Nature Rev. Genet. 10 , 783–796 (2009) 2, 3, kurį jis aptaria, vertas tolesnio dialogo. Šie d

Genetinio privatumo pažeidimo ir apsaugos būdai

Genetinio privatumo pažeidimo ir apsaugos būdai

Dalykai Duomenų skelbimas ir archyvavimas DNR sekos nustatymas Etika Genetinės duomenų bazės Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2014 m. Gegužės 8 d „Nature Reviews Genetics 15“ , 409–421 (2014) Ankstesniame straipsnyje neteisinga citata buvo pateikta remiantis 107 nuoroda. Cituojama turėjo būti: Ayday, E., Raisaro, JL

Paveldimas indėlis, palyginti su genetine architektūra

Paveldimas indėlis, palyginti su genetine architektūra

Dalykai Ligos genetika Epidemiologija Genetinė variacija Genomo asociacijų tyrimai Paveldimas kiekybinis bruožas Medicininė genomika Naujos kartos sekos Su susidomėjimu perskaitėme Evanso ir Kellero susirašinėjimą (Naudojant padalintus paveldimumo metodus genetinei architektūrai tyrinėti. Nat. Red. Gene

Mutacijos greičio kitimas eukariotuose: evoliuciniai vietinių specifinių mechanizmų padariniai

Mutacijos greičio kitimas eukariotuose: evoliuciniai vietinių specifinių mechanizmų padariniai

Baer ir kt . Apžvalgoje „Daugialąsčių eukariotų mutacijos greičio kitimas: priežastys ir pasekmės“ 1 tiksliai parodyta daugumos literatūros šaltinių apie mutacijų greičio kitimą tendencija. Net pripažįstant, kad mutacijų dažnis gali skirtis skirtingose ​​vietose genome, šioje literatūroje dažniausiai ignoruojamos arba minimizuojamos specifinės vietai būdingų mutacijų mechanizmų ypatybės ir pasekmės. Todėl autorių „penkių kritinių kla

Įvertinti ir valdyti riziką dalijantis apibendrintais genetinių variantų duomenimis

Įvertinti ir valdyti riziką dalijantis apibendrintais genetinių variantų duomenimis

Dalykai Genetinės duomenų bazės Genetinė variacija Genomo asociacijų tyrimai Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2011 m. Rugsėjo 16 d „Nature Reviews Genetics 12“ , 730–736 (2011) Aukščiau esančiame straipsnyje buvo pateikta neteisinga „GWAS Central“ nuoroda. Teisinga nuoroda turėjo būti //www.gwascentral.org. Pap

Debesų kompiuterija, skirta genominių duomenų analizei ir bendradarbiavimui

Debesų kompiuterija, skirta genominių duomenų analizei ir bendradarbiavimui

Dalykai Kompiuterinė biologija ir bioinformatika Genetinės duomenų bazės Genomika Naujos kartos sekos Tyrimų duomenys Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2018 m. Sausio 30 d Gamtos apžvalgos Genetika doi: 10.1038 / nrg.2017.113 (2018) Pirmiau pateiktame straipsnyje sakoma: „„ FireCloud “ir„ CGC “skaičiavimui ir duomenų saugojimui naudojasi AWS ir„ Google Cloud Platform “. Be mokesčių už šias

LCN DNR: ar nekyla pagrįstų abejonių? - atsakymas

LCN DNR: ar nekyla pagrįstų abejonių? - atsakymas

McCartney straipsnyje (LCN DNR: be pagrįstų abejonių įrodymas? Nature Rev. Genet. 9 , 325 (2008)) 1 teigiama, kad Omagh tyrimas atskleidė rimtus DNR įrodymų trūkumus. Tačiau žiniasklaida nepranešė apie didelę dalį įrodymų ir to nepateikė pačiame teismo sprendime. Mokslininko vaidmuo yra beatodairiškai patarti teismui dėl įrodymų prasmės. Vadinasi, nesugebėjim

Tobulinti žmogaus teismo ekspertizę tobulinant genetiką, genomiką ir molekulinę biologiją

Tobulinti žmogaus teismo ekspertizę tobulinant genetiką, genomiką ir molekulinę biologiją

Dalykai Bioinformatika Vėžio genomika Etika Genetinės technikos Genomika Molekulinė biologija Visuomeniniai mokslai Technologija Originalus straipsnis buvo paskelbtas 2011 m. Vasario 18 d „Nature Reviews Genetics“, 12 , 179–192 (2011) Šio straipsnio 3 paveiksle raudona dėžutė, supanti antrąją, trečiąją ir ketvirtąją akis trečiajame stulpelyje, buvo neteisingai išdėstyta. Dėžutė turėtų apimti t

Kompozicinės epistazės empiriniai testai

Kompozicinės epistazės empiriniai testai

Dalykai Genetinė sąveika Genetinė variacija Statistiniai metodai Savo apžvalginiame straipsnyje (Genų ir genų sąveikos, kuriomis grindžiamos žmonių ligos, aptikimas. Nature Rev. Genet. 10 , 392–404 (2009)) 1 ir kitur 2 Cordell teigė, kad sąveikos statistiniai testai yra ribotai naudojami, norint išaiškinti epistazę labiau biologinis termino pojūtis - tai yra tada, kai tam tikro genetinio varianto poveikį užmaskuoja variantas kitame lokuse 3, 4 („kompozicinė epistazė“ 5 ). Tarkime, kad du genetini

Speciacijos procesus traktuoti kaip sudėtingus bruožus

Speciacijos procesus traktuoti kaip sudėtingus bruožus

Savo apžvalgos 1 4 langelyje Nooras ir Federis išvardijo dešimt genų, sudarančių reprodukcinę barjerą, galinčią sukelti specifinius įvykius, pavyzdžių. Autoriai rašė: „... mes galime būti nustebinti ateityje, kai nubrėžta daugiau kliūčių ir paaiškėja, kad jos apima tokius mechanizmus kaip mejozinis potraukis ar genominis konfliktas labiau nei dabar vertinama“ (858 psl.). Vienas argumentas, išpl

Retų variantų asociacijos testai: atvejų kontrolės mutacija

Retų variantų asociacijos testai: atvejų kontrolės mutacija

Dalykai Vėžio genetika Genetiniai tyrimai Genomo asociacijų tyrimai Retas variantas Du naujausi atsiliepimai, vienas „ Nature Reviews Genetics“ iš Bansal ir kt . (Retų variantų asociacijų tyrimų statistinės analizės strategijos. Nature Rev. Genet. 11 , 773–785 (2010)) 1 ir kitur 2 išnagrinėjo kylančią retų variantų asociacijų tyrimų sritį. Šiose apžvalgose gražia

Atsakymas: Dėl haplotipų pagrįstos genotipo ir fenotipo analizės vertės ir duomenų transformacijos farmakogenetikoje ir -genomikoje

Atsakymas: Dėl haplotipų pagrįstos genotipo ir fenotipo analizės vertės ir duomenų transformacijos farmakogenetikoje ir -genomikoje

Aš džiaugiuosi Vormfelde ir Brockmöller komentarais, kurie, mano manymu, man visiškai neprieštarauja, bet yra daugiau nei turėjau erdvės įžanginiame straipsnyje. Tačiau norėčiau pateikti keletą pastabų dėl jų pastabų. Haplotipo analizės dažnai gali suteikti pranašumų, palyginti su vieno SNP analize vienu metu, ypač kai, kaip aš pastebėjau 1 apžvalgos 787 puslapyje, yra keli, glaudžiai susiję funkciniai variantai, veikiantys cis . Tačiau šį galimą galios p